Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD7_0010000

Sequence Length

1024 nt

GC Content

0.4443

CUCUUAUCUUCAUUGUCAGUGGGCAUCUAUAGAAGAUCUGGAAAAAGAUAAGAGAAUUCAGCAAAAAAUUAAACGAUUUAAGGCAAAGCAGGGCCAGAACAAGUUCCUUUCAGAGAUUGAGGAUGAGCUUUUUAAUCCAGAUUAUGUGGAGGUUGACCGGAUAAUGGACUUUGCACGUAGCACAGAUGACCGGGGAGAGCCUGUGACUCACUAUCUGGUGAAGUGGUGUUCACUUCCUUAUGAAGACAGCACGUGGGAGCGGAGGCAGGACAUAGAUCAAGCAAAGAUCGAGGAGUUUGAGAAACUAAUGUCCAGGGAGCCGGAAACAGAGCGUGUGGAGCGACCUCCUGCUGAUGAUUGGAAGAAAUCGGAGAGUUCCAGGGAGUAUAAAAACAAUAACAAACUCAGGGAAUACCAGUUGGAGGGAGUAAACUGGCUACUUUUCAAUUGGUACAACAUGCGAAACUGCAUUUUAGCAGAUGAAAUGGGUUUGGGAAAAACUAUCCAGUCCAUUACAUUUCUCUAUGAGAUAUAUUUGAAAGGAAUCCAUGGCCCUUUUUUAGUAAUUGCCCCAUUGUCCACAAUCCCCAACUGGGAAAGGGAAUUCCGAACCUGGACAGAGUUGAACGUGGUUGUGUAUCAUGGGAGUCAAGCUAGUCGUCGGACCAUUCAGUUGUAUGAAAUGUACUUCAAAGAUCCCCAGGGUCGAGUGAUAAAGGGGUCCUAUAAGUUUCAUGCCAUCAUCACUACAUUUGAGAUGAUUUUGACUGAUUGUCCUGAGCUGCGGAAUAUUCCAUGGCGCUGUGUAGUCAUUGAUGAAGCCCACAGGCUGAAGAACAGGAACUGCAAGCUGUUGGAGGGACUCAAGAUGAUGGACUUGGAACACAAAGUGCUGCUGACGGGAACCCCACUCCAGAACACUGUGGAAGAACUCUUCAGCUUGCUUCAUUUCUUGGAACCAAGUCGCUUCCCUUCAGAAACCACAUUUAUGCAAGAAUUUGGUGAUCUAAAAACAGAAGAGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-286.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -304.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 162.63

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((.((((((..(((.((((((.((........((((......))))..((..((.((((..........((((((...(((((((.(((((((......(((((((((((((((((((((.....)))))))))..........((((((((.(((.....))).((((((((((........((.((((.....((((.((.(((.((((.((.(((((((.....))))))...........).)).))))))))).)))).((((((((.((((((............))))))....)).))))))......))))...))..))))))))))))))))))((((((.((((......)))).....(((((...((((................))))..)))))((((((((((((((((......))).))))))))))))).....(((((....))))).))))))((((.(((((..(((((........))))).))))).))))((((...))))....))))))))))))...))))))).)))).....(((((((((.((.((((((((.(((((.(...(((..........)))...)..)))))...).))))))).)).))))).).)))))))))))).((((.(.(((((((((((((....((((....((((((....(((....)))...))))))....))))))))))).((((((.(.......).))))))...)))))).)))))...((((.(((....))).)))))))).))..))......)).)))))).)))))))))..)))).((((...((((((((((((............(((((((..((..((((((.(((((.(((....((((...........)))).....))).)))))..))...))))..))...)))))))...)))))))(((.((((.((((......)))).))))..)))...)))))....))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((.((((((..(((.((((((.((........((((......))))..((..((.((((..........{{{{{|...{((,{{{.(((((((......(((((((((((((((((((((.....}})))))))|...,,....((((((((.(((.....))).((((((((((..{.....,,.((((.....((((.((.(((.(({{,{{,|((((((,...,)))))}.....,.,,.}},}},))))))))).)))).((((((((.((((((............))))))....)),})))))......))))...}...)))))))))))))))))){(((({{((((......))))}....{((((...((((................))))..))))|((((((((((((((((......))).))))))))))))),....{(((,....})))}.})}))){(((.(((((,.{((((........))))),))))).)))}((((...))))....))))))))))))...))))))).}}}|,,,..{{(((((((.((.((((((((.(((((.,,..{((..........)))...,..)))))...).))))))).)).))))).).}},)))))}}}},((({,(.(((((((((((((,...{(({....((,((({...(((....)))...)))))).,..))))))))))).((((((.,.......).)))))}...)))))).})))).,.((((.(((....))).)))))))).))..))......)).)))))).)))))))))..)))).((((...((((((((((((.,{,....,}.,(((((((..({..((((({.(((((.(((....((((...........)))).....))).)))))..)}..,}))}..))...)))))))...)))))))(((.((((.((((......)))).))))..)))...)))))....))))