Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD7_0000500

Sequence Length

2734 nt

GC Content

0.4199

GCUGGUCUCAAACUCCUGAUCUCAGGGGAUCCGCCUGCCUUGGCCUCCUAAAAUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCAGCCCCUUCCUCUUUUUGGCUUCCACUUGGCCAAAGGAGCUUCCCUUUGGGGCCGCGUCUGAGUCAUGUUAGCCGCUGGUUCAAGGGAGCCAUCUGAAACUCCUUGGAGCAGGGUUUCUCCUGUAUAUGGCAAUACUCUACCUUAGAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACGUCAAGUUACAUGGUAUAAUGGAAAAAAACCCUAAACUUGGGCUAGAAAAUAUAGGCCACUAUUUUGUUUCUAAUACCACUAUGUAUAUGGACAGAACAGUUAACUGUCCACGCCCUGUGUCUUCCUUCGUGAAAGGUGGUGACACUGUACCUUCACAGCCUACUUCAUAGGACUUUGGUGUAAAAUGAGACAGCAGAUGUUAAAGUACCUUCCGAGACCAUUGUUUCCAGAACCUUCAUCACAUUGUGGUAUUAGAAACCUUGGAGUCCUCCUUGACUCUUUCACAAGCUACAUUGAAUUUGUUCUCAAAGCCUCUGGCUCUGCCUUUAAAGUAUAUGCAGAGUCUGAUACCUUUUCUCUCCACUUCUACCACCCGGGUCCAAGUGGCCUUUUUUCCUUGCCGGUGUUACUGCAGUAGCUCCCCUACUGCUCUCCCUGCUGUUGCCUGUGUUGCCUGCAGUCUUUCCAAUGUUAGCAGUCAAAGUCAUCUCUCAGAGCCAGAGCUGGAUCAUGUCCCUCCUCUGCUGAAAGCAGUUCGUGAUUCAUCCUCUUGAGGCAAAACCUCAGCCCUCACAGAAGUACCCUCUGCUCCAGCCUCCCCCAUCCAGAAUCUCAUGGGACACCACACUUUGUCCUUGCUGUCCUUUAGAUGCUCAGGUGCCAGUUCCCCUCUCAGUCUUCCACAGUUGCUCUGAUCUCCUCAGACACUGUCAGGGCCUCGUAGGGCCUGCUGGGCUGACUCCUCAGUUCCUUCCCGAUCAUACAUAACUAUCUUCCCUGUGAGGCAGUCCCUUACCACCCAAUUUAAAAUUGCACCUCCUUCCUCCAACCGGUCCCUCUGCUGUGAUUUGGUUUUUCUCUCUUACUUUCCUUUUAGUUAUUUACUUAUUUAUUUUGUUUGACUCUCUCCACAAACAAAGCUUAAUUAAGCUGCAUGAAGGAAUCGUUGUCCAUAAUGUUUACUGAUGCAUCUCCAGUGCCUAGGACAGUGUUUGACAGAUGAUAGGUGCACAAUACAUAUUUGUUGCUUAAAAUUAUAUGGGAGCUAAUCAUUGGAGGGAAAAAUGUCUUCGGUUCUCUGUAGCACACUUUUUGGCAUAGUAUAGCCGAUGAAACUUUGUAAGCAAGAUAGCAAAUAUUGUUACACUAUAGUGGCUUUCAGAAAUUGAAGACAGUGUUUCUCUUUGAGACAGUCCUGAUUAGCAAAUUACACAUUUUUCCCCUCUUGUUACAUCUACCUUAAGCCUUUUUUUUUUUUUUUUUCCUGGAGUAAUGCAUGAAUGGUGGUAUGUCUUCCCUCAGGUCAUUGCAUCUGGGUACGUAAUGUUCAUUUGUCCCGUUUACUGGUGAUACGUACUUUGAUCACUUGGUAAAGGUGAGUUAUUCCAUUUGAAAAGAAAAUUAUUAGAAUAACAUUAGUUUACUGUCAAGUUGGAAUUAUAGUGAUUUGCUUCCUUGUAAAUGAAAGAUAGUGUAUCAUUGUGGUGUUUUCCAUUUAGUUAUACUUGUUGGCUGCAGAGUAAACACUUUGGUUAUUAGACUUAGCAAUAACUUUGUGUAGAACUUUUCUGAGGGCACAAAGUUAUUUCACAUUUUUCAUUUCAGAGUAUUUCUAGCACUAUGUAUUUUGUUUAUCUAGAGAGAAAGUAACUGUGUUCUUGAUAUAGGUCAGGCCUUGCAGUGGCACAGUAUGUGACCCUAGUUUCUUUACUGUUACUUUCCUUUUGGUCAUGCUACAACUCAGGUGGUUAUGUAGUUAAACCUUAUGGGUGUAGGGGAAGGGCAGGUGGCAUGAGCUGAAAAGUGUAAGGUAACUACCCCUGAAAGUUGAUUGAUUGAAGGUUCAUUAUACAGUCAUGUGCCAUAUAAUGAUGUUUUGGUCAGCGAUGGGCCACAUAUACAACAGUGGUCUCAUGAGAUUAUAAUGGAGCUGAAAAAUUCCAUUGUCCACUGACAAUUGUAGUCAUCAUAAUGUAGAGCAACACAUUACCCAUGGGUUUGUGGUGAUGGUGGUAUAAACAAACCUACUGUAUUGCUGGUCUUAUAAAAGUACACCAUGUAAAAUUAUGCACAAUACAUAAUAUUUGAUAAUGACAGUAAACUGUGUUACUGGUUCUUGUAUUUGCUAUACUAUACUUUUUAUUGUUAUUUUGGAGUAUACCCCUUCUACCAUUUUUUUUUAAAUUUAACUGUAAAACAUCUUCAGGCAGGUCCUUCAGGGGAUAUUCCAGAAGGCAUUGUUAUCAUAGGAGAUGACAGUUCCAUGCCUGUGAUGGCCUCCGAAGACCUUCCAGUCUUCAGAGUGGCACAGAAUGUGGAGAUGGAAGACAGUGAUAUUGAUGAUCCCAACCUGUGUAGGUCUAGGCUAAUGUGUAUGUCUGUCUUAGUUUUUAACAAGAAAGUUUGAAGUUGGUCGCGGUAGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUAAGGUGGGUGGAUCACCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-814.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -864.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 633.60

