Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD7_0001100
Sequence Length
2550 nt
GC Content
0.5075
GACCUAUAUCCAGACUUUGCCUGACACUGCAGGGUCCAAGAGAAUUAAAGAAAUAUGGAAUGACAUGAAGAAGAUUAGUUAAGGAUUAUAGGCUUUGAGGGCAAACACCUCAGUGAAGUGAAGCACAGGCAAGCUCCUGAGCUGUGGUUUGGAGGAGCCGUGUGUUGGAAGAAGAUGGCAGAUCCAGGAAUGAUGAGUCUUUUUGGCGAGGAUGGGAAUAUUUUCAGUGAAGGUCUUGAAGGCCUCGGAGAAUGUGGUUACCCGGAAAAUCCAGUAAAUCCUAUGGGUCAGCAAAUGCCAAUAGACCAAGGCUUUGCCUCUUUACAGCCAUCCCUUCAUCAUCCUUCAACUAAUCAAAAUCAAACAAAGCUGACACAUUUUGAUCACUAUAAUCAGUAUGAACAACAAAAGAUGCAUCUGAUGGAUCAGCCGAACAGAAUGAUGAGCAACACCCCUGGGAACGGACUCGCGUCUCCGCACUCGCAGUAUCACACCCCUCCCGUUCCUCAGGUGCCCCAUGGUGGCAGUGGUGGCGGUCAGAUGGGUGUCUACCCUGGCAUGCAGAAUGAGAGGCAUGGGCAAUCCUUUGUGGACAGCAGCUCCAUGUGGGGCCCCAGGGCUGUUCAGGUACCAGACCAGAUACGAGCCCCCUACCAGCAGCAGCAGCCACAGCCGCAGCCACCGCAGCCGGCUCCGUCGGGGCCCCCUGCACAGGGCCACCCUCAGCACAUGCAGCAGAUGGGCAGCUAUAUGGCACGUGGGGAUUUUUCCAUGCAGCAGCAUGGUCAGCCACAGCAGAGGAUGAGCCAGUUUUCCCAAGGCCAAGAGGGCCUCAAUCAGGGAAAUCCUUUUAUUGCCACCUCAGGACCUGGCCACUUGUCCCACGUGCCCCAGCAGAGUCCCAGCAUGGCACCUUCCUUGCGUCACUCGGUGCAGCAGUUCCAUCACCACCCCUCUACUGCUCUCCAUGGAGAAUCCGUUGCCCACAGUCCCAGAUUCUCCCCGAAUCCUCCCCAACAAGGGGCUGUUAGGCCGCAAACCCUUAACUUUAGUUCUCGGAGCCAGACAGUCCCCUCUCCUACUAUAAACAACUCAGGGCAGUAUUCUCGAUAUCCUUACAGUAACCUAAAUCAGGGAUUAGUUAACAAUACAGGGAUGAAUCAAAAUUUAGGCCUUACAAAUAAUACUCCAAUGAAUCAGUCCGUACCAAGAUACCCCAAUGCUGUAGGAUUCCCAUCAAACAGUGGUCAAGGACUAAUGCACCAGCAGCCCAUCCACCCCAGUGGCUCACUUAACCAAAUGAACACACAAACUAUGCAUCCUUCACAGCCUCAGGGAACUUAUGCCUCUCCACCUCCCAUGUCACCCAUGAAAGCAAUGAGUAAUCCAGCAGGCACUCCUCCUCCACAAGUCAGGCCGGGAAGUGCUGGGAUACCAAUGGAAGUUGGCAGUUAUCCAAAUAUGCCCCAUCCUCAGCCAUCUCACCAGCCCCCUGGUGCCAUGGGAAUCGGACAGAGGAAUAUGGGCCCCAGAAACAUGCAGCAGUCUCGUCCAUUUAUAGGCAUGUCCUCGGCACCAAGGGAAUUGACUGGGCACAUGAGGCCAAAUGGUUGUCCUGGUGUUGGCCUUGGAGACCCACAAGCAAUCCAGGAACGACUGAUACCUGGCCAACAACAUCCUGGUCAACAGCCAUCUUUUCAGCAGUUGCCAACCUGUCCUCCACUGCAGCCUCACCCGGGCUUGCACCACCAGUCUUCACCUCCACACCCUCAUCACCAGCCUUGGGCACAGCUCCACCCAUCACCCCAGAACACCCCGCAGAAAGUGCCUGUGCAUCAGCAUUCCCCGUCGGAGCCCUUUCUAGAGAAACCAGUGCCGGAUAUGACUCAGGUUAGUGGACCGAAUGCUCAGCUAGUGAAGAGUGAUGAUUACCUGCCAUCAAUAGAACAGCAGCCACAACAAAAGAAGAAGAAAAAGAAAAACAACCACAUUGUAGCAGAGGAUCCCAGUAAAGGUUUUGGUAAAGAUGACUUCCCUGGUGGGGUAGAUAACCAAGAACUAAAUAGGAACUCACUGGAUGGGUCCCAAGAAGAAAAAAAGAAAAAGAAAAGGUCAAAGGCAAAAAAAGACCCGAAGGAACCGAAAGAACCCAAGGAGAAAAAAGAGCCCAAGGAACCCAAGACCCCGAAAGCCCCUAAGAUUCCCAAAGAGCCAAAGGAAAAGAAAGCAAAAACUGCCACGCCAAAACCCAAAUCCAGCAAAAAGUCAAGUAAUAAGAAACCUGACUCAGAAGCAAGUGCUUUGAAGAAAAAGGUCAACAAGGGAAAAACAGAAGGUUCUGAAAAUUCAGACUUAGACAAAACACCCCCACCAUCUCCUCCUCCUGAAGAAGAUGAGGACCCAGGUGUUCAGAAGAGACGGUCCAGCAGACAGGUGAAGAGAAAGCGCUACACUGAAGACCUGGAGUUCAAGAUUUCUGAUGAGGAGGCAGAUGAUGCAGAUGCUGCUGGGAGGGAUUCCCCCUCCAACACCUCCCAGUCAGAACAGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-728.