Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0029400
Sequence Length
1735 nt
GC Content
0.4421
AAAUAAUAGUGUAAUCCUUGCUGAUGAAAUGGGCCUAGGAAAGACCAUCCAGACCAUAUCAUUCCUCUCCUACCUGUUCCACCAACACCAGCUGUAUGGCCCCUUUCUUAUAGUCGUCCCUUUAUCCACCCUCACCUCAUGGCAGAGAGAGUUUGAAAUCUGGGCACCAGAGAUUAACGUAGUGGUUUACAUAGGUGACCUGAUGAGCAGAAAUACGAUACGGGAAUAUGAAUGGAUUCAUUCCCAAACCAAAAGAUUGAAGUUCAACGCACUUAUAACAACAUAUGAGAUCCUCUUGAAAGAUAAGACUGUGCUGGGCAGUAUUAACUGGGCCUUUCUGGGAGUGGAUGAAGCCCAUCGGUUGAAGAAUGAUGACUCUUUAUUGUAUAAAACUCUGAUUGAUUUCAAGUCCAACCAUAGGCUCCUGAUUACGGGGACCCCUCUUCAGAAUUCCCUCAAAGAGCUCUGGUCCUUGCUGCACUUUAUUAUGCCGGAGAAGUUUGAAUUUUGGGAAGAUUUUGAAGAAGACCAUGGGAAGGGGAGAGAAAAUGGCUACCAGAGUCUUCAUAAGGUGCUAGAGCCUUUCCUUCUCCGGAGAGUCAAAAAAGAUGUGGAGAAAUCCCUUCCUGCUAAAGUGGAACAGAUUCUCAGGGUGGAGAUGUCAGCCCUUCAGAAACAGUAUUACAAGUGGAUUCUGACCAGGAAUUACAAGGCUCUUGCCAAAGGAACAAGAGGCAGCACAUCUGGUUUUCUUAAUAUUGUGAUGGAACUGAAAAAAUGUUGCAACCACUGCUAUCUGAUUAAACCCCCUGAAGAAAAUGAAAGGGAAAAUGGACAGGAGAUUCUUCUGUCCCUCAUAAGGAGCAGUGGGAAGUUGAUUUUAUUAGACAAACUGUUGACAAGACUUCGAGAAAGGGGGAAUCGAGUGCUUAUCUUCUCUCAGAUGGUGAGAAUGUUGGAUAUCCUGGCUGAAUACCUAACUAUUAAACACUAUCCUUUCCAGCGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAGGACUUCUGUUUCCUGCUCUCGACAAGGGCUGGUGGCCUGGGAAUCAAUUUGGCUUCAGCGGACACAGUCGUCAUCUUUGACUCUGACUGGAACCCCCAGAAUGACUUGCAGGCACAAGCCCGAGCGCAUAGAAUUGGUCAAAAGAAGCAGGUAAAUAUUUACCGCUUAGUUACAAAGGGGACUGUGGAGGAGGAGAUCAUAGAACGGGCCAAAAAGAAGAUGGUAUUAGAUCAUCUGGUGAUUCAGCGCAUGGACACCACUGGCCGGACGAUCCUGGAAAACAACUCAGGAAGGUCCAACUCAAAUCCUUUUAAUAAAGAAGAGCUGACAGCUAUUUUGAAAUUUGGAGCAGAGGAUCUCUUCAAAGAACUGGAAGGGGAGGAAUCAGAACCUCAGGAAAUGGAUAUAGAUGAAAUUUUGCGGUUGGCUGAAACGAGAGAGAAUGAAGUGUCAACAAGUGCAACAGAUGAACUUCUAUCACAGUUUAAGGUUGCCAACUUUGCAACAAUGGAAGAUGAAGAAGAGCUAGAAGAGCGUCCUCACAAGGACUGGGAUGAGAUCAUUCCAGAGGAACAAAGGAAAAAAGUAGAGGAGGAAGAGCGGCAGAAGGAGCUAGAAGAAAUUUAUAUGCUGCCUCGAAUUCGGAGUUCCACUAAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-501.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -532.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 388.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((...(((((((((((((.((((..((.(((.......))))).)))).))))((((((.((((.((((((..........((((((.((......)).)))))).....((((((((((((...((....))(((((((.((((((..(((((...)))))..))))((((...(((((..((((...)))).))))).....))))....((((..(((((....)))))))))...(((...(((....(((((.(((((((((.....((...(((...))).))....)))))..)))).)))))...)))...)))))))))))))).))))))))))..((((.((((.....((.((((.(((((((........((((..(((.(((((.(.((((((...((.(((((....))))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....))))..)))))))))).((((.(.(((.((((((((....((((.(((.............)))))))....)))))))).))).).).)))......(((........)))(((..((((..((((((.((.(.((((.(((((.((....)).)))))..)))).).))......(((((((((.(.