Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0027400

Sequence Length

1128 nt

GC Content

0.4317

GCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-302.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -323.13

Frequency: 0.0000

Diversity: 275.70

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.((((.(........((((..((....))..))))))))).....(((((((((((..((((((...((((.....))((((((..(((....)))..))))))..((((((((.((.......(((((.......)))))......)).))).))))).))...))))))........))))))))))).(((((((((.....(((......))).(((((((((((.(((((((((((((((((((...((....))(((((((.((((((..(((((...)))))..))))((((...(((((..((((...)))).))))).....))))....((((..(((((....)))))))))...(((...(((....(((((.(((((((((.....((...(((...))).))....)))))..)))).)))))...)))...)))))))))))))).))))))))((((.((.(((((....(((((((....))))))).....(((.(((......)))))).))))))).)))).........))))))...(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).))).)))))))))))........(((((.((.(((.......(((((......))))).....))).))..))))).....((.(.(((....)))).))........)))))))))....)))))))(((((..(((((...((((((.((.(......).))..)))))).(((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))))))........................)))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((({,((((.{.......,((({..{{....)}..}}},,}|||,....((((((((((,{{(((,((...}}.}}}},.}}((((((..(((....)))..)))))),.{||||||||||.......{{|||....,.,)))),.,....,),))||}||||,|....}}}}},.,,,.||.|}}}}}}}}}}.(((((((((...,.(((......))),(((((((((((.(((((((((((((((((((,,.((....)}{((({((.{{{{{,..{({((,,.||||}..||}.((((...((({{.,((((,,.})}}.}}}}}.....}}}}....((((,.,((({....}))))))))....{,.....}}}..|||||.,{||((((({......))))|)....|||}}..,,.|||,{{|||,.,,,))}}}.,,,.))))))))}}))))).))))))))((((.((.(((((.,,{{{{{,,,.,,.)}}}},}.....{{{.(((......)))))).))))))}.)))).........))))))...(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).))).))))))))))).((({...{((({.|||,..||||...|||||.},..,)))}}|,.|||||,})}}}},|......}}}|}||||||.||..||||.,.....))))))))).,,,))})))|{(({{.,||{||,,.((((((.((.(......}.))..)))))){(((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((.....,,,,,((.{{{.........))),)).((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......))}))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))}})},,.....................,)))))},