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -780.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 509.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((((((((.((((((((........))))))))......((((((.....((((......)))).......))))))..))).)))))))(.(((((.......)))))((((.((((((.((..((((((((.(((((((((((..((((((((....((((((((..(((((((.((.((((((.((.((.......(((((.(((.(((((....)))))(((..((((((.((((((((((..(((...)))..))))....((((((...((((.((((((((...(((((.(((((....((((.((......)).))))......(((((((.((.......................(((((..((((..(((((((.....................)).)).))).))))..))))).....)).)))))))(((.....((((((((((((((.(((..........))))))............))))))).)))))))(((((((((.(((.((.((((((.((((((.((.......(((((((.((...((((((((((((...(((((((((((..((((((.(((((((((((((.(((((((((.(((.....))).)).)).))))).......((....))......((((((.((....)).).))))).....))))))))..((..((((...))))..))))))).))).(((((((.(((....(((((((((((......((((((....))))))...((((...(.((((.((.((.(((((((((.(((((.....)))))......)))))).......)))))))))))..)...))))......)))))))))))......((((....(((.((......)).)))...))))((((((..(((((....(((((.....(((((((((....((((((((.(..((.....))..).)))))))).................((((((((((.(((((..(((...........)))..))..))).))))).)))))...................))))))))).....((.(((((.((((((......(((..((............(((.(((.(((.(((.............................))).))).))))))))..))).......)))))))))))))..........)))))...)))))..))))))))).))))))).......((((.(((.((....)).))).).)))......)))....)))))).....))))).))))))))))))...))..)))))))..(((.......))).(((.(((((((.....((((...((........))..))))..))))))).)))....(((....((((..(......)..))))...))).)).)))))).))).)))))))).)))))))))....((((.((((.......((..((......))..))..)))))))).))))).)))))...)).))).))).))))....)))))).((((.(((.(((....))).))).)))).)))))).)))))))))........(((......)))...))).))))))).))))))))))....)))))))))))))))...)).......))))))))))))).))))...)))))))).......)))))))).).)))..............((((((((....(((((((((((...(((((((.....((.(...(..(((.(((...(((((((....((((.((..((((....))))...)).))))..........((((....)))))))))))..(((.((......(((((.........))))).....)))))..............................((((.....)))).))).)))..).).))....)))))))...((.(((.((((.((((..(((.....)))....))))....)))).))))).)))))))...........................((((.............))))....((............))..))))........)))))))).......((((.........(((..(.(((.....))).)..)))........(((.....)))..........................(((((.((........)).)))))..(((((....))))).........)))).....(((.........((((.((((....))))))))..........)))....((((((((((((....(((((.(..((((((((((.(((((...((.((.(((..((......))..).))...))))...))))).)))))).))))..).)))))