((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((.(((((((((..........((.(((.........))).)).((((((((.(((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......)))))))))))((((((....(((.(((.....))).)))...))))))......))))))))))))))))...))))).))...)))))))).).)))....))))))).)))).))..)))................(((((.(((((((((....))))...(((....))).....))))).)))))))))))....))))..)))(((((((..(((((.(((((.((((...((.(((((.(((.((((.((.(((.(((((.....(.((...(((((((((....))))...)))))...)))))))).))).)).))))))).)))))((.((........)).)).....((((.(((((....)))))))))..(((((........)))))..(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........((((..((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......))..)))).))))).))))))))))))........................))))))))))))))).))))))))))).)))).))....)))).))))..(((((.(((...((((..(((((.......)))))..))))...)))))))).(((.....)))(((((....)))))(((((((....)))))))..))))))..........)))).))))))....)))))).((((((................))).))).......)))....))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((.,,(((.,,,,{((((.((((..((.(((.......))))).)))).)))}((((((.((((.((((((..........{{{|{,}||....,,{|{|||}||,,,,,((((((((((((,,.((....)}{((({((.{{{{{,..{({((,,.||||}..||}.((((...((({{.,((((,,.})}}.}}}}|.....}}}}....((((,.,((({....}))))))))....{,.....}}}..|||||.,{||((((({......))))|)....||||}...,.|||,{{{||,.,,,))}}}.,,,.))))))))})))))).))))))))))..((((.((((.....((.((((.(((((((........((((..(((.(((({|(.((((((...((,(((({....})))).))..(((((((((((((((((((...(((((((...................)))))))...))))).....)))),.}))))))))).||{{,{{((({(((((({(....((((.(((.............)))))))...,)))))}|||||||,,}.|||......|||.|||||||.||}}|||(|{{....||||,|..|,||||,(((((.((....)).))))),,||||.|,,{......|,||{{|||,|,((((((....(((.(.((((((((...((...(((((.(((((.((,(((((((((....,{{{,,((.((,........,)))|)}.((((((((.{((.........((((............)))).....(((((((((...)))))))))......))}))))))))((((((....({{.{((.....))).}}}...))))))......})))))))))))))))...))))).))...)))))))).}.))),.,.))))))}.)})).})..}},..,...,,,||||,..(((((.(((((((({.{{{|,,,...|||,..,))).....})))).)))))||||||,...,,,)},)),{((((((..(((((.(((((.(((({..,..(((((.((,{((((.((.(((.(((((.,,,,(,((...{((((((((....)))),,,)}))),,.,},))))).))).)).))))))).))))){{.({,,......)).)).....((((.(((((....))))))))),{{{.{......,}))}},...(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........,(((,.((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......,.,.}))).))))).)))))))))))}....,,,,...........,,}}.))))))))))))))).))))))))))).)))).))....)))).))))..(({{{.{{{..,{{{{..(((((.......)))))..})))...)))))))).|||,....)))(((((....)))))(((((((....))))))),.)))}),..)},.....)))).)))))),{,{||||{,.,{{(,{,........}}}...})))})})}......))).,,.))))).....
Back