Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0034900
Sequence Length
2087 nt
GC Content
0.4672
CGUCUGGAUGGUUCCAUCAAGGGAGAAAUCCGAAAACAGGCACUGGACCACUUCAAUGCAGAUGGGUCUGAGGACUUCUGUUUCCUGCUCUCGACAAGGGCUGGUGGCCUGGGAAUCAAUUUGGCUUCAGCGGACACAGUCGUCAUCUUUGACUCUGACUGGAACCCCCAGAAUGACUUGCAGGCACAAGCCCGAGCGCAUAGAAUUGGUCAAAAGAAGCAGGUAAAUAUUUACCGCUUAGUUACAAAGGGGACUGUGGAGGAGGAGAUCAUAGAACGGGCCAAAAAGAAGAUGGUAUUAGAUCAUCUGGUGAUUCAGCGCAUGGACACCACUGGCCGGACGAUCCUGGAAAACAACUCAGGAAGGUCCAACUCAAAUCCUUUUAAUAAAGAAGAGCUGACAGCUAUUUUGAAAUUUGGAGCAGAGGAUCUCUUCAAAGAACUGGAAGGGGAGGAAUCAGAACCUCAGGAAAUGGAUAUAGAUGAAAUUUUGCGGUUGGCUGAAACGAGAGAGAAUGAAGUGUCAACAAGUGCAACAGAUGAACUUCUAUCACAGUUUAAGGUUGCCAACUUUGCAACAAUGGAAGAUGAAGAAGAGCUAGAAGAGCGUCCUCACAAGGACUGGGAUGAGAUCAUUCCAGAGGAACAAAGGAAAAAAGUAGAGGAGGAAGAGCGGCAGAAGGAGCUAGAAGAAAUUUAUAUGCUGCCUCGAAUUCGGAGUUCCACUAAAAAGGCUCAGACAAAUGACAGUGACUCUGACACUGAGUCUAAGAGGCAGGCCCAGAGAUCCUCUGCUUCUGAGAGUGAAACGGAAGACUCUGAUGAUGACAAGAAGCCAAAGCGCAGAGGGCGUCCGAGGAGUGUGCGGAAGGACCUCGUGGAGGGAUUUACUGAUGCAGAGAUCCGAAGGUUCAUCAAGGCUUAUAAGAAGUUUGGUCUCCCUCUUGAACGGCUGGAGUGCAUAGCACGUGAUGCUGAGCUGGUAGAUAAGUCGGUGGCAGAUCUGAAGCGCCUGGGUGAACUGAUCCACAACAGCUGUGUGUCAGCAAUGCAGGAAUACGAAGAGCAGCUGAAAGAAAAUGCCAGCGAGGGAAAAGGACCAGGGAAAAGGAGAGGUCCAACAAUCAAGAUAUCCGGAGUUCAGGUUAAUGUGAAAUCCAUUAUCCAACAUGAAGAGGAGUUUGAGAUGCUGCAUAAAUCUAUCCCUGUGGACCCUGAAGAAAAAAAAAAAUACUGCUUAACCUGUCGUGUCAAAGCUGCACAUUUUGAUGUAGAGUGGGGGGUGGAAGAUGAUUCUCGCCUGUUGCUGGGGAUUUAUGAACAUGGCUAUGGAAACUGGGAGUUAAUUAAAACAGACCCAGAGCUUAAAUUAACUGACAAAAUUCUGCCGGUGGAGACAGAUAAAAAGCCUCAGGGGAAGCAGCUACAGACCCGAGCGGAUUACUUGUUGAAGCUGCUCAGAAAGGGUCUGGAGAAGAAGGGGGCUGUGACAGGUGGGGAAGAGGCCAAAUUAAAGAAGCGGAAGCCUCGGGUAAAGAAGGAAAACAAAGUGCCCAGGCUGAAAGAGGAGCAUGGAAUUGAGCUUUCAUCUCCUAGGCAUUCAGAUAAUCCAUCAGAAGAGGGAGAAGUGAAAGAUGAUGGCUUGGAAAAAAGUCCAAUGAAAAAAAAACAGAAGAAGAAAGAGAACAAGGAGAACAAGGAGAAACAAAUGAGUUCUAGGAAAGACAAAGAAGGGGACAAGGAAAGAAAGAAGUCAAAAGAUAAGAAAGAGAAGCCUAAAAGUGGUGAUGCCAAAUCUUCGAGUAAAUCAAAGCGAUCUCAGGGUCCUGUCCAUAUUACAGCAGGAAGUGAACCUGUCCCCAUUGGAGAGGAUGAGGAUGAUGAUCUGGACCAGGAGACAUUCAGCAUAUGUAAGGAGAGGAUGAGGCCCGUGAAAAAGGCACUGAAACAGCUCGACAAACCUGACAAGGGGCUCAACGUGCAAGAACAGCUGGAACACACCCGGAACUGCCUGCUGAAAAUCGGAGACCGGAUAGCCGAGUGCCUUAAAGCCUACUCAGAUCAGGAGCACAUCAAACUCUGGAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-587.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -621.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 437.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((...(((((((((......(((....)))........(((.((((....)))).))).....((((((((..((((((((((..(((((((.(..(((((...)))))..)..((((..((((((((((...(((((((((((....)))).....((((.....))))..((((((((.(((....)))...))).........)))))....((((.(((((....)))))))))............)))))))(((((.(((...........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..)))...))))).............))))).)))))..)))).....(((((((((((((((((((......)))).(((((((........)))).......................(((((.(((..(((.((.............)).))).))).)))))........(((((.(((...((((..(((((.......)))))..))))...)))))))).(((.....)))(((((....)))))(((((((....)))))))..................(((((........(((..(....)..)))........)))))...(((((((......((....)).......((((((((.....((.(((.....))).))))))))))..))))))).))).)))))))))))))))))))))))))))))))).......((((((......(((...((((.....))))((.(.(((.((.