Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD2_0042100
Sequence Length
1355 nt
GC Content
0.4716
GCUCAGACAAAUGACAGUGACUCUGACACUGAGUCUAAGAGGCAGGCCCAGAGAUCCUCUGCUUCUGAGAGUGAAACGGAAGACUCUGAUGAUGACAAGAAGCCAAAGCGCAGAGGGCGUCCGAGGAGUGUGCGGAAGGACCUCGUGGAGGGAUUUACUGAUGCAGAGAUCCGAAGGUUCAUCAAGGCUUAUAAGAAGUUUGGUCUCCCUCUUGAACGGCUGGAGUGCAUAGCACGUGAUGCUGAGCUGGUAGAUAAGUCGGUGGCAGAUCUGAAGCGCCUGGGUGAACUGAUCCACAACAGCUGUGUGUCAGCAAUGCAGGAAUACGAAGAGCAGCUGAAAGAAAAUGCCAGCGAGGGAAAAGGACCAGGGAAAAGGAGAGGUCCAACAAUCAAGAUAUCCGGAGUUCAGGUUAAUGUGAAAUCCAUUAUCCAACAUGAAGAGGAGUUUGAGAUGCUGCAUAAAUCUAUCCCUGUGGACCCUGAAGAAAAAAAAAAAUACUGCUUAACCUGUCGUGUCAAAGCUGCACAUUUUGAUGUAGAGUGGGGGGUGGAAGAUGAUUCUCGCCUGUUGCUGGGGAUUUAUGAACAUGGCUAUGGAAACUGGGAGUUAAUUAAAACAGACCCAGAGCUUAAAUUAACUGACAAAAUUCUGCCGGUGGAGACAGAUAAAAAGCCUCAGGGGAAGCAGCUACAGACCCGAGCGGAUUACUUGUUGAAGCUGCUCAGAAAGGGUCUGGAGAAGAAGGGGGCUGUGACAGGUGGGGAAGAGGCCAAAUUAAAGAAGCGGAAGCCUCGGGUAAAGAAGGAAAACAAAGUGCCCAGGCUGAAAGAGGAGCAUGGAAUUGAGCUUUCAUCUCCUAGGCAUUCAGAUAAUCCAUCAGAAGAGGGAGAAGUGAAAGAUGAUGGCUUGGAAAAAAGUCCAAUGAAAAAAAAACAGAAGAAGAAAGAGAACAAGGAGAACAAGGAGAAACAAAUGAGUUCUAGGAAAGACAAAGAAGGGGACAAGGAAAGAAAGAAGUCAAAAGAUAAGAAAGAGAAGCCUAAAAGUGGUGAUGCCAAAUCUUCGAGUAAAUCAAAGCGAUCUCAGGGUCCUGUCCAUAUUACAGCAGGAAGUGAACCUGUCCCCAUUGGAGAGGAUGAGGAUGAUGAUCUGGACCAGGAGACAUUCAGCAUAUGUAAGGAGAGGAUGAGGCCCGUGAAAAAGGCACUGAAACAGCUCGACAAACCUGACAAGGGGCUCAACGUGCAAGAACAGCUGGAACACACCCGGAACUGCCUGCUGAAAAUCGGAGACCGGAUAGCCGAGUGCCUUAAAGCCUACUCAGAUCAGGAGCACAUCAAACUCUGGAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-364.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -387.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 341.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((....(((..(((.((((....((((((.......(((.((((.((..((((((((.(((.(((((..........))))).).)).........((....))))))))))..))...)).)).))).((.((((((.......((((((.(((...)))))))))..)))))).)).((((((.((((..(((((((.((((((.....(((((.(.((((...)))).).).)))).(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......)))))))))))))...(((((.............)))))...........(((((((..(((.((.(((((.(....)))))).))...(((.(.((((.(((((((((((.......(((.(((...((..((((.................((((((.((((((((.(((..((((((.(((((((...)))))))(.((((((((.....))).))))).)(.((((((.(((((...((((((...((((..((..((((((((...................))))))))..))...))))))).))).......)))))...)))))).)...)))))).(((((((((((((....(((....))))))))).....)))))))...........)))..))))))))((........)).........)))))).(((((.(((((.....(.....)....)))))))))).....(((((.((((((......))))))))))).(((..(((.....(((.((....)).)))...........)))..)))((((......))))..................................(((((................)))))..............))))..)).))).))).....(((....)))...........(((.......)))(((.....)))...((.....))..))).)))))))).)))).).)))....(((((((.(((...(((.(((.....))).)))....((((....))))...((.((.....((((((...(((......(.(.((((.(((.((....(((...(((......))).....)))..)).))).)))).).)......))))))))).....)).)).))).)))))))......)))..))))))))))))))..))))))))))))))))....))))))).)))...))).)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((....(((..(((.(((({{..(((((({{..{((((((((,({(((.((.(((({((({.,,,,,,,,.}}}}.})))))}.{{{{{,......(({...|{{(.,.,,}}}|((,,.({(.((.{....}.})))).)}}..((((((.(((...)))))))))...}}}))}))},{((({......,{{((((((((((((.,...(((((.{.((((...)))).}.}.)))).(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......)))))))})))}}...{||||,,...........}})))...........,,((({{.,((({((,(((((.{...,||}}}},||...{{{.{.((((.(((((((((((.......{((.{{(||.((..((((.................((((((.{(((((((,(((..((((((.((((({{...}))||||(.((((((((.....))).))))).}|,||({{(.{(({{...{,{(((,..{{,..{(({{,(((,,,,..},}...}}}}},}}},.,}}}}}}},.}}...,|||}}},,},..,.,,,}},,,...)})))).}...)))))}.(((((((((((((.,{.(.....,)},)))))).....)))))))...........)))..)))))))}{{|.......)),........)))))).(((((.(((((.....{.....)....)))))))))).....(((((.((((((......))))))))))).,.{.{(((.....(((.((....)).)))....)}},...},,|||||((({......))))..................................{{{{{................)))))........,.....))))..)).))}.})}.....{{{....}}}...........{{{......,|||...}}},..}))},{{.....}}..))),)))))))).)))).},}}}.,,.(((((((.{({...({(,(((....,))}.}))||.,||||..}.)))),..||.||.,,,.((((((...(((......{.(.((((.(((.({....(((...(({......})}.....)))..}}.))).)))).).}......))})))))}.....}),)).))).)))))))......))).,))}}}}}}))}.,))))))..))}},)))))).))}))))))).)))...)))}}))...
Back