Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0042300

Sequence Length

1041 nt

GC Content

0.4621

GCUCAGACAAAUGACAGUGACUCUGACACUGAGUCUAAGAGGCAGGCCCAGAGAUCCUCUGCUUCUGAGAGUGAAACGGAAGACUCUGAUGAUGACAAGAAGCCAAAGCGCAGAGGGCGUCCGAGGAGUGUGCGGAAGGACCUCGUGGAGGGAUUUACUGAUGCAGAGAUCCGAAGGUUCAUCAAGGCUUAUAAGAAGUUUGGUCUCCCUCUUGAACGGCUGGAGUGCAUAGCACGUGAUGCUGAGCUGGUAGAUAAGUCGGUGGCAGAUCUGAAGCGCCUGGGUGAACUGAUCCACAACAGCUGUGUGUCAGCAAUGCAGGAAUACGAAGAGCAGCUGAAAGAAAAUGCCAGCGAGGGAAAAGGACCAGGGAAAAGGAGAGGUCCAACAAUCAAGAUAUCCGGAGUUCAGGUUAAUGUGAAAUCCAUUAUCCAACAUGAAGAGGAGUUUGAGAUGCUGCAUAAAUCUAUCCCUGUGGACCCUGAAGAAAAAAAAAAAUACUGCUUAACCUGUCGUGUCAAAGCUGCACAUUUUGAUGUAGAGUGGGGGGUGGAAGAUGAUUCUCGCCUGUUGCUGGGGAUUUAUGAACAUGGCUAUGGAAACUGGGAGUUAAUUAAAACAGACCCAGAGCUUAAAUUAACUGACAAAAUUCUGCCGGUGGAGACAGAUAAAAAGCCUCAGGGGAAGCAGCUACAGACCCGAGCGGAUUACUUGUUGAAGCUGCUCAGAAAGGGUCUGGAGAAGAAGGGGGCUGUGACAGGUGGGGAAGAGGCCAAAUUAAAGAAGCGGAAGCCUCGGGUAAAGAAGGAAAACAAAGUGCCCAGGCUGAAAGAGGAGCAUGGAAUUGAGCUUUCAUCUCCUAGGCAUUCAGAUAAUCCAUCAGAAGAGGGAGAAGUGAAAGAUGAUGGCUUGGAAAAAAGUCCAAUGAAAAAAAAACAGAAGAAGAAAGAGAACAAGGAGAACAAGGAGAAACAAAUGAGUUCUAGGAAAGACAAAGAAGGGGACAAGGAAAGAAAGAAGUCAAAAGAUAAGAAAGAGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-273.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -289.21

Frequency: 0.0000

Diversity: 245.87

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.....((.(((.....))).))))))))((((((((.((((((((((.((.((((.(((.......))).)))).))))))).((((((......(((...((((.....))))((.(.(((.((.(....).))))).)))..((((((.(((...)))))))))...)))))))))((((((.....))))))))))).))))))((((..(((((((((...))))....(.((..(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......)))))))..)).)...(((((.............))))).............))))).))))(((((.(((((..(((((...(((..........)))...)).)))..))))).)))))...(((.((..((((.................((((((.((((((((.(((..((((((.(((((((...)))))))(.((((((((.....))).))))).)(.((((((.(((((...((((((...((((..((..((((((((...................))))))))..))...))))))).))).......)))))...)))))).)...)))))).(((((((((((((....(((....))))))))).....)))))))...........)))..))))))))((........)).........)))))).(((((.(((((.....(.....)....)))))))))).....(((((.((((((......))))))))))).(((..(((.....(((.((....)).)))...........)))..)))((((......))))..................................(((((................)))))..............))))..)))))..........(((....)))..........))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((,....,(..((({..((({,.|,|||,||({..,|,{|||||,|||,,.{{,(((({{(({.{((((..........))))),.{{{{{{......(((...{(((...,,))}|((,,.{{{.{{.{....).))))).)}}..((((((.(((...)))))))))...}}}))})),..{{{{......{(((((((((((({((((.((((((...((((...)))).,..{.((..(((((((......(((((.((...(((......((((.((...(((((.((((.....)))).)))))..)).)))).......))))).))))).......)))))))..)).}...{{{(({{{{,...,,,..}||}|,....{{..,,..(((|.,,{{{((({(,((({{..,{|||,,,{||....,,,,..)))..,)}.)))..})})).,,))).}}}))},},.((((.................((((((..((((,,(((((,..,((((({{...,|.}))))(((((.((((((((.....))).))))).)))))...,.,{{,,,..,,,|||,..,....(((((.(((......}))...))))),}}}|..,}|..|||.},....{{||,|,,,...).))),......})..))))..))))))({.(((((((((((((.,{.(.....,)},)))))).....))))))).,)....})))))))))..)))).)))}...})))))))))..,,)))),,.(((((.(((((.....{.....)....))))))))))...}))),,}).)},.}))))))((((.((((((.{,{,((((.....(((.((....)}.))}....},,....}}}}|||{((({......)))),...............................,,},,.,..,.,,.......,,,}||||.,...............,,,}..............|||....,,,........))))