(....).))))).)))..((((((.(((...)))))))))...)))))))))((((((.((((..(((((((.((((((.....(((((.(.((((...)))).).).)))).(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......)))))))))))))...(((((.............)))))...........(((((((..(((.((.(((((.(....)))))).))...(((.(.((((.(((((((((((.......(((.(((...((..((((.................((((((.((((((((.(((..((((((.(((((((...)))))))(.((((((((.....))).))))).)(.((((((.(((((...((((((...((((..((..((((((((...................))))))))..))...))))))).))).......)))))...)))))).)...)))))).(((((((((((((....(((....))))))))).....)))))))...........)))..))))))))((........)).........)))))).(((((.(((((.....(.....)....)))))))))).....(((((.((((((......))))))))))).(((..(((.....(((.((....)).)))...........)))..)))((((......))))..................................(((((................)))))..............))))..)).))).))).....(((....)))...........(((.......)))(((.....)))...((.....))..))).)))))))).)))).).)))....(((((((.(((...(((.(((.....))).)))....((((....))))...((.((.....((((((...(((......(.(.((((.(((.((....(((...(((......))).....)))..)).))).)))).).)......))))))))).....)).)).))).)))))))......)))..))))))))))))))..)))))))))).)))))))).))))).))))..)).((.....))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{.{{(((,,((((......|||,..,))),.....{{((({((((((.{|{{..,.,.,|.||||||(((..((((((((((..(((((({....(((((.((,{((((.((.(((.(((((.,,,,({((...{((((((({....)))),,,)}))),..,,,))))).))).)).))))))).))))){{.({........)).)).....((((.(((((....))))))))).,{{..,,{{|{|,||{{{{{{{{.,,,.,},,,,....(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..,,,...}))))},.....{(({.((((...)))).}))).......(((((((((((((((({{,......|}},.{((((((........)))).........,,,,,,,,....,,(((((.(((..(((.((.............)).))).))).))))}........(((((.(((...((((..(((((.......)))))..))))...)))))))).(((.....))){((((....}}}}|(((((((....)))))))}.....,...........,,.||,|,.,...{(({{(,...,..}}}.......,)))}},),||||{||,..||,,..}}})}.......((((((((.....((.(((.....))).))))))))))..))))))}.)))})))))))))))))))})))))))))))))))).}}},{{((({{,......(((...{(((....,))}|(({{.(((.((.(....).))))).)})..((((((.(((...)))))))))...))))))))}|{(((|.|,,,..{(((((({((((((.....(((((.(.((((...)))).}.}.)))).(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......))))))))))))}...{||||,........,.,.)))))...........{{((({(..(((,((.(((((.{....}))))).))...{((.(.((((.(((((((((((.......(((.(((,,.((..((((.................((((((.((((((((.(((..((((((.(((((({...})))))){.((((((((.....))).))))).}{.((((((.((({{...{,{(((,..{{{..{((,,,(((,,,,..},}...,}},,.,,},.}}}}}}}}..}}...,}||)}),,}}....,,,)}},,...)))))).}...)))))).(((((((((((((.,{.(.....,)},)))))).....)))))))...........)))..)))))))){(,.......)).........)))))).(((((.(((((.....{.....)....)))))))))).....(((((.((((((......))))))))))).,.{.{(((.....(((.((....)).)))....)}},...,,,|||||((({......))))..................................{{{{{................)))))........,.....))))..)),))}.))).....{((....}}}...........({{......,|||...,}},..}))},{{.....}}..))),}))))))).)))).).))}....(((((((.{((...(((,(((....,))}.}))||.,||||..}.))))...||.||.,,,.((((((...{((......{.(.((((.(((.({....(((...{({......})}.....)))..}}.))).)))).).}......))}))))}}.....,),)).))).)))))))......))),.)))))))}))})))}})),..,}|||.||||||,,.,||,,.,,))...,}||,,,}}})
Back