Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CHD7_0014600
Sequence Length
2469 nt
GC Content
0.4860
GAAUUUGCAAAUUCUCCUUCAGAGGAUAAGGAAGAAUCCAUGGAAAUACAUGCCACAGGCAAGCACAGUGAGAGUAAUGCUGAGUUAGGCCAACUUUACUGGCCUAACACUUCAACCCUGACUACACGUCUGCGCCGGCUCAUUACUGCCUAUCAGCGCAGCUAUAAAAGGCAACAGAUGAGGCAAGAGGCCCUAAUGAAGACUGACCGGCGCAGACGGCGGCCUCGAGAGGAAGUGAGAGCUCUGGAAGCGGAAAGGGAAGCUAUUAUAUCUGAGAAGCGGCAAAAGUGGACAAGAAGAGAAGAGGCUGAUUUUUACCGUGUGGUAUCCACCUUUGGGGUUAUUUUUGACCCUGUGAAACAGCAAUUUGACUGGAACCAAUUUAGAGCCUUUGCCAGGCUUGACAAAAAAUCUGAUGAGAGUUUGGAGAAAUACUUCAGUUGUUUUGUGGCCAUGUGUAGGCGAGUAUGUCGAAUGCCCGUCAAGCCAGAUGAUGAACCGCCCGACCUCUCCUCCAUAAUUGAGCCGAUCACAGAGGAGCGAGCCUCUCGAACUCUGUACCGCAUUGAGCUGCUACGGAAGAUCCGCGAGCAGGUUCUCCAUCACCCCCAGCUGGGAGAGAGGCUUAAGCUCUGCCAGCCAAGCUUGGAUCUGCCAGAGUGGUGGGAGUGUGGACGGCAUGACCGAGACUUGCUGGUUGGUGCUGCUAAACACGGGGUCAGUCGGACGGAUUAUCACAUCCUCAAUGACCCUGAGUUAUCCUUCUUGGAUGCACAUAAAAACUUUGCUCAAAACAGAGGGGCAGGUAAUACAUCUUCCUUGAACCCACUGGCAGUUGGAUUUGUCCAGACUCCUCCAGUCAUCUCAUCUGCUCAUAUUCAAGAUGAGAGGGUACUGGAACAAGCCGAAGGCAAAGUGGAGGAGCCUGAAAACCCAGCUGCCAAGGAGAAAUGUGAGGGCAAAGAAGAGGAAGAAGAAACCGAUGGCAGCGGGAAGGAGAGCAAGCAGGAAUGUGAGGCAGAGGCCAGCUCUGUGAAAAAUGAACUGAAAGGUGUUGAGGUCGGCGCAGACACUGGGUCCAAAUCUAUUUCAGAGAAAGGUUCCGAAGAGGAUGAAGAGGAAAAGCUGGAGGAUGACGAUAAGUCGGAAGAGUCUUCCCAGCCCGAAGCAGGAGCUGUCUCUAGAGGGAAGAAUUUUGAUGAAGAAAGCAAUGCUUCCAUGAGCACUGCUAGAGAUGAAACCCGAGAUGGAUUCUACAUGGAGGACGGAGAUCCUUCAGUAGCUCAGCUCCUUCAUGAAAGAACAUUUGCCUUCUCGUUUUGGCCUAAGGAUAGAGUAAUGAUAAACCGCUUAGACAACAUCUGUGAAGCAGUGUUGAAAGGCAAAUGGCCAGUAAAUAGGCGCCAGAUGUUUGAUUUCCAAGGCCUCAUCCCAGGUUACACACCCACCACAGUGGACAGCCCCUUGCAGAAGAGGAGCUUUGCUGAGCUCUCCAUGGUCGGCCAAGCCAGCAUUAGUGGGAGUGAGGACAUCACUACGUCUCCUCAGUUGUCAAAGGAAGAUGCCCUCAACCUCUCUGUCCCUCGCCAGCGGAGGAGGAGGAGGAGAAAAAUCGAAAUUGAGGCCGAAAGAGCUGCCAAGAGGCGAAAUCUCAUGGAGAUGGUUGCCCAGCUUCGAGAGUCUCAGGUGGUCUCAGAAAAUGGACAAGAAAAAGUUGUAGAUUUAUCAAAGGCCUCAAGAGAGGCAACAAGCUCUACCUCAAAUUUUUCAUCUCUUUCUUCAAAGUUUAUCUUGCCUAAUGUCUCAACACCAGUGUCUGAUGCCUUUAAGACUCAAAUGGAACUGCUCCAAGCAGGCCUUUCGCGCACACCCACAAGGCAUCUCCUUAAUGGCUCCCUAGUGGAUGGAGAGCCUCCCAUGAAGAGGAGGCGGGGAAGGAGGAAAAAUGUGGAGGGACUUGAUCUGCUUUUCAUGAGCCACAAACGGACGUCAUUGAGUGCAGAGGAUGCUGAGGUGACCAAAGCUUUUGAAGAAGAUAUAGAGACCCCACCAACAAGAAACAUUCCUUCUCCCGGACAGCUGGACCCAGACACACGGAUCCCUGUUAUCAAUCUUGAAGAUGGGACUAGGCUGGUGGGGGAAGAUGCUCCUAAAAAUAAGGAUUUAGUUGAAUGGCUGAAGCUGCACCCUACUUACACUGUUGAUAUGCCAAGUUAUGUACCAAAGAAUGCAGAUGUGCUGUUUUCCUCAUUUCAGAAACCGAAACAGAAACGACAUAGAUGUCGAAACCCUAAUAAAUUGGAUAUAAACACUUUGACAGGAGAAGAAAGGGUGCCUGUUGUCAAUAAACGAAAUGGGAAGAAGAUGGGUGGAGCUAUGGCGCCUCCAAUGAAGGAUCUACCCAGGUGGCUGGAAGAAAAUCCUGAAUUUGCAGUUGCUCCAGACUGGACUGAUAUAGUUAAGCAGUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-795.