Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD7_0013100
Sequence Length
2758 nt
GC Content
0.4985
UUGGGGACGGUGGACAGACAUUCUUUCCCACGGACGCUAUAAACGCCAACUCACUGAGCAAGAUGUAGAAACCAUCUGCAGAACCAUCCUGGUGUACUGUCUUAAUCAUUACAAAGGGGAUGAGAAUAUCAAAAGCUUCAUCUGGGAUCUGAUCACACCCACAGCGGAUGGCCAGACUCGAGCCUUGGUCAACCAUUCCGGUUUGUCAGCUCCUGUGCCAAGGGGAAGGAAGGGAAAGAAGGUGAAAGCCCAGAGCACACAGCCGGUGGUGCAGGAUGCCGACUGGCUGGCCAGCUGCAACCCAGAUGCCCUGUUCCAGGAGGACAGCUACAAGAAACACCUGAAGCAUCACUGUAACAAGGUCCUGCUGCGUGUCCGCAUGCUGUACUACCUAAGACAAGAAGUGAUAGGAGACCAGGCGGAUAAGAUCUUAGAGGGUGCUGACUCAAGUGAAGCCGAUGUGUGGAUCCCUGAACCUUUCCAUGCUGAAGUUCCUGCAGAUUGGUGGGAUAAGGAAGCAGACAAAUCCCUCUUAAUUGGAGUGUUCAAACAUGGCUAUGAGAAGUACAACUCCAUGCGAGCUGACCCCGCGCUGUGCUUUCUGGAACGAGUCGGUAUGCCUGAUGCCAAGGCCAUAGCUGCCGAGCAAAGAGGAACAGACAUGCUAGCAGAUGGUGGUGACGGGGGAGAAUUUGAUAGAGAAGAUGAAGACCCAGAAUAUAAACCAACCAGAACACCGUUCAAAGAUGAAAUAGAUGAAUUUGCAAAUUCUCCUUCAGAGGAUAAGGAAGAAUCCAUGGAAAUACAUGCCACAGGCAAGCACAGUGAGAGUAAUGCUGAGUUAGGCCAACUUUACUGGCCUAACACUUCAACCCUGACUACACGUCUGCGCCGGCUCAUUACUGCCUAUCAGCGCAGCUAUAAAAGGCAACAGAUGAGGCAAGAGGCCCUAAUGAAGACUGACCGGCGCAGACGGCGGCCUCGAGAGGAAGUGAGAGCUCUGGAAGCGGAAAGGGAAGCUAUUAUAUCUGAGAAGCGGCAAAAGUGGACAAGAAGAGAAGAGGCUGAUUUUUACCGUGUGGUAUCCACCUUUGGGGUUAUUUUUGACCCUGUGAAACAGCAAUUUGACUGGAACCAAUUUAGAGCCUUUGCCAGGCUUGACAAAAAAUCUGAUGAGAGUUUGGAGAAAUACUUCAGUUGUUUUGUGGCCAUGUGUAGGCGAGUAUGUCGAAUGCCCGUCAAGCCAGAUGAUGAACCGCCCGACCUCUCCUCCAUAAUUGAGCCGAUCACAGAGGAGCGAGCCUCUCGAACUCUGUACCGCAUUGAGCUGCUACGGAAGAUCCGCGAGCAGGUUCUCCAUCACCCCCAGCUGGGAGAGAGGCUUAAGCUCUGCCAGCCAAGCUUGGAUCUGCCAGAGUGGUGGGAGUGUGGACGGCAUGACCGAGACUUGCUGGUUGGUGCUGCUAAACACGGGGUCAGUCGGACGGAUUAUCACAUCCUCAAUGACCCUGAGUUAUCCUUCUUGGAUGCACAUAAAAACUUUGCUCAAAACAGAGGGGCAGGUAAUACAUCUUCCUUGAACCCACUGGCAGUUGGAUUUGUCCAGACUCCUCCAGUCAUCUCAUCUGCUCAUAUUCAAGAUGAGAGGGUACUGGAACAAGCCGAAGGCAAAGUGGAGGAGCCUGAAAACCCAGCUGCCAAGGAGAAAUGUGAGGGCAAAGAAGAGGAAGAAGAAACCGAUGGCAGCGGGAAGGAGAGCAAGCAGGAAUGUGAGGCAGAGGCCAGCUCUGUGAAAAAUGAACUGAAAGGUGUUGAGGUCGGCGCAGACACUGGGUCCAAAUCUAUUUCAGAGAAAGGUUCCGAAGAGGAUGAAGAGGAAAAGCUGGAGGAUGACGAUAAGUCGGAAGAGUCUUCCCAGCCCGAAGCAGGAGCUGUCUCUAGAGGGAAGAAUUUUGAUGAAGAAAGCAAUGCUUCCAUGAGCACUGCUAGAGAUGAAACCCGAGAUGGAUUCUACAUGGAGGACGGAGAUCCUUCAGUAGCUCAGCUCCUUCAUGAAAGAACAUUUGCCUUCUCGUUUUGGCCUAAGGAUAGAGUAAUGAUAAACCGCUUAGACAACAUCUGUGAAGCAGUGUUGAAAGGCAAAUGGCCAGUAAAUAGGCGCCAGAUGUUUGAUUUCCAAGGCCUCAUCCCAGGUUACACACCCACCACAGUGGACAGCCCCUUGCAGAAGAGGAGCUUUGCUGAGCUCUCCAUGGUCGGCCAAGCCAGCAUUAGUGGGAGUGAGGACAUCACUACGUCUCCUCAGUUGUCAAAGGAAGAUGCCCUCAACCUCUCUGUCCCUCGCCAGCGGAGGAGGAGGAGGAGAAAAAUCGAAAUUGAGGCCGAAAGAGCUGCCAAGAGGCGAAAUCUCAUGGAGAUGGUUGCCCAGCUUCGAGAGUCUCAGGUGGUCUCAGAAAAUGGACAAGAAAAAGUUGUAGAUUUAUCAAAGGCCUCAAGAGAGGCAACAAGCUCUACCUCAAAUUUUUCAUCUCUUUCUUCAAAGUUUAUCUUGCCUAAUGUCUCAACACCAGUGUCUGAUGCCUUUAAGACUCAAAUGGAACUGCUCCAAGCAGGCCUUUCGCGCACACCCACAAGGCAUCUCCUUAAUGGCUCCCUAGUGGAUGGAGAGCCUCCCAUGAAGAGGAGGCGGGGAAGGAGGAAAAAUGUGGAGGGACUUGAUCUGCUUUUCAUGAGCCACAAACGGACGUCAUUGAGUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-888.