Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CNOT6L_0001700

Sequence Length

1055 nt

GC Content

0.4265

GCAAUCCUUUAUCACAGGAUAUUCUCAACUUAUACCAGGACCCAGAUGGAACCCGAAAGCUACUGAACUUCAUGCUUGACAAUCUCGCAGUUCAUCCAGAGCAGCUUCCUCCGAGGCCAUGGAUUACAUUAAAAGAACGAGACCAAAUUCUGCCGUCAGCAUCAUUCACGGUUAUGUGUUACAAUGUGUUAUGUGAUAAAUACGCUACCCGGCAGCUAUAUGGCUAUUGCCCAUCCUGGGCAUUAAACUGGGAAUACAGGAAAAAGGGAAUUAUGGAAGAAAUUGUUAACUGUGACGCAGAUAUCAUUAGUCUUCAGGAAGUGGAAACAGAGCAAUACUUCACUCUCUUUCUGCCAGCAUUGAAGGAGCGUGGAUAUGAUGGAUUUUUUUCUCCAAAGUCACGUGCCAAAAUCAUGUCUGAGCAGGAGAGAAAGCAUGUAGAUGGUUGUGCAAUAUUCUUCAAAACAGAAAAAUUUACAUUGGUGCAGAAGCAUACAGUGGAAUUUAACCAAGUGGCGAUGGCUAAUUCAGAUGGAUCCGAAGCUAUGCUGAACAGAGUGAUGACAAAAGAUAACAUUGGUGUCGCUGUGGUAUUAGAGGUCCACAAAGAACUAUUUGGAGCAGGUAUGAAGCCUAUUCAUGCUGCAGACAAACAGCUGCUUAUAGUGGCAAAUGCCCACAUGCAUUGGGACCCAGAGUAUUCUGAUGUGAAGCUCAUCCAGACCAUGAUGUUUGUCUCAGAGGUUAAAAACAUUCUGGAGAAAGCCUCUAGUAGGCCUGGAAGCCCAACUGCAGAUCCUAAUUCCAUCCCGCUGGUGCUAUGUGCAGAUCUUAACUCAUUGCCAGAUUCAGGUGUUGUGGAAUACUUAAGCAAUGGAGGAGUAGCUGACAACCAUAAAGACUUCAAGGAACUAAGGUACAAUGAGUGUCUUAUGAACUUCAGCUGCAAUGGAAAGAAUGGAAGCUCAGAAGGGAGAAUCACACAUGGCUUCCAACUUAAGAGCGCCUAUGAAAAUAACUUGAUGCCUUACACCAAUUACACCUUUGAUUUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-269.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -290.70

Frequency: 0.0000

Diversity: 274.58

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(...((((((((..((((.((((((((((....(((.((..((....))..))...((((...(((...))).))))...(((((.(((((..(((((.....(((((....)))))..)))))..............(((.......((((((((.(((((((....(((.(((.(((((((........))))))).))).(((....)))((((....))))..((((((...)))))).....(((......))).......(((((((.(((........((((((.(((.(((((((((((..((((...(((.((....)).((((.....(((((((((((.((((((((((.((.((.((((((......((((........))))...)))))).))....))))).))).))))))))))..(((((........))))).......(((......)))((((((.(((((((((....)))).))))))))))).......((((....)))).(((((((((........)))).)))))((.((((((..(((.........)))..)))))).))........(((((.((((......))))..((((.((((((.....)))))))))).........((((((...)))))).(((((......))))).)))))((((....))))..))))))))).))))))).))))))))))).)))..))))))......((((.((...((.(((((.....))))).))....)).))))))))))))))...))).)))))))))).)))))......)))))))).)))))..))))))).)))))))))..)..))))))))((((((((....(((((.(((((((..(.((....)).)..)))).))))))))....))))))))...........(((((((.((....(........)...)))))))))...((((.(((.(..............).)))))))............)((((....))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(...(((({{{{...|||,{(((((({,{.....{{.((..((....))..}}...,{{{...{{,..,|||.||||{,..{(((.(({(({,{((((..,..(((((....)))))..)))))..........,,..(((...,...((((((((.(((((({..,,(({.{((,({{{{{{.,,,,...)))))},.,,}.|||...,))){(({....))))..((((({...}))))).....{{(,,....)}}......,((({{{{.(((,.....,,{(((((.(((.(((((((((((..((((...{((,(({....,.,,{...||||||,|((((({{((((((((({,((.((.((((((...{..{(((......,,)}))...)))))).))....))))).))).))))))))))..{((((........)})))....,,,({{.....,))}((((((.(((((((((....)))).))))))))))).......((((....))}}.{((((((((........)))).))))}((.((((((..(((.........)))..)))))).))...,,.,.(((((.({{{......||||..((({{((((((.....))))))))))...,,,,..({((({...})}))).,{{{(......)))))})))))||||}},})}),.,})}}})))).})})))).))))))))))).))).}}}))},..,,..|(((.((...{{,|||{{..,..))))}.))....)).)))})))))))))),,}))}.)))))))))).)))))..,,..}}}||}||.}}}}},|||||||}.}}))))))).,),,))))))}}((((((((....((({{((((((((..(.((....)).)..)))).))))))))....))))))))........,..(((((((.((....{,....,}.}...)))))))))..,|{((.(((.{.,,...........}.))))))}..,,,.......)((((....))))