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -840.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 850.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(...(((((((((((((((((..(((...(((....)))(((......)))(((...((((.((..(((.((.((..((..(.(((((((((.......))))))))).)..)))).)).)))...(((((((((((((((((((..((((....((.(((((......)))......))..))...))))..)))))).....).)))))))))))).(((((((((...(((((((((((.(((...(((((..((....))......((((...((((((..(((((((((.((...((.((((((..(((((.(.(((((((.((((.....(((((((....)))))))((.(((......))).)))))))))).....((((((.....)))))).((((((...((((..((.((((....)))).))))))...))))))(((((((((.(((.(((...((((...((.(((((.......)))))....)).))))))).))).))))..)).)))...))).))))))..))))))))....))))).)))).))..)))))).))))...)))))...)))))))(((.((((.(((((((((.((((.........)))).)))))...((..((..((((((..((((((((.((((((.((((((.((((........))))..)))))).......((((((((....((.((((......))))))..)))))))).(((.(((((((((..(((.(((........(((((.........)))))(((....(.((((((((...(((((((((((((((.(((...(((.((((((((.(..((((((((...........))))))))..............(((...)))..).)))))))).))).))).)))))))))).........))).))........)))))))).)..))).)))))).))))))))).)))...(((..((.....((((((.....)))))).....))...)))...((.(.(((((((((..((((((((((.......(((.(((((((((..((((((.....((.............((((((((((..(((....))).....))))).)))))))......)))))).))))).))))..)))..(((.((((((..((((.(((((....))))).)))).............(((.(((...((((.(((((((......))))))))))).))).))))))))).)))...((((((((((...........(((((....................))))).(((((.((((...))))))))).))))))))))(((........))).)))).))))))....))..))))))).)))...)))))).))))))))..))).)))..))..))....(.(((((((....))))))).)(((.(.(((...)))).)))...)))).)))))))..))))).((((((((..(....)..))).))))).((((..(((((((((.........))))).))))..)))).......))....))))))))).....))))))....))).....(((.(((((.(((....))).))))).)))((((..(.(((((..((((((..((((.......))))..)))).))..))))).)..))))(((..(((((((((((.((..((((((.((((((((((((((((((...((((((..(((....))).((((((((..(((.((((((((((...((.....((((.(((((((....(((.(..(..(((((.....(((((((..((.((((((.((((..((....))..))))..)).)))).))...))))))).....)))))..)..).)))))))))).....))))..))....)).))).))))).)))..))))))))))))))...)))).))))))))).....)))))((((((((............(((..((((.(((((..(((.((........)).))))))))....((((...))))))))..))).))))))))........((((.......))))(((((((....)))))))...(((((((.(((...(((((((..((.....((((((.((((.(((.((((.....)))).)))....((((.......))))......(((((....))))).............)))))))))).))..)))))))...)))..)))))))(((((.((.......)))))))))))))..))))))))))).))..))))))..)))))))