Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CHD7_0012800

Sequence Length

1361 nt

GC Content

0.4930

GCCAGUUUUGUUGCAUCUGGAAAUAGGACAGAUAUUUCCUUGGAUGAUCCAAAUUUCUGGCAAAAGUGGGCUAAGAAGGCUGAAUUGGAUAUUGAUGCCUUAAAUGGGAGGAACAACCUGGUUAUUGAUACUCCAAGAGUGAGAAAGCAGACCAGGCUCUACAGUGCAGUGAAGGAAGAUGAGCUGAUGGAGUUCUCAGACUUGGAAAGUGAUUCUGAAGAAAAGCCCUGUGCAAAGCCACGGCGUCCCCAGGAUAAGUCACAGGGCUAUGCAAGGAGUGAAUGUUUCAGGGUGGAGAAGAAUCUGCUUGUCUAUGGUUGGGGACGGUGGACAGACAUUCUUUCCCACGGACGCUAUAAACGCCAACUCACUGAGCAAGAUGUAGAAACCAUCUGCAGAACCAUCCUGGUGUACUGUCUUAAUCAUUACAAAGGGGAUGAGAAUAUCAAAAGCUUCAUCUGGGAUCUGAUCACACCCACAGCGGAUGGCCAGACUCGAGCCUUGGUCAACCAUUCCGGUUUGUCAGCUCCUGUGCCAAGGGGAAGGAAGGGAAAGAAGGUGAAAGCCCAGAGCACACAGCCGGUGGUGCAGGAUGCCGACUGGCUGGCCAGCUGCAACCCAGAUGCCCUGUUCCAGGAGGACAGCUACAAGAAACACCUGAAGCAUCACUGUAACAAGGUCCUGCUGCGUGUCCGCAUGCUGUACUACCUAAGACAAGAAGUGAUAGGAGACCAGGCGGAUAAGAUCUUAGAGGGUGCUGACUCAAGUGAAGCCGAUGUGUGGAUCCCUGAACCUUUCCAUGCUGAAGUUCCUGCAGAUUGGUGGGAUAAGGAAGCAGACAAAUCCCUCUUAAUUGGAGUGUUCAAACAUGGCUAUGAGAAGUACAACUCCAUGCGAGCUGACCCCGCGCUGUGCUUUCUGGAACGAGUCGGUAUGCCUGAUGCCAAGGCCAUAGCUGCCGAGCAAAGAGGAACAGACAUGCUAGCAGAUGGUGGUGACGGGGGAGAAUUUGAUAGAGAAGAUGAAGACCCAGAAUAUAAACCAACCAGAACACCGUUCAAAGAUGAAAUAGAUGAAUUUGCAAAUUCUCCUUCAGAGGAUAAGGAAGAAUCCAUGGAAAUACAUGCCACAGGCAAGCACAGUGAGAGUAAUGCUGAGUUAGGCCAACUUUACUGGCCUAACACUUCAACCCUGACUACACGUCUGCGCCGGCUCAUUACUGCCUAUCAGCGCAGCUAUAAAAGGCAACAGAUGAGGCAAGAGGCCCUAAUGAAGACUGACCGGCGCAGACGGCGGCCUCGAGAGGAAGUGAGAGCUCUGGAAGCGGAAAGGGAAGCUAUUAUAUCUGAGAAGCGGCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-417.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -441.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 458.06

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((((((....(((((((.......)))))))(((((...))))).....((((........))))..((((((.(((.....))).).)))))...............(((((((.((..(((((...)))))...))...)))))))(((((((((.((...........)).)))).)))))(((((((((((((((....(((((.......((((((((((....((..((....))..))....).)))))))))......))))).....)))))))((((.((((((..((.((((((((.(((...))).)))))))).)))))))).))))((.((.......))))..(((((((.((.....((....(((((((((........(((..((((.((.......)).))))..)))((((((............))))))((((...........))))((((..((((((.((((((((((.(((....)))....))))).((..(((((......)))))..)).((((......(((...(((...(.((...((((((((.(.(((...)))).))))))))))).)))...)))......))))((((((((((((((((........(((..(((....))).))).....((((..(((((((((((((...(((..((.((((..((.....))..))))))..))))))))..........(((.(((((..((((.....((((.((((.(((((.(((...(((..(((..(((.((...)).)))..))).)))...)))..............((((.....)))).))))).)))))))).)))).)))))..)))))))).))).))))....))))).))))))))))))))))(((((.....)))))..)))))).))))...((((..............)))).)))))))))....))(((((((((((((.((((.....((......))................((((...))))..................)))))))))))))))))...((((........))))(((......)))(((...)))..)).))))))).((((((((..(((((((((.......))))))))).......((((.......(((((((((((((((((((..((((....((.(((((......)))......))..))...))))..)))))).....).)))))))))))).(.((.((.((((..........)))).)).)).)..)))).))).))))).)))))))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....(((((((((.((((((((((.......))))))),((({,..||}}}..,{{((((.....,.,}||,.,|{{{{{.{{{,,,.,}}}.}.}}}||....,||||,.....{{{((((.{(,.(((((,..}}}}},|......|||||||(((((((((.{,,{......,,|||,|||}.|||}|(((((({,(((({{,,{(,(((((,,,{...{((((({(((,.,,((..((,,,{|,..)),,..),)}}}})))).},},,))}))...,.)))))))((((.((((((,.{(.((((((((.(((...))).)))))))).)))))))).))))((.((.......))))..{|||||{.{|,,,.{({,,,..,||})|||,....{,{{{|,,|({{,{(,,,....}}.},},..}}|||||||,,,.}},..,,}}}}}}}|(((.{{((.,{{..|{|...,,}|.|||{|}||||||}|||||||}},,||...,.||||||||,|(((((.,.{,.,,|||,,||.{(((......(((...,||}..,.{(.,,((((((((.(.(((...}))).))))))))}},.})),,.,})|,,.||}}||((((((((((((((((.....,...,,..|{,,{{,,,.,|}}....,((((.,{{{{{{(((((((...(((,.((.((((..((.....))..)))))),.))))))))},.......,{||}|||||..{{{{.,,..{((({,({(,(({,{,{|{...{{{,,{{{..({{.,{...}},))}..))),))},,.})),..}.,,},.,,},||||....,)))}|}}}}}.}}}}}}}}.}}}}.}}}})..)))))}}},}}}.}}}}.,,,))))).)))))))))))}}}}}((({{,|||,,}||}..}|||||.,|||{..{(({..............)))).))))}))))}}}..}{((((((((((((.,,,,.....|,......}.................{{{{...}}}}.....,,.......,...})},))))))))))}}}...{{{{..,,....)))),||.,....))|(((...)))}.)),)))))}}.{{{{{{|{,.(((((((((.......))))))))).......((((..,,...(((((((((((({(((((..(((((.,.{((...))}.....})))}...,,}},{((.....))},,,.,}......}.)))))))))))).{.((.((.((((..........)))).)).)),)..)))).})).}))}).)))}))),)))))))))