Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CNTRL_0001400
Sequence Length
2056 nt
GC Content
0.3852
GUUUUGAUGAACACCUGGCUUUAUUCUUGCAAUGAAGAAAGGUUCUCAACAAAAAAUAUUCUCCAAAGCAAAGAUACCAUCAUCAUCUCACUCUCCUAUCCCAUCAUCUAUGUCCAAUAUGAGAUCUAGGUCACUUUCACCUUUGAUUGGAUCAGAGACUCUACCUUUUCAUUCUGGAGGACAGUGGUGUGAGCAAGUUGAGAUUGCAGAUGAAAACAAUAUGCUUUUGGACUAUCAAGACCAUAAAGGAGCUGAUUCACAUGCAGGAGUUAGAUAUAUUACAGAGGCCCUCAUUAAAAAACUUACUAAACAGGAUAAUUUGGCUUUGAUAAAAUCUCUGAACCUUUCACUUUCUAAAGACGGUGGCAAGAAAUUUAAGUAUAUUGAGAAUUUGGAAAAAUGUGUUAAACUUGAAGUACUGAAUCUCAGCUAUAAUCUAAUAGGGAAGAUUGAAAAGUUGGACAAGCUGUUAAAAUUACGUGAACUCAACUUAUCAUAUAACAAAAUCAGCAAAAUUGAAGGCAUAGAAAAUAUGUGUAAUCUGCAAAAGCUUAACCUUGCAGGAAAUGAAAUUGAGCAUAUUCCAGUAUGGUUAGGGAAGAAGUUAAAAUCUUUGCGAGUCCUCAAUUUGAAAGGCAACAAGAUAUCAUCGCUCCAAGAUAUAAGCAAGUUGAAACCGCUUCAAGAUUUGAUUUCUCUGAUCCUAGUUGAAAAUCCAGUUGUGACCCUUCCUCAUUACCUCCAGUUUACCAUUUUCCACCUCCGUUCAUUGGAAAGUUUGGAAGGUCAGCCAGUAACCACUCAGGAUAGACAGGAGGCUUUUGAGAGAUUCAGUUUAGAAGAGGUAGAAAGACUGGAAAGAGACCUAGAAAAAAAGAUGAUAGAAACUGAAGAGCUUAAGAGCAAACAAACAAGGUUCCUUGAGGAAAUUAAAAAUCAAGAUAAAUUGAAUAAAUCAUUAAAAGAGGAGGCCAUGUUACAGAAACAGAGCUGUGAGGAACUCAAGAGUGACUUAAACACAAAAAAUGAAUUGCUAAAACAGAAGACCAUAGAAUUAACACGAGCAUGUCAGAAGCAAUAUGAGCUGGAACAGGAAUUGGCCUUUUAUAAAAUUGAUGCUAAAUUUGAGCCACUAAAUUAUUAUCCAUCAGAGUAUGCUGAAAUUGAUAAAGCCCCAGAUGAAAGCCCUUACAUUGGCAAAUCCAGAUACAAGAGAAAUAUGUUUGCCACAGAGAGUUAUAUUAUUGACAGUGCUCAGGCAGUACAGAUCAAGAAGAUGGAGCCAGAUGAACAACUUAGAAAUGAUCACAUGAACUUGAGAGGCCACACACCACUGGACACGCAACUGGAAGACAAAGAAAAAAAAAUAAGUGCAGCACAAACUCGACUAUCAGAACUGCAUGAUGAAAUAGAAAAGGCAGAACAACAAAUUUUGAGAGCUACUGAAGAAUUUAAACAACUGGAAGAAGCUAUACAACUAAAAAAGAUUUCAGAAGCAGGGAAAGACCUUCUUUACAAGCAGUUGAGUGGUAGACUACAACUUGUAAAUAAAUUACGCCAGGAAGCUCUGGAUCUAGAACUGCAGAUGGAAAAGCAAAAGCAGGAAAUUGCCGGAAAGCAGAAGGAGAUUAAGGACCUGCAAAUAGCCAUAGAUAGCCUGGAUUCCAAAGACCCAAAACAUUCCCAUAUGAAGGCUCAAAAGAGCGGUAAAGAACAACAGCUUGACAUUAUGAACAAGCAGUACCAACAACUUGAAAGUCGUUUGGAUGAGAUACUUUCUAGAAUUGCUAAGGAAACGGAAGAGAUUAAGGACCUUGAAGAACAGCUUACUGAAGGCCAGAUAGCAGCAAAUGAAGCCCUGAAGAAGGAUUUAGAAGGUGUUAUCAGUGGGUUGCAAGAAUACCUGGGGACCAUUAAAGGCCAGGCAACUCAGGCCCAGAAUGAGUGCAGGAAGCUGCGGGAUGAGAAAGAGACAUUGUUGCAGAGAUUGACAGAAGUCGAGCAGGAGAGAGACCAGCUGGAAAUAGUUGCCAUGGAUGCAGAAAAUAUGAGGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-439.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -481.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 461.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((..((((..(((((((.....)))))))..))))..))).)))))....(((((.............((((.....((((..((((..(((((...(((((((((((...((((.((((((((........(((((((...)))))))..(((.(((((((.((((((.(..((((((((((.((((.......))))............((((.(((((......))))).))))......(((((((........)))))))............((((((((............((((........((((((((((.......((((((.((((((((((((((((.(((((.((........((((.....)))).....(((((((.((.((.(((((.((.(((.(((.......((((......))))(((((..(((.(((((((....((.((.......))))....))))))).)))((((((....(((((........(.(((((.....))))).).....((....)).(((((.(((.(((((((........))).)))).))).)))))((((((((((((((.((((.(((.((..((((((((............(((((..........)))))...)))))))).)))))...))))))))))))))....)))).))))).......))))))...)))))))).))).)).)))))))))))))))))).)))))..)))))))))..)))))))..((((((..((.(((..(.....)..)))(((((((((...((((((((.......((.......((((........))))........)).....))))))))