(((..((((....)))).))).......))))))))))......)(((((((((((...)))))...))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(,..(((((((((((((((((.,(({...(((....))),{{......|||(((.,.||||.,,..(((.((.((..{{,,{.(((((((((.......))))))))).}.,}}}}.}).)}}...(((((((((((({(((((..(((((.,.{((...))}.....})))}...,,}},{((.....))},,,.,}......}.))))))))))))|{{{({((.{{{{|,.,,{{{,,||||,||.(((({{{((..{(((.,,...(((......(,((....||,|....,.}}},..|,|||}..}}}}}.}||}{((({.,||||,...(((((((....)))))))|,,...{{({.,{{{{{|||{{.{{..,||,{{((((,,{{,|{|({,.,{{{{,..,(({,.,,|,{{{(|{.,,,,,.}}))}},|,}}))))||||||}||,||||(.{{{{,,,,.}))).||||..,|||.,}}.}}.,|||||||,.|{(((((({||..,|(,{{||,|,{||||({{{(((({{{|||,..|}|}|}.||||...{{|(((((.((({...))))..)))))}))},{{,,,.{{(((,.{{||,{|||||||||..|))),,|||||.||{{|,{{.,{|{|||,.{|||{|||.(((({{.((((({,((({,,.....,))))),))})))}}..,,.((((((((....((.((((......))))))..)))))))).({{.((({{{{{|,,|((.{{{....,,,{(((((.........)))))|||....,.((((((((...(((((((((((((((.(((...(((.((((((((.({.((((((((...........)))))))).,,...,.......(((...)))..,.)))))))).))).))).)))))))))).........))).)).,,.....)))))))).,..,}}.)))))),)))}|||||,|||...{{(,.,(,{,..((((((,,,.,}}}}}}.....,,...}}}...((.{,(((((((((,,((((((((((.,{{..{(((.(((({((({..{{|||{},,,.||,}.....|,....{((((((({{{{(,....}))|,,,,.,})))))||||||......))})))}))))),)|||.{|||.,{((.{{((((..((((.(((((....))))).)))),{{{{{{{,,...(((.{((,,,(({(,(((((((,.,,,.}}}}}}}}}}},)),,}))))))))},,)},.{{{((((((({((,,,..{{{({.,||||{||,...,,,...,,,,|||||,(((((.((({...})})}))}}.,}|||}}}}}|||........})).)))),))))}}....}}..|||||||.}}}.,,|}}}}}.}||||}}}.,))).}||{,|{{{......}}})|))}|.||||.|||}}|,.||,|,|||},}}||}}},...,)))}(((((.....))))).((((((((..(....)..)))},)))).((((..(((((((({,......,,)})))))})).,)))).}.....}}.....}}}))))}...{{{{(({{....||||,.,{(((.,||||}}|{}},})))})))},,}}))))}}}}}|||{|},,,,,{|..((((.......))))..}))),))..))))),|..}}}||||,.{,{{{||||{|}|,..{{||||,||||||||||||{{|{{,.,,||{|||..,{{....,},}||||||||,.||||{{,,,|||||...{({,...{{||,|||||||}}}}|{|,{,,|,.||,{{..},.|||||||..{|}|||{{{.||||,.||,,,,||{{|}}}..,).))))})|{,,||||||}.....|||||.{|{.|{|,||||,|||,{{{.||||,.,....,|,.|||.||}}}.}))..}))))))),))))}...,,)))),)))))))},,..}))),||||,|||.,,.......}}}||}}|||||||{{{|||||,({|,.,.,,.}|,||||||||.{{{.,,,})}.}})))),,,})))))))))))},,,..,,|{{|.......}))}|||||||,,,,|)))),|{,.(((((((.(((...(((((((..((.....((((((.((({.(({.((({.....)})),}}}.,,.{(((.,.....))}}.,}...(((((....))))).............}))))))))}.}}..)))))))...)))..))))))),||||,|}.....,},,,,}}))}}))}..})))))))))).)),,))))))..))))))){{{..((((....)))).}},....,,.))))))))))......)(((((((((({...}))))...))))))
Back