...))))))).))))).(((.....(((((((((((..((........))..)))))))).)))....))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.(((((((((.((((((((........))))))))......{{{{{,.....((((......)))}.......})}})}..)))}})))))}{,(((((.......)))))((({.((((((.{{.{((((((((.((((((((((,.,(((((({{....(((((({,{((((((((.(,.((((({,((.((.......(((((.(((.{((((,...}))).(((..((((((.(((((({(((.,{{{...}}}.,)))}....{(((((,{,((((.((((((((...(((((.(((({....((({.{|,.....,,.}))).....,(((((((.{{{{.....{{{{{{{{....,.....|},...|}}}}}}|.......{((((.{({..,.......,.},))))))))|{.,,,,}}}}..}).)))))))|,,.....((((((((((((((.(((..........))))))............))))))).))))}),(((((((((.(((.((.((((((.((((((.((.......(((((((.{(...((((((((((((...(((((((((((..((((((.(((((((((((((.(((((((((.(((.....))).)).)).))))).......({....}}.||...((((((.((....)).)},)))).....)))))))).,((..((((...))))..))))))).))).(((((((.(((....(((((((((({......((((((....))))))...((({...{.{(((.((.(({((,((((((.(((((.....)))))......)))))}.,,,...,,,)))})))}.})..,))))......}))))))))))......((((....(((.((......)).)))...))))((((((..(({(({...(((((.....(((((((((....((((((((.(..({.....)}..}.))))))))..,..............{(((((((((.(((({..(((...........)))..}),.))).))))),)))}}...................))))))))).....({.(((({{((((((.{{{..,{.,,|{,,,.{{,......,.,{({,(((|({,..,}}}},.,,,...........,,....}}}.},,,}}},|,....},}.......))))))))))),,..........)))))...)))))..))))))))).))))))).......(((,.(((.,,....,,.))).}.)}}......)))....))))))}....})))).))))))))))))...}}..)))))))..,,,,......,||.(({.(((,,{,,{{((((((({,{(........))..)))},)))))))),)))},..(((.,..((((..{......}..)))).,.))).)).)))))).))).)))))))).)))))))))....((((.((((....{{.{{..,,......}},,,,..)))))))).))))).)))))...)).))).))).)))).}}.)))))}.{(((.(((.((,....})).))).)))}.)))))).))))))))).....,,.(((......)))...))).))))))).)))))))),,....)))))))))))))))...}).......)))))))))))))},)))...)))))))).......)})))))).),}))...{({.{{{{.{{(,,((((({..{,(((((,,{{,.,,.,{{.....,{{(((({{{(.{({({(((...,}}}|{,.....|)).}}.}|}}}}...,...,,..||||}|....,.|},.))),,})))}.},..))))}}|||.}|}}.}}}{{{{{.....,,,,}}}}}......||||||{...........................{{{,.....}))).}},{||,.{{{..,...,{|{((({{{...,.{,.||{{{{,,,,))))}.,...}}},}},.}}...,.))}.}}}.||||||||||...........................((((.............)))),...{{...,........},..)),}........}))},,})...,...|,||,.....,,.{{{..,.{((.....}}}.,..,))........(((.....)))...,,....,}},...}}},}.....{((((.((........)).))))|{,(((((....)))))}........}})}.....(((.........{((,{((((....))))))))..........,}).,..((((((((((((....(((((.(..((((((((((.(((((...((.((.(((..({......))..}.}}...))))...))))).)))))).))))..}.)))))...))))))).))))).||{....,{((((((((((,.,,........,,..)))))))).}}}....))))
Back