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -938.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 825.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((((...(((((((.((((((.((..((((......((((......)).))...........(((((((((........(((..((((.((.......)).))))..)))((((((............))))))((((...........))))((((..((((((.((((((((((.(((....)))....))))).((..(((((......)))))..)).((((......(((...(((...(.((...((((((((.(.(((...)))).))))))))))).)))...)))......))))((((((((((((((((........(((..(((....))).))).....((((..(((((((((((((...(((..((.((((..((.....))..))))))..))))))))..........(((.(((((..((((.....((((.((((.(((((.(((...(((..(((..(((.((...)).)))..))).)))...)))..............((((.....)))).))))).)))))))).)))).)))))..)))))))).))).))))....))))).))))))))))))))))(((((.....)))))..)))))).))))...((((..............)))).))))))))))))).)).))))))........((((((((...(((((((........((.(((..((((((.((((...(((((((((.(((((((.(((((((((..(((((((((........))))(((......)))(((...))).....((((.(((....(((((.(((((((((.......)))))))))............(((((((((((((((((((((((((..((((....((.(((((......)))......))..))...))))..)))))).....).)))))))))))....((.((.((((..........)))).)).))(((((((..((((......(((......(.((....)).)......))).....))))..))))).)))))))))...(((....(((((((....))))))))))...))))).))).))))...........((((((.....)))))).........))))).))))))))).))).....)))).)))))))))(((((((((.(((.(((...((((...((.(((((.......)))))....)).))))))).))).))))..)).)))..(((((((..((((((..(((((..(.((((.(((((((((((((((.((((...))))..)))).)))).......((((((.((((.(((.((((((..(((.....))).))))))...))).))))..))).))))))))))))))...)..))))))))))).((((((.(((((..(((((((((((....((.((((......))))))..)))))))).(((.(((((((((..(((.(((........(((((.........)))))(((....(.((((((((...(((((((((((((((.(((...(((.((((((((.(..((((((((...........))))))))..............(((...)))..).)))))))).))).))).)))))))))).........))).))........)))))))).)..))).)))))).))))))))).))).........)))..)))))..))))))))))))).........)))).))))))..))).))........)))))))...)))).))))(((((..((((((.....((.............((((((((((..(((....))).....))))).)))))))......)))))).)))))..(((.(((((((((((.(((...((((.(((((....))))).))))((((((((((...(((.((((((((.((((((((((.(((............))).).)))))))))..))))...((((((.(((.....(((((...((((((....(((...(((((((((((((((((((.(..((..((((....(((.....)))....)))).)).)))))))))..........(((((((.....((((......((((....))))..(((.((((......)))).))).(((((.(((..((......))...)))))))).((((((..((....)).))))))((((((((..(....)..))).))))).((((..(((((((((.........))))).))))..)))).....)))).....)))))))....((((((......(((((.(((((...)))))..))))))))))).....)))).))))))).)))........((((.......))))...))))))..)))))....))))))))).....)))).))).....))))))))))))).)))))))...)))).))))))))))...)))).)).)))))(((.((((((((((...((.....((((.(((((((....(((.(..(..(((((.....(((((((..((.((((((.((((..((....))..))))..)).)))).))