Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD7_0012100
Sequence Length
1515 nt
GC Content
0.4139
GUAUUUAUCAGCUCCACUUUGUAUUUCAGUUAUAAAAUUGAAGAUUAGCCCAUGAAAUGGCAAAGUAUUAAGUUAUUUUAAAGUGUGAUUAUAUUACAGUUUUUCCCACCUAGUACACAGAACCUUAGAUACCCUUUCCUUGGACUUUCCAGGUCAUCAUCAUAAAGGUUUUCUUCUUUAUUUGUUUGUCUUUUUGCUCUUGUGAAGGGCUGUUGAGAUUUAUAGAGAGGUUACAUACCUGUUGAUGUAAUUUUCAGAGAUAGCUGUGCUGUGCAGGUUGGUAGUUUUGCUAGGUAUGUGUAAUUUUGGGGAUGAUGUCAGACGCCACUGACGUUGGUAGGCCUGUUUGCCUGCUGCAGUUUUGAGUCUCUGUUCUUUGUGAAGCAUCUGUACUCAGCCACACCGCUUACUUCUUCAAGCCUACGUAUUUUCACUUUAGAAACUUAGGGCAUAACCACUGCACAGUAUUUCUGUGAGAAGUAAAUGAAGCAUUGUGUAUAAAAAGUGCUUGGGCCAGGCGCGGUGGCUUACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGAGAGGCUGAGGCAGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAAUAUGGUGAAAACCCAUCUCUACUAAAAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCGUGGUGGAACACGCCUGUAGCCCCAGCUACUCUGGACGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCCGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACACAGUGAGACUUCAUCUCAAAAAAAAGGAAAAGAAAAGAAAAGUGCUUGGCUAUUUUAUAUGCUGUAAGAGUUAUGUGGGCAUUAGUUAUAAUUUGUGUGCUGUAUUUGAAAUAAAUAACGGAGAUAGACUUGAAAUCUUGGUUUUUACGUGCCCCCUCCACUGACUUACUGUCUAAAACCUGUUAGCUCAGUUCAGAGUAAGGUCUGUUUUGUUUUUCUUUUCUAAAAUAAAAACUGUAUGGAUUACUCAGUUCUAUUGCCAAUCAAUAGAAAAGAGAACCAGGGAGAGACGUCUCUGCUGGCUCCUUAGUGCAGGGACUAGAUUGCUCCUGGCUCACUUCCUCUCAUUCUUUAGCUCUCCCUAGAAAGGAAGAGAAUAGAAACAGAGCAUUGCCAUGACAUUGUCUUGUCCCUCUUCUCUAUCUUCCCUAUGGCUUAGGACAAACAGAAGGGAAAGCUACAUGAAUCAGUUGGAUUUCUCCUGCUGGGUACUUUUCAAGCCUUCUGGCUGUUCAGGGCUCCUGGAUGGGUGAAAUAGUUCAUUUGACAUAAAAUUAUGCAACCUUCAUGCACUGCUCUUAUGAAAGCUGAGAGAUGAGCUCCUUCAUACUCUCACUGGGCUUUGAAAAAUGAAAAUGGAUGUUUAAUGAAUGAGAUAAUCCUGAUGUUUCAUGUUAAAAUAUGUUUUAACUUGCAAGCAAAUCAUGACACUAGUAUUUACUUAAGGUCCUUUUUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-446.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -472.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 284.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((..(((.(((........(((((((....))))))).....(((........)))...((((((.((......(((.((((((...)))))).))).....)).))))))..((((((((.(((.......(((.(((...)))))).....)))...))))))))(((((((((......(((((...((((((...))))))....)))))..)))))))))((((((........))))))((((((((((..((.((((.(((.(((((((((((((((((((...(((((..((((((((((((((((((......))))))).(((..(((((((.(((.((((..((((((((.((((...((((((((..(.(((((.(((((((((((.((((((((((....((((......((((......))))....))))..........(((((.....)))))))))))).....)))...))))....((((((((.(((.((((((..........))))))....)))))))))))....)))))))))))).)..))))))))...))))))))))))))))..))).)))).)))....)))))))))))....)))..)))))....)))))((((((((......))))))))..(((.((((..........)))).))).((((..(((((((.(((((((((((((.(((.(((((........)))))))).)))).))))....)))))..)).)))))..))))........................(((((((((((((((((((((.((((.(((.((((((((...........))))))))...))).)))).)))))))......(((((.........(((((((((((......((.((((...(((....((((.((((......))))..))))...(((((..((((((...((((((.(((....))).))))))...))))))))))).((((((..((((......(((..((((((..((((((((((((((((((..(((....))))))))))).....((.((.((((.......((((..((((....((((.(((....))).))))...))))..))))....)))).))))..))))).))))).)))))).)))......)))).))))))...))).))))...)).....))))))...)))))))))).)))))))))))))).((((....))))(((((((...)))))))(((((((....))))))).....)))))))).)))))).))))))).)))))).)))))).(((((((((((....))))).)))))).)))))).))))...((((((.((((.((...((((((......((.((((((((((.(((((((....))))))).)).)))))..))).))......))))))...)).)))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((..(((.(({....,..{(((((((....))))))),....(((........)))...((((((.((......(((.((((((...)))))).))).....)).))))))..{(((((((.{{,.......{((((((...)))))).....}}}...)))))))}(((((((((......(((((...((((({...))))))....)))))..))))))))){(((((........)))))}{((((({(({.{((.((((.(((.(((((((((((((((((((...(((((..((((((((((((((((((......))))))).(((..(((((((.(((.((((..((((((((.((((...((((((((..(.(((((.(((((((((((.((((((((((....((((,.{,..((((......)))),.,,))))..........(((((.....)))))))))))).....)))...))))....((((((({,(((.((((((.{....,...))))))....)))))))))))....)))))))))))).)..))))))))...))))))))))))))))..))).)))).)))....))))))))))}...,}}}..)))))....)))))((((((((......))))))))..(((.((((..,...,,..)))).))}.((((..(((((((.(((((((((((((.((,,(((((........)))))))).)))).)))}..,})))))..)).)))))..)))).,{{,........,,.........(((((((((((((((((((((.((((.(({.((((((((..,{{....}}))))))))...))).)))}.)))))))....,,{(((({.,,...,,,|||||{||||,,..||||,,,{{,,{{((({,.((,{.{,,,.....}),)).,))))...(((({..{(((((...((((((.{({....})).))))))...))))))))))).{(((((,,({{,..,,,,|||,.((((({,,(((((((({{((((((((..|{{....,}}))))))))..,,,{{.((.((((.......((((..((((....((((.(((....))).))))...))))..))))....)))).)))}..))))},))))).)))))).))),.,,,,}}}}.))))}}....,,.|||||{|}|||,.,}},}}}},,}}|,}))})).)))))))))))))).((((....))))|{(((({...))))))}{((((((....})))))}.....)))))))).)))))).))))))).)))))).)))))|.(((((((((({....})))).)))))).}))))).))))...((((((.((((.((.,.((((((......((.((((((((((.(((((({....})))))).)).))))}..))).))......)))))).,.)).)))).)))))).
Back