Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0026900
Sequence Length
2631 nt
GC Content
0.4546
GCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAGCGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAGGACUUCUGUUUCCUGCUCUCGACAAGGGCUGGUGGCCUGGGAAUCAAUUUGGCUUCAGCGGACACAGUCGUCAUCUUUGACUCUGACUGGAACCCCCAGAAUGACUUGCAGGCACAAGCCCGAGCGCAUAGAAUUGGUCAAAAGAAGCAGGUAAAUAUUUACCGCUUAGUUACAAAGGGGACUGUGGAGGAGGAGAUCAUAGAACGGGCCAAAAAGAAGAUGGUAUUAGAUCAUCUGGUGAUUCAGCGCAUGGACACCACUGGCCGGACGAUCCUGGAAAACAACUCAGGAAGGUCCAACUCAAAUCCUUUUAAUAAAGAAGAGCUGACAGCUAUUUUGAAAUUUGGAGCAGAGGAUCUCUUCAAAGAACUGGAAGGGGAGGAAUCAGAACCUCAGGAAAUGGAUAUAGAUGAAAUUUUGCGGUUGGCUGAAACGAGAGAGAAUGAAGUGUCAACAAGUGCAACAGAUGAACUUCUAUCACAGUUUAAGGUUGCCAACUUUGCAACAAUGGAAGAUGAAGAAGAGCUAGAAGAGCGUCCUCACAAGGACUGGGAUGAGAUCAUUCCAGAGGAACAAAGGAAAAAAGUAGAGGAGGAAGAGCGGCAGAAGGAGCUAGAAGAAAUUUAUAUGCUGCCUCGAAUUCGGAGUUCCACUAAAAAGGCUCAGACAAAUGACAGUGACUCUGACACUGAGUCUAAGAGGCAGGCCCAGAGAUCCUCUGCUUCUGAGAGUGAAACGGAAGACUCUGAUGAUGACAAGAAGCCAAAGCGCAGAGGGCGUCCGAGGAGUGUGCGGAAGGACCUCGUGGAGGGAUUUACUGAUGCAGAGAUCCGAAGGUUCAUCAAGGCUUAUAAGAAGUUUGGUCUCCCUCUUGAACGGCUGGAGUGCAUAGCACGUGAUGCUGAGCUGGUAGAUAAGUCGGUGGCAGAUCUGAAGCGCCUGGGUGAACUGAUCCACAACAGCUGUGUGUCAGCAAUGCAGGAAUACGAAGAGCAGCUGAAAGAAAAUGCCAGCGAGGGAAAAGGACCAGGGAAAAGGAGAGGUCCAACAAUCAAGAUAUCCGGAGUUCAGGUUAAUGUGAAAUCCAUUAUCCAACAUGAAGAGGAGUUUGAGAUGCUGCAUAAAUCUAUCCCUGUGGACCCUGAAGAAAAAAAAAAAUACUGCUUAACCUGUCGUGUCAAAGCUGCACAUUUUGAUGUAGAGUGGGGGGUGGAAGAUGAUUCUCGCCUGUUGCUGGGGAUUUAUGAACAUGGCUAUGGAAACUGGGAGUUAAUUAAAACAGACCCAGAGCUUAAAUUAACUGACAAAAUUCUGCCGGUGGAGACAGAUAAAAAGCCUCAGGGGAAGCAGCUACAGACCCGAGCGGAUUACUUGUUGAAGCUGCUCAGAAAGGGUCUGGAGAAGAAGGGGGCUGUGACAGGUGGGGAAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-790.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -837.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 455.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(...(((((((.(((......))).).))))))...................(((((((((((..((((((...((((.....))((((((..(((....)))..))))))..((((((((.((.......(((((.......)))))......)).))).))))).))...))))))........))))))))))))((.((((.......(((.((((((((((((((((((.((((..((((((..((((((..........(((((((..(((((((..(((((((......(((((((....(((((..(((((.(...(((.....)))...........((((..(((((....)))))))))....(((....)))..(((((.....((((((......))))))((((((......((((.(((.(.(.(((((((((((..((((((((((.....((((((.....((((((.((((.....((.((((.(((((((........((((..(((.(((((.(.((((((...((.(((((....))))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).((((.(.(((.((((((((....((((.(((.............)))))))....)))))))).))).).).)))......(((........)))(((..((((..((((((.((.(.((((.(((((.((....)).)))))..)))).).))......(((((((((.(.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))).)))).))..)))................(((((.(((((((((....))))...(((....))).....))))).)))))))))))....))))..)))(((((((..(((((.(((((.((((...((.(((((.(((.((((.((.(((.(((((.....(.((...(((((((((....))))...)))))...)))))))).))).)).))))))).)))))((.((........)).)).....((((.(((((....)))))))))..(((((........)))))..(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........((((..((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......))..)))).))))).))))))))))))........................))))))))))))))).))))))))))).)))).))....)))).))))..(((((.(((...((((..(((((.......)))))..))))...)))))))).(((.....)))(((((....)))))(((((((....)))))))........................