...))))))).....)))))..)..).)))))))))).....))))..))....)).))).))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((,,{((((,,.,,,|,|||||||||,,{{.{{{,.....,|||,...,..|}.||..,.{({{{,...||||||||...,((((((..((((.((.......)).))))..,)))))).,.....,...,(({{{,({(((({{((,.,{,,{{{,.,{{{((,((((({(......,.,}})})}|,||.....)))}||||,,((((({.,,..||||}..,,.,(((......(((....||}..,.{(...((((((((.(.(({...}))).))))))))}}}.)))...,))}...,.)))},,,||||}|||||}{{{.{..{.....,}}}.}||,,,.{{,,....}||||}}|}}}.,(((((((...{((,.((.((((..((.....))..)))))),,)))))))))},)}}}}}}}}}))})}),|{{{{,||||,{(({.,,((((({{{{{,..,((,.|(||||(,{..|...}}})))}.,))}))),,.,||((((((((((.(((((((..,{({{,{{{({{,.{((((((((((((({{{{...(((({.{(.(((...,,.{.(((((((((((((({{....,|}((((({{{{{.||||...{((({..((((..((((..............)))).))))}))))))),.}|||((((((((((.,,,,..,,,{,.....,},..........,...,.{{{{...}|||.....,,,......,,.,|||,)))))))))){({,..((((........)))).||,}....)))|||.}})),)))))))))).}.|,...))}..(((((((((.......)))))))))...(({,.{{{{.,....(((((((((((({(((((..(((((.,.{((...))}.....})))}...,,}},{((.....))},,,.,}......}.))))))))))))|{,|({(,...||}..||{((.(((((({{.(((((((((..((((.{{...(((......(.((....)).)......)))...,.))))..))))).)))){((({.,|||}....(((((((....)))))))|{.,..{{{{...,},,))),,,,},.}})))})}||}.,,})))|))}}.......{({....})))),)))))...)})))).....,,)))))))))))){{{{{(({,....}}}..))).((((,.....,,)),)),,||}|||},,{((((((((({....(((((,...((((((...((((...)))}..)))))}.((((...(({(((((.((((...))))..))))),))}{((({(.((((((.((((.(((,{{{{{{..{||,..,,))).}}}}}},..})).))))..))).))).||||||,((((({,({(|,,.,...}))))},))}}))||..||.((((((((....((.((((......))))))..)))))))).||{{(((.....)))}|{.|,.....,,,{(((((.........)))))|||....,.((((((((...(((((((((((((((.(((...(((.((((((((.({.((((((((...........)))))))).,,...,.......(((...)))..,.)))))))).))).))).)))))))))).........))).)).,,.....)))))))).,..,}},})))}})))),{((((((((.....((..((((..(((((({{{.{||,,||.........,{{,...|||.{((({{{{((((((((((((((,{{{..((((.((((.(((.....})).)))}.)))).....}},....(((((((..(((.....)))(((((...)))))((((((......)).))))}))))))(((.(((({{{{(,,,(((({,((((.(((((....))))).))))((((((((((...(((.(((({(((.((((((((({.(((...,....,.,.))).}.)))))))))..)))}...{(((({{(((.....(((((...((((((....{{{...(((((((((((((((((((.,..((..{(({....(((.....)))....}))}.)).})))))))},,.,{{{...(((((((.{{{,{{{,......((((....))))..(((,((((......)))).))).{((((.(((..{{.,|,..}}}.,)))))))}...,)))){((((.....))))).((((((((..(....)..))),,)))).((((..(((((((({.........)}))))))))..)))).,...,,}}.....))))))),...{(((((,,....((({{.{((((...))))}.,}}}})))}))),,.,,)))).))))))).|||.....},,{({{.......))))...))))))..)))))....))))))))}.....)))).))).....)))))))))))))})))}})}...)))).)))..,,,....,),)))))))))).)))).....})))}},.{(({...,,}}}}))),))))))).)).)))}.)}.....)).))))))}..|)))))..,.))))).))))}{(((((|.....}.))))))}}},..)),},...,,}..))))))).))).)))))))},...,,.))))}..})).).)))))))))})}
Back