Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD2_0052200

Sequence Length

656 nt

GC Content

0.3918

GUUGCGGUGAGCCAGGAUUGCACCACUGCGCUCCAGUCUGGGCAAUAGAGUGAGACCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAUUGCAGUUUUGAAACAAAACUCAAAGGAAUCCAGAUUGAAUUAAAAUUUUGGAAAUUUGAUUAGAAAAAAACUCUGUGGAGCUUAUCCAUUGUUUUAAAACAAAAUGAGCAAAAGUUAUGAAUUAGACAGUUCAUGUAAAAGAGAAAAUUCAAAUGGCCAAUAUGACGAGAUGACCAACCUUGCUACUAGGAAAAUAUAAAUUAAAGCAACAAUAGGUUAAUCAAUUUUUUUACCCAUUCAGAUCAUCAAAAAUUAAAAAGGGAAAUACACACCGAUUGCUAAGAGUGUGAAUUGCUAUAAUCUUUGCAGAAAAUAAUCUGAAAACCCACUCUGCGGGUUGUCUGUUCCUCCAGCAGUGGUCCCUGCCUGGGAAAGACCCAGAUCCUUAGCCUGUUGCAGGUGCUCAGGAUCACUGAUCUCUUCAGUGGUGACAGAAGUCAUCUCUUAACUCUUUGAGGUUUUCUGCUCUGUGGAAUCUUAGUCCUUCUAGUCCUCAUUGCUUUAGCUGCUCUUUGAUGCCUUUAAACACUUCUUUCUUUUUUUGGGAGAUGGAGCCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-176.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -191.51

Frequency: 0.0000

Diversity: 173.31

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((((.((.......))..))))))))(((((((((((..((((((((((.(((((((..(((((((...........((((((((((((...(((((....((((((.(........).))))))..))))).((((.......))))((((.....)))))))))))))))).....((((((((((.((((((((((.(((((((.....((((((..((((((.((......(((.((((((((.....((((((((((((.......................(((.((........)).)))......(((((.............((((((((.((((((.........).))))).))).............((((......)))).....((((((((.(((.........))).))).))))))))))...((((.....))))((((((..(((((...)))))....))))))..))))))))).)))))))).....))))))))))).)).)))))).)))))).....))))).........))))))))..)))).)))))...)))))(((((.....)))))..........)))))))..)))))))...))))))))))..)))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,,((((((.({.......))..))))))))(((((((((((..((((((((((.(((((((..(((((((.{{,...,...(((((((((((|...(((((....((((((.(........).))))))..))))).,{({.......}}}|((((.....)))))))))))))))).....((((((((((.((((((({{{.||||||||....{{(({{,,{(({{(.({......||{.((((((((.,,{{(((((..,,,...............)))),....,|||},,.....,..,|,,||,.{{,,(({........,,,....,{{|,,,,.((((({.........).))))).,}}.,}.,,.,.}|,}{{{{......)))),,{{{((,{,,,|.|||}},{{{.,{|||.}}|{||,,,.,,))}},{|||,.,,,)}}}|(((((.,(((({...}}))},,,.)))))|(((((.....))))))}||||,,,.))))))))}},.}}.}))))}}))))))||..,|,|||...,,,|..,.,))))),,}))}.)))))...))))),||{,.....}}}},......}}}.)))))))..)))))))...))))))))))..)))))))))))