(((...((((((((...(((...........)))...))))).)))...)))))...))))))..))))))))))............(((((.......)))))(((((((.((((((((((.((.((((.(((.......))).)))).))))))).((((((......(((...((((.....))))((.(.(((.((.(....).))))).)))..((((((.(((...)))))))))...)))))))))((((((.....))))))))))).)))))))..(((((.(.((((...)))).).).)))).(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......))))))).((((....(((((.............))))).............((((.((...(((((.(((((..(((((...(((..........)))...)).)))..))))).)))))....)).)))))))).............))))))))))).)).))).))))....(((((........)))))(((((.((((((((.....))).))))).)))))))))))...)))))..).)))))..)))))...)))))))......).))))))..)))))))...........))))))))))))).................))))))....))))(((((((((((((....(((....))))))))).....)))))))...)))))))))))))).)))).))))))).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(...{{,,((({,{.......|||{|.|||,},.,,.......}}}}.....((((((((((({,((({((...,}.|,,,,.,,((((((..(((....)))..)))))),.((((((({,({.......(((((.......))))).}....}}.))),))))).},...}))))}.....,,.})))))))))))((.((((.......(((.((((((((((((((((((.{(((..((((((((((...,,{((((....(((((((..(((((((..(((((({.,,,,.{{(({{(,{,,({(({,.((((({(..,({(.,,.{|||...,,,,....((((,.,((({....}))))))))....,,.....}}|..|||||..,,,((((({......}}})}|{{{{((......((({.(((.{.{.(((((((((((..((((((((.((((((((.((((....(((((((((((.,.,,{,,,{{.,|,}}}},,,.....{{{.(((......)))))).)))))...((.(((({....})))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).((({.({((({(((((({(....((((.(((..,..........)))))))...,))))))))}})),).).)))......)))).))....)))))))))......((((((((.{,((((.(((((.((....)).))))){((({{.((.{......}.))..|})))}...)))}}}....(((....)))....(({...(((((((((,.((((((((((((((.((((((((((((.........(((((({.((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......))}))))))))..,(((..{{,....})),.}}}|((((((,..{((((((....,,.,...}}},,}.|||.|||((((((.(((((((..(({(((((.(((.(.....).))).))))).}))...)))))))...(((((.(((((((({.{{{|,,,...|||,..,))).....})))).)))))(({{,{(.....,)}})),{((((((..(((((.(((((.(((({..,..(((((.((,{((((.((.(((.(((((.,,,,(,((...{((((((((....)))),,,)}))),,.,},))))).))).)).))))))).))))){{.({,,......)).)).....((((.(((((....))))))))),{{{.{......,,))}},...(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........,(((,.((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......,.,.}))).))))).)))))))))))}..................,||,{(.....}).,,,..}}))))),,,))))))))))),..))))))).......))))))))))))}))))(((((......,)))))...............,}}|||}}}....|.(((({...,,,,{(((((((....)))))))).................}},}}}}}.}...{{{.,|....},.))).,,.....,,,...)))))))))...)))...))))))))....((((((((.....((.(((.....))).)))))))))).,,))}.))))))))...{(((((((.(((.(((((..........))))).}.}}.........((....)))))))))},{((({(,(((,((,(,,..|,|||||.}}},.((((((.(((...)))))))))...({(({{{..,{((((.....))))||((((((((((.....(((({.(.((((...)))).).}.)))).(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......))))))))))))}...,))))||{,,...,,,}}}||}|..,.,((..((..(((....((((((.(((((.{....}))))).))....))))..)))..)),.))),}))})),..}}}.}}))),)))))}...............))))))))))).}}.))).))))....((((({|....,.)))))(((((.((((((((.....))).))))).))))))))}))}},)),,,,}.})))))..))))),..|||}}}}..,,,.}.))))))..)))))))..},.......}))))))))))),}...))))}........,))))).,,.})}}(((((((((((((.,{.(.....,)},)))))).....)))))))...)))))))))))))),}))).))))))).))
Back