Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD7_0011500
Sequence Length
2009 nt
GC Content
0.4614
GGUCGAGUGAUAAAGGGGUCCUAUAAGUUUCAUGCCAUCAUCACUACAUUUGAGAUGAUUUUGACUGAUUGUCCUGAGCUGCGGAAUAUUCCAUGGCGCUGUGUAGUCAUUGAUGAAGCCCACAGGCUGAAGAACAGGAACUGCAAGCUGUUGGAGGGACUCAAGAUGAUGGACUUGGAACACAAAGUGCUGCUGACGGGAACCCCACUCCAGAACACUGUGGAAGAACUCUUCAGCUUGCUUCAUUUCUUGGAACCAAGUCGCUUCCCUUCAGAAACCACAUUUAUGCAAGAAUUUGGUGAUCUAAAAACAGAAGAGCAGGUGCAAAAACUUCAAGCUAUUCUAAAGCCAAUGAUGUUGAGACGUCUCAAAGAGGAUGUAGAAAAGAACUUGGCCCCCAAAGAAGAAACUAUUAUUGAAGUUGAGCUAACAAACAUUCAGAAGAAAUAUUACCGAGCCAUCCUUGAGAAGAAUUUCACAUUUCUUUCCAAAGGCGGUGGUCAAGCUAACGUACCUAACCUAUUAAACACUAUGAUGGAAUUGCGGAAGUGCUGCAAUCAUCCGUACCUUAUCAAUGGUGCUGAAGAGAAAAUUUUGGAAGAGUUUAAAGAAACACACAAUGCAGAGUCUCCAGAUUUUCAGCUCCAGGCAAUGAUCCAGGCUGCUGGCAAGCUAGUGCUGAUUGACAAGCUGCUGCCAAAACUGAAGGCUGGUGGCCACAGGGUGCUUAUCUUUUCCCAGAUGGUGCGCUGCUUGGACAUACUGGAAGACUACCUCAUUCAAAGACGGUACCCAUAUGAAAGGAUCGACGGCCGAGUAAGAGGCAACCUCCGCCAGGCAGCUAUCGACAGAUUCUCCAAACCUGAUUCUGAUAGGUUUGUUUUCCUCCUGUGUACAAGGGCAGGAGGUUUAGGCAUUAACCUCACUGCUGCUGAUACCUGCAUCAUCUUUGAUUCAGACUGGAAUCCCCAAAAUGACCUCCAGGCUCAGGCUAGAUGUCAUAGAAUAGGACAGAGCAAAUCUGUGAAAAUCUACAGGCUGAUUACAAGAAAUUCCUAUGAAAGGGAAAUGUUCGACAAGGCUAGUUUGAAACUGGGCCUGGAUAAAGCUGUGCUACAGUCUAUGAGUGGAAGAGAAAAUGCUACCAAUGGGGUACAACAGCUUUCCAAGAAAGAAAUAGAGGAUCUUCUACGAAAAGGGGCCUAUGGUGCACUCAUGGAUGAGGAGGAUGAAGGGUCUAAAUUCUGUGAAGAAGAUAUUGAUCAGAUCCUCCUACGUCGAACCCACACCAUUACCAUUGAGUCAGAAGGGAAAGGUUCCACAUUUGCUAAGGCCAGUUUUGUUGCAUCUGGAAAUAGGACAGAUAUUUCCUUGGAUGAUCCAAAUUUCUGGCAAAAGUGGGCUAAGAAGGCUGAAUUGGAUAUUGAUGCCUUAAAUGGGAGGAACAACCUGGUUAUUGAUACUCCAAGAGUGAGAAAGCAGACCAGGCUCUACAGUGCAGUGAAGGAAGAUGAGCUGAUGGAGUUCUCAGACUUGGAAAGUGAUUCUGAAGAAAAGCCCUGUGCAAAGCCACGGCGUCCCCAGGAUAAGUCACAGGGCUAUGCAAGGAGUGAAUGUUUCAGGGUGGAGAAGAAUCUGCUUGUCUAUGGUUGGGGACGGUGGACAGACAUUCUUUCCCACGGACGCUAUAAACGCCAACUCACUGAGCAAGAUGUAGAAACCAUCUGCAGAACCAUCCUGGUGUACUGUCUUAAUCAUUACAAAGGGGAUGAGAAUAUCAAAAGCUUCAUCUGGGAUCUGAUCACACCCACAGCGGAUGGCCAGACUCGAGCCUUGGUCAACCAUUCCGGUUUGUCAGCUCCUGUGCCAAGGGGAAGGAAGGGAAAGAAGGUGAAAGCCCAGAGCACACAGCCGGUGGUGCAGGAUGCCGACUGGCUGGCCAGCUGCAACCCAGAUGCCCUGUUCCAGGAGGACAGCUACAAGAAACACCUGAAGCAUCACUGUAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-601.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -636.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 390.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((....((((.......(((((.((..((((((.(.......).)))))).....(((.((.(((((.((((.(((....))).)))).(((((...(((....)))....)))))......(((((((..(((...((.(((((.(((.((((((..(((((.(((((..((((..((.(((..(..(((...))).)..))).))..))))((((....))))(((((((((((((((((((..((((((((((((.(((((((.((((.((((......)))).))))..))).......)))).).)))))....(((.(((.(((.......)))...))).)))...((((((......))))))........))))))..))..))))))..........))))).))))))........(((....)))......)))))))))))))))).....((((((.(((((((((....(((..(((...)))..))).(((..(((.............((((((((((((.....)))))))..)))))..........(((.((((((((......((((((.((.(((.................))).)))))))))))))))).)))((((......((((..(((((((((((...((((........(((((((((.........))).))))))....(((((...(((...((((((((((.(((((((((((.((((.(((.....((((((.......)).)))).)))))))...(((......(((........)))....))).))))))))).(((....)))....