Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0036500

Sequence Length

746 nt

GC Content

0.4504

GGGUUUCCAGGUGUAAGGGCUUAUUGGACUGUGAAACUGUUUCUGAGAAGGCCACUGCAUAAAGUAGUAUAUUGCAUUGUGUACAGGACUUCUGUUUCCUGCUCUCGACAAGGGCUGGUGGCCUGGGAAUCAAUUUGGCUUCAGCGGACACAGUCGUCAUCUUUGACUCUGACUGGAACCCCCAGAAUGACUUGCAGGCACAAGCCCGAGCGCAUAGAAUUGGUCAAAAGAAGCAGGUAAAUAUUUACCGCUUAGUUACAAAGGGGACUGUGGAGGAGGAGAUCAUAGAACGGGCCAAAAAGAAGAUGGUAUUAGAUCAUCUGGUGAUUCAGCGCAUGGACACCACUGGCCGGACGAUCCUGGAAAACAACUCAGGAAGGUCCAACUCAAAUCCUUUUAAUAAAGAAGAGCUGACAGCUAUUUUGAAAUUUGGAGCAGAGGAUCUCUUCAAAGAACUGGAAGGGGAGGAAUCAGAACCUCAGGAAAUGGAUAUAGAUGAAAUUUUGCGGUUGGCUGAAACGAGAGAGAAUGAAGUGUCAACAAGUGCAACAGAUGAACUUCUAUCACAGUUUAAGGUUGCCAACUUUGCAACAAUGGAAGAUGAAGAAGAGCUAGAAGAGCGUCCUCACAAGGACUGGGAUGAGAUCAUUCCAGAGGAACAAAGGAAAAAAGUAGAGGAGGAAGAGCGGCAGAAGGAGCUAGAAGAAAUUUAUAUGCUGCCUCGAAUUCGGAGUUCCACUAAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-209.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -225.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 126.16

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((((..(((((((((...(((((((((((..((.((((......((((((((((........((((((.((((......(((..(((((.(((((.((((...((.(((((.(((.((((.((.(((.(((((.....(.((...(((((((((....))))...)))))...)))))))).))).)).))))))).)))))((.((........)).)).....((((.(((((....)))))))))..(((((........)))))..(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........((((..((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......))..)))).))))).)))))))).....))))))))))..........))))).))))).....)))).))...(((((.(((.(..........).))))))))..)))))))))))....)))...))))))....))))))..........(((.....)))(((((....)))))(((((((....)))))))..(((((.................(((...((((((((...(((...........)))...))))).)))...)))...))))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,.{(((((.,(((((((((...(((((((((((..((,((((({,,..(((({{((((,{{.{{{.,,{,||,|,||}}}},.,||.,{((((.(((((.(((({..,..(((((.((,{((((.((.(((.(((((.,,,,(,((...{((((((((....)))),,,)}))),,.,},))))).))).)).))))))).))))){{.({,,......)).)).....((((.(((((....))))))))),{{{.{......,}))}},...(((((((((........(((((......(((((((.....)))))))((((.((((.....))))))))..)))))((((..((((((........))))))..))))..(((...(((........,(((,.((((...)))).)))).......)))...)))))))))))).......,.,.}))).))))).))))}}))}}}}}))))),,}||,,....,||,||||}|||}}|,,.,{.,}}.,....,,,||.|||.},,.}}},,..}}),,,}})),,)))))))))))....)))..,)))))).,..)))))}..........(((.....)))(((((....)))))(((((((....))))))),.{{{{{....,,........,,,{{,,..(,((((((...,{{..,........))}...)))))))))...)))...))))).||.....,