Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0027500
Sequence Length
1689 nt
GC Content
0.4423
GCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAAAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAGCGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAGGACUUCUGUUUCCUGCUCUCGACAAGGGCUGGUGGCCUGGGAAUCAAUUUGGCUUCAGCGGACACAGUCGUCAUCUUUGACUCUGACUGGAACCCCCAGAAUGACUUGCAGGCACAAGCCCGAGCGCAUAGAAUUGGUCAAAAGAAGCAGGUAAAUAUUUACCGCUUAGUUACAAAGGGGACUGUGGAGGAGGAGAUCAUAGAACGGGCCAAAAAGAAGAUGGUAUUAGAUCAUCUGGUGAUUCAGCGCAUGGACACCACUGGCCGGACGAUCCUGGAAAACAACUCAGGAAGGUCCAACUCAAAUCCUUUUAAUAAAGAAGAGCUGACAGCUAUUUUGAAAUUUGGAGCAGAGGAUCUCUUCAAAGAACUGGAAGGGGAGGAAUCAGAACCUCAGGAAAUGGAUAUAGAUGAAAUUUUGCGGUUGGCUGAAACGAGAGAGAAUGAAGUGUCAACAAGUGCAACAGAUGAACUUCUAUCACAGUUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-487.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -519.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 351.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.(((......))).).)))))).................((((((((((.........(((((((((..((...((((((..(((....)))..)))))).....((((((.......(((((.(((.........(((((.((((..((.(((.......))))).)))).))))).......)))))))).......))))))..((((.(....(((((....(((((((((....((((.(((..(((......))).))).((((..(((((...)))))..))))....)))).......))).)))..)))....)))))..).))))((((..(((((....))))))))).......))..)))))))))......((((((......)))))).))))))))))((.(((.(((((.....))))).))).))))))(((....(((.(((((((((..((((.((((.....((.((((.(((((((........((((..(((.(((((.(.((((((...((.(((((....))))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).((((.(.(((.((((((((....((((.(((.............)))))))....)))))))).))).).).)))......(((........)))(((..((((..((((((.((.(.((((.(((((.((....)).)))))..)))).).))......(((((((((.(.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))).)))).))..)))................(((((.(((((((((....))))...(((....))).....))))).)))))))))))....))))..)))(((((((..(((((.(((((.((((...((.(((((.(((.((((.((.(((.(((((.....(.((...(((((((((....))))...)))))...)))))))).))).)).))))))).)))))((.((........)).)).....((((.(((((....)))))))))..(((((........)))))..(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........((((..((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......))..)))).))))).))))))))))))........................))))))))))))))).))))))))))).)))).))....)))).))))..)))).))).)).))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
({.,,,..}},(((((((.(((.(((.(((({...........,,.......(((((((((({{,((({((...|}.|,,,,.,,((((((..(((....)))..)))))),.((((((({,({.......(((((.......))))}.},...}}.)))}))))).},...}))))}.....,,.})))))))))).,((((((,(,,,,,{{,..,,,.))),(((((((((((.((((((((((((((((({(,,.((....)}{{(({((.{{{{{,..{({((,,.||}|}..||},((((...((({{.,((((,,.}}}}.}}}}}.....}}}}....((((,.,((({....}))))))))....{,.....}}}..|||||.,{||((((({......))))})..,,|||}}..,,.|||,{{|||,.,,,))}}}.,,,.))))))))}}})))).))))))))((((.((.(((((.,,{{{{{,,,..,.}}}}},}.....{{{.(((......)))))).))))))}.)))).........))))))...(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).))).))))))))))).((((...(((...)))...)))}.....{{{{,.{{{{{((({{{{{(((({,{..{{{......}}}.}}||}}{,{{..{{{(.,,....}}))))..)}}},,.(((((.((....)).))))){(((({.((.{......}.))..)))))}..)))},....,}}}}}}},))}...))}})).))))).))).))))))))))(((((.((((((((((((.........(((((({.((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......))}))))))))..,(((..{{{....})},.}}}|((((((,..{((((((....,,.,...}}}},}.}||.|||((((((.(((((((..(({(((((.(((.{.....).))).))))).}))...)))))))...(((((.(((((((({.{{{|,,,...|||,..,))).....})))).)))))(({{,{(.....,)}})),{((((((..(((((.(((((.(((({..,..(((((.((,{((((.((.(((.(((((.,,,,(,((...{((((((((....)))),,,)}))),,.,},))))).))).)).))))))).))))){{.({,,......)).)).....((((.(((((....))))))))),{{{.{......,,))}},...(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........,(((,.((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......,.,.}))).))))).)))))))))))}..................,||,{{.,...)).,,,..}}))))),,,))))))))))),..))))))).......)))))))))))))))))
Back