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((.........)).).)((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((.((((((.(((((......(((((((.((((.......)))))))))))..((((((..((((((((.((((......)))).))).)))))))))))((((((..((((.((.(((.((((((....))))))....(((((((.((((...)))).............................(((.((((((((....((((((((..........(((.(((.......))).))).......((((((((((((((.((((...(((((((.........)))))))...((((((.........(((((.((((.........))))))))).........))))))....((.(((........))).))((((...(((...((...(((((....))))).))...))))))))))).))))))))))))))...((((((......)))))).......(((...((((........))))))).((.((((((((.............)))))))).))............((((((..(((.....)))..))))))..)))))))).)))).)))).)))(((((((.....))))))).........)))))))(((((((((((((................((((((..((((.((.((((....((((.(((((((((........(((((...)))))..)))))))))..))))(((((.....)))))(((((((.((((((...((((((.(((((....(((((..........))))).((((.((.((((((..(((((((((..((((((((((...(((((..(((((...(((((..(((((.(.(((((.....))))))))))).)))))...).))))...)))))(((((....)))))((((((..........(((((((........((((((.((......((((..........(((((((.(........((....)).......).)))))))))))....)).))))))........))))))).............(((((((..........)))))))(((((....)))))....))))))..(((((....)))))....)))).)))))).........)))))))))...))))))))...))))..(((((......)))))(((..(.(((((.((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((.((((..(((((........)))))((.(((..(((..((......))..)))..))).))....)))))))..)))))))))))).(((((((((.....))))))...))).............)))))))).))))))(((((..((((.................((((((((((.(((((((((((((((.(((.((........)).)))..))).))).((.(((((((((....(((((.((.......)).)))))))))))))).))((((((.....)))))))))))))))...))))))))))....)))).))))).(((((((((....)))..)))))).))))))).)))))).))))).)..)))..((((((.....((((......)))).....)))))).)))))..))))))...((((...(((((((.(......))))))))..))))...)))))).)))))))....((((((((.((((((((((.((((..(((((...(((((....((((((.(((......))).))))))...)))))...))))).(((((.((..(((....)))..))...)))))..(((......)))(((((((.((((((.....(.(((((.((((...((((.........))))...))))))))).))))))).))))))).)))).)))))))))).))))))))....)))).)).)))))))))).((.(((((((((...(((((.(((((......((((..(((((.......))))).))))......)))))..)))))...))))))))).))..........((((((....))))))..............))))).))))))))....))).)))))).....))))))(((........)))...(((((((.((....(((((...((((...))))...))))))))))))))..((((((.(.((((((((((((..((((...((((..........))))....))))..)))))))))))).).))))))...((.(((.((((.((((...................((((..((((((((.(((((.(((.....))).))))).(((((((((......))))))))).)).)))))).))))(((((.((((((......)))))).))..)))..)))).))))))).))(((((((..((((.......((..((((....))))...)).......))))..)))))))...(((.(((......))).)))))))).)))))).)))))).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

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