Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CNTRL_0005100
Sequence Length
2375 nt
GC Content
0.3352
GCCCUUUUCUGCUGAUUCUUUAUUCUUCCUUAAAGGUAGUUCUUCCAGGCCUGAACUGUGUUUUUCAGGGUUUGCAUGAUAACUUGCAUUAAUAUGCUUGCUUACAUUUUAAGUUUUGAAACUGGCUUGUCUUCUUGGGAAAUGUGGUUGUGUGCGUAUGUAUUAUUUUUUUUUAAUGGAUGUUUAUAUAGGAGAGCAAAUUUGAAUGUGGGGGAAAGAAUUAUUUUUCUGAUUGGUAAAUAUGUUACCUUCAGUCAACUCUUGAUUAUCCAAAGCUAAUACUGUGACUAGCCUACUUUCCAGUUCAUUUGACAUCUAUUUUGCUUUUAUUCAUGCAUUUCUUCAACAGAUAUUUAUUGAGUGCUUACAAUAUGCUAAGCCUGGGGCUUAUAAAAGUCACAAAAGUACUUUGAAAUGCACAGCCUAUUUAUUAUUAUUUGCCUGCAGAGACCAGUUCAUGUAUUCUCUGUGAUUCCAGUCACAUUUGCCUGUUGUUUGCCACUAUUGCCAAUGAGUUUUGAGGAGAGAACCCAAGAUUAGUUGACAGUGUUGAUUGUGAGUUGCUUUCUUGAGACUCGGAGACUUAUGAUCAUUCAGUGAAAAUAUCAAUGUGGGUAAUGUGCUGGACACCCUGCAGCAGUACAUCGAAGGCAGCAUGGAAGAAUAGGCAGUAUUGGAUUUGAAAUCAGGAGACUUGGAAUUGAAUUCUGCCUCUUCCACUACCAGCUGUGAAAUUGGGCAAGUUAUUUAACUUCUCUGUGCAGCUUUUAUCAUCUUAUUGGGUGGUUGUGAAGAUUUAGUGCAAUAACAUAUGUAAAAUGCUUAGCACAAUGUCUGGCACACAUUGAGUAUUUGGCUCAAUGUUACCCAUUAUCUAGGCUAUUACUUCCAUUUUGAUGGAUAAUCAGGAGGUGACUGUGAGCUAAAUCAUGCACGACUUUGAUUUCCUGGGCCUUGUAAAAUGUUUGUGUUUGUUUAUGUUUUAUUCUCUUCAGCUUGCACUUUUAUAUUAAUGAAAUUUUUCUGCAUGUUUUUUCUUUGAUAUCUACCAUCAGAUACUGGCCAAAAAAAGACAAAAAUCACUUAGUGGAUCUUUGAAAUAAACUCAAAGUUUGGUUUAGUAGAAAGGAGCUAGUACUAGUAGUUAGUUAAUAAAAUAUUUAGUUUCUGACACUGAUCUAAUAUGUAACUUUAGACAAGUCAGUUCAUCAAUCUGAGACUUAAUUUCUGUAUUUAUAAAUUCAGAGAAUUAGAUUGGAUCAUUUGUCUUCUCCAAGCUCCAAAAAUUUCUAAGAAUAAAAAGUUAUAGUAGAAUUACUUUAUUAAAAUUGAAUAUUACAUAUUUGGAUCUGGUUGAGCUUAUUCACAUCCCUUAUUCUUUAUUACAAAGAAUAAUAUUCUGAACACUUAAUACUACAGCAACAACAGUAUGACAAUUAAAACCAAGCUCUUCUUUUCAUCCUUCUCAUUCCUCUUUAUUUCUCUGCAGUUAAUGUCAGUUAUCAUUUUCCCUUGUAAUUUGAAACUAUUGUUAAAGUCGGAAAGUCAGUUUAAGAAAUUAGUGCUAAUUAUUGGAAAAUCAGGAAGCAGGUAUUUAUUAGGCCAGUUACACAAAAAUAAUUGAUACAAAAAUAUUUUCAUGUUUAACAAAUUUAAGUGAUUUUUAAAAUCAUUAUUCAUUAUAUCGUGAAGCAGCAGAUAAACUUCAAAGGUCUUUUACAUGAUCUCUGAUGAAAUAAUAAUUUUGUAUUUCAUUUUUUAUAAUUUAGAAGUAAGAUAAAAUGUUCUGAGUGUUGUGCAGCUUACUGUGAAGUUUUUAAACAUAUAUGAUUAUAACUUACGAUGAGAACUUACCAUAUCAUCACACCUUUAUACUAACUUACUGAUCCUGUAUGUUGUCUCAUAUCAAAUUGGGCCAAUAGCUAAAACAGAAGACCAUAGAAUUAACACGAGCAUGUCAGAAGCAAUAUGAGCUGGAACAGGAAUUGGCCUUUUAUAAAAUUGAUGCUAAAUUUGAGCCACUAAAUUAUUAUCCAUCAGAGUAUGCUGAAAUUGAUAAAGCCCCAGAUGAAAGCCCUUACAUUGGCAAAUCCAGAUACAAGAGAAAUAUGUUUGCCACAGAGAGUUAUAUUAUUGACAGUGCUCAGGCAGUACAGAUCAAGAAGAUGGAGCCAGAUGAACAACUUAGAAAUGAUCACAUGAACUUGAGAGGCCACACACCACUGGACACGCAACUGGAAGACAAAGAAAAAAAAAUAAGUGCAGCACAAACUCGACUAUCAGAACUGCAUGAUGAAAUAGAAAAGGCAGAACAACAAAUUUUGAGAGCUACUGAAGAAUUUAAACAACUGGAAGAAGCUAUACAACUAAAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-516.