Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0027200

Sequence Length

342 nt

GC Content

0.4532

GCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-74.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -82.56

Frequency: 0.0000

Diversity: 66.61

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((....(((.........(((.(((((...............))))).)))(((((((((((..((((((...((((.....))((((((..(((....)))..))))))..((((((((.((.......(((((.......)))))......)).))).))))).))...))))))........)))))))))))..((((.....))))...)))....)))(..(((((....(((((((((....((((.(((..(((......))).))).((((..(((((...)))))..))))....)))).......))).)))..)))....)))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.{,.(((.,.......{{{.(((((.,,.........,,.))))).}},((((((((((({,((({((...,}.|,,,,.,,((((((..(((....)))..)))))),.((((((({,({.......(((((.......))))).}....}}.))),))))).},...}))))}.....,,.}))))))))))..{(({.....}}}}...))).,,.)))(..(((((....(((((((((....((((.(((.{(,,..}}..))).}.|,((((..(((((...)))))..)))),...)))).......))).)))..)))....)))))...)