Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CNTRL_0002500

Sequence Length

710 nt

GC Content

0.3676

GUCACUUUCACCUUUGAUUGGAUCAGAGACUCUACCUUUUCAUUCUGGAGGACAGUGGUGUGAGCAAGUUGAGAUUGCAGAUGAAAACAAUAUGCUUUUGGACUAUCAAGACCAUAAAGGAGCUGAUUCACAUGCAGGAGUUAGAUAUAUUACAGAGGCCCUCAUUAAAAAACUUACUAAACAGGAUAAUUUGGCUUUGAUAAAAUCUCUGAACCUUUCACUUUCUAAAGACGGUGGCAAGAAAUUUAAGUAUAUUGAGAAUUUGGAAAAAUGUGUUAAACUUGAAGUACUGAAUCUCAGCUAUAAUCUAAUAGGGAAGAUUGAAAAGUUGGACAAGCUGUUAAAAUUACGUGAACUCAACUUAUCAUAUAACAAAAUCAGCAAAAUUGAAGGCAUAGAAAAUAUGUGUAAUCUGCAAAAGCUUAACCUUGCAGGAAAUGAAAUUGAGCAUAUUCCAGUAUGGUUAGGGAAGAAGUUAAAAUCUUUGCGAGUCCUCAAUUUGAAAGGCAACAAGAUAUCAUCGCUCCAAGAUAUAAGCAAGUUGAAACCGCUUCAAGAUUUGAUUUCUCUGAUCCUAGUUGAAAAUCCAGUUGUGACCCUUCCUCAUUACCUCCAGUUUACCAUUUUCCACCUCCGUUCAUUGGAAAGUUUGGAAGGUCAGCCAGUAACCACUCAGGAUAGACAGGAGGCUUUUGAGAGAUUCAGUUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-150.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -165.68

Frequency: 0.0000

Diversity: 250.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.......(((((((((((((((((((((((((((((......)))))....)))).)))....(((((((((((.(((.......(((((((((((.((....)).))........(((((((.......(((..(((((.((.(((..((((((...((((...................))))..))))))..))).)).))))).)))....((((((..(((..(((((..((.(((((.((((.(((((..(((((.........)))))))))).))))))))).)).)))))..)))....))))))..(((.(((((((....((.((.......))))....))))))).)))........)))))))......))))))))).....))).)))))))).)))...(((((((.(((.(((((((........))).)))).))).))))))).....(((((((.((((.(((.((..((((((((............(((((..........)))))...)))))))).)))))...))))))))))))))))))))).))))))).........)))))(((((((((..((((((.(((((((((((((((..((((.....)))).....)))))))).....(((....)))..)).))))).))))).)..)))).))...))....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.......(((((((((((((((({.,,,.((((((((...,,({({{{.((,(({(((..{(((((((.(((({.,(,....,,.{,{{((((({(,({.,,,}}.||}.,.,|,|{(((((({|..|||,,({{(({((,((,(({,,((((((...{{{{.....,,........,}..},,}..))))))..)}}.}},))))}.|||{((((({((,...||.}||||,,,|,.,((({{{{,,.{||{|.,|||{,...}}}}}}}}}}})))}}.}}},)))}}.}}|)}},|..|||..,.}}},}},}}||.,||||||,.,,||}||,....,,},))}}.}))))))).)))}}}.},....,||||....,||,{.(((((.....))))).),,},}|},....(((((((.(((.(((((((........))).)))).))).))))))){,{((,,,,.,,,||||,{|{.||}}||{{,,||}}}}}.......(((((..........)))))...||||||||.,,,}},,,)}})))))},,)))))))))).))))))).........)))))({{((((((..{(((((.((((((({{{(((((,.{{{{.....)))),,}..}))))||}...,.,,,..,,.,,..)).))))).))))).)..)))).))...}}....)