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -568.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 574.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((....((((((..((((((.....(((.((...(((((...((...(((((((((((((.....((((....(..((((....))))..)....(((((((((((......(((((((.(((((((((....((((.(((((.(((.(((((((.((((((.....(((((.......(((((((.((((.(((...((.(((((((......))))))).)).(((((.....)))))..((((((.((((((((((((((...........((((.(((((((.....(((.....)))..........(((..........)))...........((((((((((((((((..((((((.((((((((...))))))..(((((.((....)))))))....((((..((..((........))..)).))))((((.((.....))...))))((((((....))))))...)).))))))..))...(((((.((((.(((((((.((......))))))))).)))).)))))..(((((((((((.((.((....))...)).))))))))))))))))))))..)))))...(((((((((((((((((((...(((((((.(((((....((.((..(((((((...(((((.(((.(((((.((.((....)).)).))))).))).)))))))))))))).))(((((((.....(((.(((((....))))))))..))))))).....(((((....)))))(((((..............)))))..)))))...))))..)))...)))))))))))((((((((.....))))))))))))))))....)))))))))))...........)))))))))))))).))))))...((........)).))).)))).))))))).(((.(((((...((((..(((((.....((((((((...((((((.(((.............((((.(((.(((((..(((((((.((((.(((((......))))).....)))))))))))(((((((((((((.....((((((.......))))))..((((((((((((.....(((....((((((((((((...........(((((((((...((((((..(((((((((..((((((((((....((..((((((((.......((((((.(((....))).)))))).))))))))))..))))))))................................((((.(((((((.....))))))).)))).))..))))))))).((((..((..((((((.((((......(((((((((.....))))))))).....))))......(((((...........))))).............))))))..))....))))......((((.(((((.......(((((.....(((((((.((........))))).))))....))))))))))..)))).))))))...))))))))).))))))))))))..........))).....))))))))))))((((.(((((((((.((.......)).))))))..))).))))....)))))))))))))..........(((((......)))))...))))).))).))))..((((........))))(((((((..((((((((((..(((((.((((((........)))))).)))))...((((((((((((((((.......((((((((((..(((.((....)).))).)))))..(((((............)))))...............(((.(((.....((.(((((.((((........)))).))))))).....))))))..)))))......))).))))).)))).)))).....((.(((..((((..(((((...(((......))).))))).))))..))))))))))))))).)))))))))).))))))...))))))))..)))))..))))..)))))..)))..))))).....))))))))))))).))))))))...((((......))))..(((....))).))))..)))))))))..)))))))......))))).))))))....))))..))))))))).))))))...)))))...)).))))))))).))))))..........((((((....................)))))).......)))))))))(((((.......)))))..((((.((..((...........))...)).))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
