Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0034100
Sequence Length
2002 nt
GC Content
0.3741
GAGGAUCGCUUGAGCCCAGUAGUUUGAGACCAGCCUGGGCAACACAGUGAGACUCCAUCUCUAUAAAAAUAAAAAAAUUUUUAAAAACCACUUUUCCUCUGAACUGUGUUUUCUGUAUACUCAUAAGUAAGUGUAAAGGCUUGAUUAGACUCAGAUUCAGUGUGACUUUAGAGGCAGAGGAAUAUUGUUUCACAGGAUAAAUGUCCUUUUUUGUGAUGUUAGUGACUAACGAUGAGCAUUGCCUAGAUCUGUUAAUUCAUUAGAGAGUACAAAAGGGUGAUAUUCAAAUUUUAUCACUCACUUGUUUAUUAGGUGGAAUACUUUUAUAAAAAGAAACUUUCCCAUGUCAGCUGAGGAACAGUUCAUGUAGGAAAGGCAGAAUAAGAUUCUUUUUUACUUUUGCCAUUUUCAAAGGAAAAGAUCUACUUUUCUUCAAAGGUUUUGACCAAUGAGAUUUACUUUGAUAUGAUUAUGAACUCAUCAAUUACACCUAUUUAUGUUUAAUUCUGUUGGAGUUAAUAUCCAUAUUCAUGCUCUAACAGUCCCAUUUUUAGCUAGUGGGAACUCAUUCAAGUUGGUUGUUGUAGUCCUUUUGACAUAACCGUAAUAGUAGUUGAUAGUUUCUUUGCUAUCUGGAAUGAUUAAGUGUUCCACAUCCAUCUUGUACAUUUCCUGCCCCAGAACUAGAGUCAGCCAUUUAUCCAAGAAGUUCUGCAUACUCCUUUACUAGGAAAUGAUAUUUGUUUGUUUCUGUUUUUCCUCUGAAAAUAGUUUAAUACUGUAAAAUGUAAAAGGGGAAAUAGUGUUACCUUAGUAACAACAUGAAUGUGUCAGUUGGUCAGUGCUAUUUUGGGUGUUGAUUGAUCAUAUGAUUUUUCUGGCAACUCUAGAUACUUCCAGUUUACUUAAGUUGAUUUAGUUGAGUUUUUAUCACUUGCAAUUUAAGAGUCCUGGCUAAUAUUCUGUUGCCUUCAGGCUGCACAACAUGCAGGAUUGGGGAAAGCACUAGAGAGCCAAAGAAAGUGAGCAGAGUUACUUCAGGGCCACCAGCGUUCCCCGCAAUCCCUGUCCUCAGGCAUAGGCCCUUCUGCUCUUCCCACUGUAGAGCAGCACCCAUCCCCACCAAACCUCACUUCUGGGUGUGACUUCAUAGGCUGUCGUGUUCUGCAGUACCCUCGAGUCCGAGGCUGUUGAGUCUGAAGGAUCCUCAGAAGACUGGCCUCUUUCUGAUGGUUUAUGGACUAUGGCAAAGAUGAGGAAAUGGUAUUUGGAGACCACAUACUGGGCCCUAGGGGUGCUCUUUGCAACUGCAACAAACAUGGACAGAAUUGGGAAAUUUGUUUUUAAUGGUAAAAAUACAUGAUGAACAGUACCACAGAGAUUUUAUUUGAUCUUACUGAUCUUAUGCCAUACUAAAAAUCUCACUUCCCAACCACACCAAGCUAAUUCAUUCUAUACAUACAACAAAGCUAAUACUACCACCAACAAUAAGAAUAGUAAAAACAGGUUAAGAUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCACUCUGUUACCCAGGCUGGAGUGUAGUGGCACGAUCUCAGCUUACUGCAACAGGAUUUUCUUUUUACAGGUUUUGUUUUUACUUUUUUUUUUGCUUUUUAAGGUUAUAUACCACAAGAAGUGGAAAAGAGUUUUAAAGUACUCAAGAUAGUUUUUCUUCUGUGUCUUUAGGCAACUAAUGGUUACAUAGAUUUAUUUAUUUCAUUUUAGUUUUGAUUUUUAGGGAUUGCUUUAAUUUUGUUUUUAAAUUAUAGUAUUUGUAGAUUUCCAAAGGCAAAGCUACAAAGCCUGGUAUGUUCAAAGAAAUGUAGCUUCAGUCCCUCUUCCCUCCAUUCUAGUCCAUCUUUCCCCAUAGGUAAUUAUUAUUAUUAUUUUUUGAGAUGGAGUUUCGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGUGAUUGUGUGAUCUCAGCUCACCUCAACCUCCGCCUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-539.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -576.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 470.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((....(((((((......)))))))..((((((((((((((.((((((((((((((((...((((((((.....((((((((.((((..(((((((...................((((.((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((.(.((...((((((((((.((((((((((((...(((((((((.........((((((((.((........)).))))))))((((.((((......((...((((((((((..((((((((.........)))))))).............(((((((((((...............((((...(..(((.(((((((((((((((..(((((((((((((((((.....))))).))))))).)))))...(((((((.....)))))))((((((..(((........)))....))))))......)))))))).(((((((((..................((((((((((.((((....))))...)))))))))).((((((.......))))))((((......))))((((((....(((.....)))))))))......))))))))).))))))).)))..).)))).....))))))))))).......)))))).)))).))...)))).)))).......)))))))))(((.(((.......))).)))......)))))))))))).))))))))))....))).))))).(((((.....))))).....(((((..((((.....((((((....))))))(((....)))((((..