((((((((.......))))))))..(((((((((((((((..(((((((((((........)))))).)))))..)).)))(((.((((....)))).)))..((((((((((....((((.((((((((((((((((.((((...(((((..(((((.....)))))...((((........))))........(((((......))))).)))))))))...)))))......))))))))))).((((((((..(((..(((((..((((...........))))..))))))))..))))))))...............(((..(((((......))))))))((((((......(.((((((((((((....((((....((((....))))......))))..)))))))).)))).).....)))))).........))))...)))...)))))))..((((((...(((((.((((...((((((((((((.......)))))))..)))))...))))...)))))...)))))).....((((((.(((.....))).).)))))..))))))))))...(((((((.((..(((((...)))))...))...)))))))....((((((((....((((......((.(((((..((((((..((((...(((((.(((((((....(((((.((((.((((..(((((((...))))..)))....)))).))))))).)).....)))))))((((.((((((..((.((((((((.(((...))).)))))))).)))))))).))))((.((.......))))...)))))...)))).)).)))).))))).)).......))))..)))))))).....(((((........)))))...........)).))))))))))...)))..))))).))))((.(((((((.........))))))).)).....))))))))))).))))))))..)))..)))...))))))))))))))).)))........((((((((.(.(((...)))).)))))))).))))).))....)))....)))))))))))).)))))...)).))))))))).....)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((((....((((.......(((((.,,.,((((((.,.......}.))))}}..,{.(((.((.(((((.((((.(((....))).)))),(({((..,{{|....}}},,,,}}}})))}...(((((((.,(((...((.(((((.(((.((((((..(((((.(((((..((((..(({(((..(..(((...))).,..))).,),,))))((((....))))(((((((((((((((((((..(((((((,,(((,{({,(((.((((.((((......)))).))))..)))......{|||,{(({(((......}))}...}||.}}}}...,|,..|,,.}|||,,{{{{||,.....)))})).}}}..),})))))..,)},}}))))..........)))))},)))))........{{{....)},......)))))))))))))))).....((((((.(((((((((....(((.,(((...))),.))).{{{..{((.,.........,|{{({{(((((((.....)))))))..})}}}.{,.......{((.((((((((......(((((,,((.(((..............,..))).)))))))))))))))).))}((((......((((..(((((((((((.{.({({..,,,,.,{{,{{{||(........,|||{}|||||{,,.(((((.,.(((...((((((((((.(((((((((((.{{{{.(((..,..{{((((.,.....}}.}}}},|},}}}}...|||,,,...{{{,,,...,,))}...,))),))))))))).,{{....}}|,,,.((((((((.......))))))))..(((((((((((({((..(((((((((((........)))))).)))))..)),))),.((((((..{{|{(((({|.,((((((((((....((((,(((((((((((,,((({(,(({((((.,....,,.,.,...)))))}}..})))}{{{{{{{.,,....(({.(((((......)))))...))).......})))))))...))))))))))).{(((((((..(((..(((((..((((...........))))..))))))))..)))))))},.......,......{{,.,{||||,.....,}||,,,,((((((......,.((((((((((((....((((....((((....))))......))))..)))))))).)))).,.....))))))..}}...,.))))...)))...))))))}...,,,((.,{{(((,{((((,..((((((((((((.......)))))))..)))))...))},...}))))}}}),))).}}.,,,|||}))))}}}}}.,,)))))),....}}))))))))...(((((((.{(..{((((...}}))),,......)))))))....((((((((.,..((((.{.{..((.(((((..((((((..((((...(((((.(((((((....(((((.((((.((((..(((((((...))))..)))....)))).))))))).)).....)))))))((((.((((((,.{(.((((((((.(((...))).)))))))).)))))))).))))((.((.......))))...)))))...)))).)).)))).))))).)).....,.))))..)))))))).....{{{{,.,...,},})})),,.........)).))))))))))...))).,))))).,,},{{.||||||{...,.}},}))))))}.}),..,.))))))))))).))))))))..)))..}))...))))))))))))))).)))........((((((((.(.(({...}))).)))))))).))))).))....))).,..)))))))))))).)))))...}}.))))))))).....)))))).......
Back