...))))))))).....((((.((((((((..............((((......))))..............))))).))).))))((((........))))(((..(((....)))..)))............(((..((((...........................))))..)))..(((.......)))......)).))))))(((((((.............(((((.(((.(((.................)))..))).))))).............))))))).........((((((((...................))))))))))))))((((......)))).(((((.....)))))..(((.....))))))))))))).......))))..(((....))).....)))).)))).))))))))))..)......))))))...................((((((....................)))))).........))))))).))).............((((((.(((..(((((((.....((((((......................))))))(((.(((......))).)))((((...((((((((.....))).)))))))))..)))))).)..)))..)))))).)))))))).)).))..)))).........(((((.((((.((...........)).)))).....))))).......))))))).((((((((((....((((((...(((......)))...((((....))))((((..........(((((..........)))))..)))).....((.((((((.((((.....)))))))))).))((((.((..(....)...)).))))..((.((((......(((....))))))))).(((((((.(...((((..(((.....))).))))...).)))))))..))))))....)))).(((............))))))))).(((((..(...)..)))))((((....)))))))))))))..))))(.((.((((...((((......))))..)))).)).)....((((((....))))))..)))).............)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((.(((..((((..(((((((.....)))))))..))))..))).)))))....(((((,........,{{.,,{,..,,.((((..((((..(((((...(((((((((((...((((.((((((((........(((((((...)))))))..(((.(((((((.{{{,{,.(..((((((((((.((((,,,....}}||...,.....,,.|.|||{({(({.||..,,}).|}},},,},..(((((((.,......)))))))............((((((((............{{{,...|,...(((((((((({,,....{{,(((.{(((((((((((((((.(((((.((.....,,{((,,.....}),,},,,,{(((((((((.(,{(((((.((.(((.(((.,,,{||((,{.,,,,.,|,|{{,||,,|{{.{({((({....((,({......,|,||,...}}}}}}}.))),.,,,.....,||||.....,{,{.(((((.....))))).}..,.,||....,{((((((.(((.(((((((........))).)))).))).))))))|{,(((((((((((((((.(((.((..((((((((............(((((..........)))))...)))))))).)))))...)))))))))))))),...}}}},}}|},.....,})})},},..}}}},))).))).)).)))))))))))))))})).)))))}.))))))))}.,)))))))}}},{,{{...,.(((.{{.....}..}}}(((((((((...((((((((.....,..,.......((((........)))).........)..,..))))))))...))))))))).....,{{{.((((((((..............((((......)))).....,,,......}||||||||,|||}.(((.......,||}|(((..{{{....}))..))}...,.,......{({..((((...................,,......}))),,)}}..|||.......}))|..,}},....}|||}||||,......}}}}|||.,,||{||||,,,,...,,,{{{||..{({{.,...,)))}...}}}}},.|,..,.||||..,}|.,,,.,..(((((({(.,,...............,}))))))}.,}}},{||{......)))).|||||,.}}}))}}),.,||.....,,}))))))))))...,...}}}}..,||.,,.,,,.....)))).)))).))))))))))..).,.,..,{|.....,................((((((.................,..)))))).,,,.,...))))))).))).,,.......,}}((((((.(((..{((((((.....((((((......................)))))),{(.(((......))).))|{{{{,,.{(((((((.....))).))))))))},.)))))).}..)))..)))))).)))))))).)).))..))))...,{....(((((.{{((.((...........)).}))).....))))).....,,))))))).{((((({(((....((((((...{,(,,....,,}...((((....)))){{{........,{.(((((..........))))).}},||,,{.{({.,,,|||.||||}}.,,||||||||||{{|{.,{,{{{,{{...{..,,....}}..|{.||||,.......{{|,.||{}}}}}).|,{|||{,(...,{{,..(((.....))).)))),,,)}))))})),.))))))....)))).|}|}}}.,{{{{,...||||}|}}.{{{{{,,|,..,,,))}))((((....)))))))))))))..)))}..,{.{(((...,,(({,{....))),|||}}|}}.,...,|{|||{,...}}}))),.}}}}.,,,,........))))),.
Back