(((((((((((......)))....))))))))..))))...(((((.....)))))...))))..))))).....)))))))))))))))))))).)))))))...))).))))...(((((...(((((...((((((((((...(((((.((.((((((.(((..((((..((.((((.........(((((((........((((((....(((.....)))....((((....))))....))))))))))))).......(((.(((..(((((((....................)))))))..))).))))))).))))))))).)))).))((((....))))))))))))))))))))).....)))))...)))))(((((.(.((((((....)))))).).))))).))))))))))).))))))))(((.....)))..((((((((......((((....)))).....(((((((((((.(((((..((((((...(((.........)))...)))))).......((((((((((..((((.....))))..))).........)))))))................((((((.....((((..((((((......(((((((((.(((((..(((.(((((....(((((.(((.........))).)))))..))))).))).((((((((...)))))))).....)).))))))))..))))..(((((..((.....))....))))).........(((((((((...........(((((((((((((..(((.....)))..)))))))))))))((((........)))).(((.......)))(((((((((((((....)))).))..)))))))................((((((((.(((((.(((((((((.((((((.......)))))).))).......)))))).))))))))))))))))))))))))))))....))))...)))))).........)))))...))))).))))))....)))).))))............)))))))).))))))))))))))))..))))))))))))))(((.(((((((........))).)))))))..))))(........)
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((....(((((((......))))))).|((((((((((((((.((((((((((((((((...((((((((.....((((((((.((((..(((((((.,,,,.,.,,...,.,...((((.({{(((((((((((((((((((((((.((({.{{.((((.((((.,{({((((({{((((,,(((,{{{{(((((..{{{|,,,.,{{{({(|,{((((({{.{{||{{{.,{|...}}{{,,,||,|}},..}|}}}}|{,{{|||||,,((((((((.........)))))))).{{,,......}}(((((((((((.........,,..,,|{{({(.(..(((.(((((((((((((({..(((((((((((((((((.....))))).))))))).)))))..,(((((((.....))))))){(((((,,{{{......,,}}}....)))))}......}))))))).(((((((((..................((((((((((.{{{{....,})}...)))))))))){((((((.......))))))}{{{......}}}|((((((,{{.({{.....))))))))),.....))))))))).))))))).))),,}})),},},..)))))))))))....,,,)))))),))))}))}}.}}}}.||||{{{..|{||,,|||||((({(((.{{{{..||{{{{.....})))}}||||||,}.}}|||}}|||{,(((((({{....(((((.....}}}})....,,,...))))))))}}}((((((....))))))|||.....}}||||}},,|,|||,||}.}}}}})))}..{|,,||||,..,)))}..}}|}}}.}}})))),.......)))))))).}}.)))))))))))))))))))).)))))))...}}}.)))}...(((((...(((((...((((((((((...(((((.((.(((((({(({..(({{..{{.{(({...,,,,{,(({{{{{.,,,,,..((((((....(((.....))).,,.((((....)))).,,.))))))}}))))}|.,..,{{{{|{{{||{((((((....................))))))),,|,,,...))}),)),))))))})))).})|||{,,,,)}}}))))))))))))))))).....)))))...)))))(((((.(.((((((....)))))).).))))).))))))))))).))))))))(((.....)))..((((((((.,,...,{{{....))),.,,,.(((((((((((,(((((...,(((({{{((({,.......|||{{.||,||{{,.....((((((,,,,..||||}}}}}),))}})))}}},..,})))))},,..,}}}},........((((((...,,((((..((((((..{{{{(((({................,{(({.{({((((({(({..,{{{...,}},,,,,..........,|,((((((({...))))))))....{(((((({((((....))))..}}.)))))}.{{|.||.||{{...,}},.,,.|||{,||||}}}}}}}}.}}|((((((((((((..(((.....)))..))))))))))))}((((........)))).{((,,,....,,,((((((((,((((....)))).)}..))))))).....,,,,,,....,}}||||||...{{({{(({,((((.((((((.......)))))).))))|||,|||,,|||{.,}))|))},)))))))}))))))))))....)))),}}))))))..,......,,,,,...))))).)))))).,,,)))).)))),........,,.)))))))).))))))))))))))))..))))))))))))))(((.(((((((.,....}.))).)))))))..))))(........)
Back