Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0027100
Sequence Length
2218 nt
GC Content
0.4549
GCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAGCGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAGGACUUCUGUUUCCUGCUCUCGACAAGGGCUGGUGGCCUGGGAAUCAAUUUGGCUUCAGCGGACACAGUCGUCAUCUUUGACUCUGACUGGAACCCCCAGAAUGACUUGCAGGCACAAGCCCGAGCGCAUAGAAUUGGUCAAAAGAAGCAGGUAAAUAUUUACCGCUUAGUUACAAAGGGGACUGUGGAGGAGGAGAUCAUAGAACGGGCCAAAAAGAAGAUGGUAUUAGAUCAUCUGGUGAUUCAGCGCAUGGACACCACUGGCCGGACGAUCCUGGAAAACAACUCAGGAAGGUCCAACUCAAAUCCUUUUAAUAAAGAAGAGCUGACAGCUAUUUUGAAAUUUGGAGCAGAGGAUCUCUUCAAAGAACUGGAAGGGGAGGAAUCAGAACCUCAGGAAAUGGAUAUAGAUGAAAUUUUGCGGUUGGCUGAAACGAGAGAGAAUGAAGUGUCAACAAGUGCAACAGAUGAACUUCUAUCACAGUUUAAGGUUGCCAACUUUGCAACAAUGGAAGAUGAAGAAGAGCUAGAAGAGCGUCCUCACAAGGACUGGGAUGAGAUCAUUCCAGAGGAACAAAGGAAAAAAGUAGAGGAGGAAGAGCGGCAGAAGGAGCUAGAAGAAAUUUAUAUGCUGCCUCGAAUUCGGAGUUCCACUAAAAAGGCUCAGACAAAUGACAGUGACUCUGACACUGAGUCUAAGAGGCAGGCCCAGAGAUCCUCUGCUUCUGAGAGUGAAACGGAAGACUCUGAUGAUGACAAGAAGCCAAAGCGCAGAGGGCGUCCGAGGAGUGUGCGGAAGGACCUCGUGGAGGGAUUUACUGAUGCAGAGAUCCGAAGGUUCAUCAAGGCUUAUAAGAAGUUUGGUCUCCCUCUUGAACGGCUGGAGUGCAUAGCACGUGAUGCUGAGCUGGUAGAUAAGUCGGUGGCAGAUCUGAAGCGCCUGGGUGAACUGAUCCACAACAGCUGUGUGUCAGCAAUGCAGGAAUACGAAGAGCAGCUGAAAGAAAAUGCCAGCGAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-659.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -698.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 439.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((......)).(((((((.(((((.(((((((...........((((((((.(((((((((((..((((((...((((.....))((((((..(((....)))..))))))..((((((((.((.......(((((.......)))))......)).))).))))).))...))))))........))))))))))).....(((.(..((.((..((((.((((....(((((...((((((...((.(((....((((((((.(((((((.((........(((((((............((((...(((((..((((...)))).))))).....))))....((((..(((((....)))))))))...........((((...))))....((((((......))))))..(((((((.........(((((.....))))).....((((((((((.....((((((.....((((((.((((.....((.((((.(((((((........((((..(((.(((((.(.((((((...((.(((((....))))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).((((.(.(((.((((((((....((((.(((.............)))))))....)))))))).))).).).)))......(((........)))(((..((((..((((((.((.(.((((.(((((.((....)).)))))..)))).).))......(((((((((.(.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))).)))).))..)))................(((((.(((((((((....))))...(((....))).....))))).)))))))))))....))))..)))(((((((..(((((.(((((.((((...((.(((((.(((.((((.((.(((.(((((.....(.((...(((((((((....))))...)))))...)))))))).))).)).))))))).)))))((.((........)).)).....((((.(((((....)))))))))..(((((........)))))..(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........((((..((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......))..)))).))))).))))))))))))........................))))))))))))))).))))))))))).)))).))....)))).))))..(((((.(((...((((..(((((.......)))))..))))...)))))))).(((.....)))(((((....)))))(((((((....)))))))........................(((...((((((((...(((...........)))...))))).)))...)))))...))))))..))))))))))............(((((.......))))))))))))...)))))))..)))))))))..)))).))))...))).))....))))))...)))))))))....))))..)).))..).)))))))))))..((((((.......((((((.(((...)))))))))..))))))...))))))....).))))))))))))((((.....(((((.(.((((...)))).).).)))).(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......)))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
({......}).(((((((.,,(((((((((((...{{...,{{((,{{,,..((((((((((({,((({((...,}.|,,,,.,,((((((..(((....)))..)))))),.((((((({,({.......(((((.......))))).}....}}.))),))))).},...}))))}.....,,.}))))))))))..,.,((({(..{{.{{.,((((.((((....(((((...((((((...,{.(((....((((((((.(((((((.((....,,..(((((((.||||,,.,|,.((((.,.((({,.,(((({,.}}||.|||||.....},,,....((((,.,((({....}))))))))....,,.....}}|..}}})}.,,},|||||{......))))})..{{{{{{{.....{{{.(((((.....))))).,},.((((((((((,,(((((.((((....(((((({((((...,,{{,{{{,,||||}|}.,.....{{{.(((......})}}}},}}}}}...((.(((({....})))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).((({.({((({(((((({(....((((.(((..,..........)))))))...,))))))))}})),}.).)))......)))).))....)))))))))......((((((((.{,((((.(((((.((....)).))))){{||||.{{.{......}.}}..|||}}}...}}}}}}.,..(((....)))....(({...((((((((({.(((((((((((({{.((((((((((((.........(((((({.((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......))}))))))))..,(((..{,{....}}},.,}}|((((((,..{(((({{....,|.,...}}}},),}||.|}|((((((.(((((((..{{{(((((.(((.{.....).))).))))).}))...)))))))...(((((.(((((((({.{{{|,,,...|||,..,))).....})))).)))))(({{,{{.....,)},)),{((((((..(((((.(((((.(((({..,..(((((.((,{((((.((.(((.(((((.,,,,(,((...{((((((((....)))),,,)}))),,.,},))))).))).)).))))))).))))){{.({,,......)).)).....((((.(((((....))))))))),{{{.{......,,))}},...(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........,(((,.((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......,.,.}))).))))).)))))))))))}..................,||,{{.,,,.)).,,},.}})))))}},)))))))))))}..)))))))..,....))))))))))))}}}}}(((((.......)))))............,,.}}}|||}},...,|,((((,...,,,,|(((((((....)))))))}.................}},}}}}}.}...{{(,,{....},,))).,,.....,,,...)))))))))...)))...))))))))..}})))))))}.....,,.,,{,(,{{|.,.,,},)))))),}}))).,,)))))))..)))))))))..)))).))))...))).}}....))))))...)))))))))....))}|,,|}.}|,,|.,|||,|},)))..|,||||}}}}}},((((((.(((...))))))))),.)))))}.,,)))))},))}),.,)},)))))))((((.....(((({.(.((((...)))).).}.)))).(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......)))))))))))
Back