{,{{(((((((,,..((((((..((((((.....(((.((...(((((...((...(((((((((((((,{{{,,,(({{..{..((((....))))..}....(((((((((((.,....(((((((((((((((((....((({.{((((.(((.(((((((.((((((,....((((((((.,,.,{{(.{.{(...,((..((.((((({{{(((,...,}})))}....(((((.....)))))..((((((.((((((((((((((...........((((.(((((((....((((..((((((.....((((((((.........(((((((((((,,((,....,,,.,((({(({{.,.....,.((((((...))))))..,,|||..,..}}))))))},,,.(((((((.....,,,..,..(((((((((((((((.((.....})...))))))),..(((((.(((({{{((((((((,{{..((((((((.((((.{((((((.((......))))))))}.)))).)))),.((((((((((({.{{.((....,,...)),))))))))))))...))))..}}.,.)))}..))))))))))))))).....{({,{{,},,.......,{|{{{.(((((((..,(((((.(((.(((((.((.((....)).)).))))).))).)))))))))))},,.,,.}}})),.....))))))))....,}}.....)))))))..},,.{((((((....)))))))))))))))...)))))).........)))))))).....)).)))).))))...(((((((((.....)))))))))...........)))))))))))...........)))))))))))))).)))))).|,......{{{.(((..((((((((((((((..((,{{....(((((((((((.{((({(({({{,{,.{{{({((({{((((...........{(((.(({.(((((.(((((({{.((((,((({{......)))}}.,,,.|,},}}}}}}}{((((((((((({..,,.((((((.......)))))),|((((((((((((,{((((((,,..,{(((.(((((....{{{,...,}}},|,,))}}}|||((({{(({{((({{..,,{(((((((..{,{{..((((((((..,,,..((((((.,{,....})}.))))),.)))))))))},.))))))))......,},,,,......,|,,..,|,,....{(({.(((((({.....))))))).}}}}.,,,,})}}))))}}||||}.{(,.((({{{.{(({......(((((((((.....))))))))).....)))}......{({((...........})))).............))))))..}}....,,||,.,,..{((({..........{((((.....)).}}).....(((((((...((((({.|..(((({{.(((((.{.||....})).))))).))..)))).,.)))))).))))))}.}))))}.))}..}}))))))))))((((.(({((((((.((.......,),))))))..))).))))....,}))))))))}},....,,,,..{{{{{......)))))}}}))))).})).)))}.(((((........)))))..(((((((((,,,....,,))))))))}.......((((((((.,.........,.))))))))...)))))))}...,{{||||{,..,,{{({{{{{.|,{||,||.||,.(((((............)))))................,|,,||}},.,}}}||||(.((((........)))).}}},}}},....,}))))}.})))))}}.)))))))))))..}},.(((.......)))))..)))))}.((((..,,,,......|},.}}}}}|||||.}}},.,,,,,........)))))))).)))))}....,,,....))))).)).,)}))})))}.},.})),.,))))...,.))))))))))))).)))))))}...((((......))))..(((....))).))))..)))))))))),})))))).,..,.)))))))))}))}}}},,})}})))))))))}})))}}...)))))...)).})))))))).}))))}..........((((((..............,.,,..))))}),,,....}))))))))},,,........,,|||..((((.((..{{...........})...)).))))..............,
Back