Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CNTRL_0005900
Sequence Length
2046 nt
GC Content
0.4374
UAUGCUGAAAUUGAUAAAGCCCCAGAUGAAAGCCCUUACAUUGGCAAAUCCAGAUACAAGAGAAAUAUGUUUGCCACAGAGAGUUAUAUUAUUGACAGUGCUCAGGCAGUACAGAUCAAGAAGAUGGAGCCAGAUGAACAACUUAGAAAUGAUCACAUGAACUUGAGAGGCCACACACCACUGGACACGCAACUGGAAGACAAAGAAAAAAAAAUAAGUGCAGCACAAACUCGACUAUCAGAACUGCAUGAUGAAAUAGAAAAGGCAGAACAACAAAUUUUGAGAGCUACUGAAGAAUUUAAACAACUGGAAGAAGCUAUACAACUAAAAAAGAUUUCAGAAGCAGGGAAAGACCUUCUUUACAAGCAGUUGAGUGGUAGACUACAACUUGUAAAUAAAUUACGCCAGGAAGCUCUGGAUCUAGAACUGCAGAUGGAAAAGCAAAAGCAGGAAAUUGCCGGAAAGCAGAAGGAGAUUAAGGACCUGCAAAUAGCCAUAGAUAGCCUGGAUUCCAAAGACCCAAAACAUUCCCAUAUGAAGGCUCAAAAGAGCGGUAAAGAACAACAGCUUGACAUUAUGAACAAGCAGUACCAACAACUUGAAAGUCGUUUGGAUGAGAUACUUUCUAGAAUUGCUAAGGAAACGGAAGAGAUUAAGGACCUUGAAGAACAGCUUACUGAAGGCCAGAUAGCAGCAAAUGAAGCCCUGAAGAAGGAUUUAGAAGGUGUUAUCAGUGGGUUGCAAGAAUACCUGGGGACCAUUAAAGGCCAGGCAACUCAGGCCCAGAAUGAGUGCAGGAAGCUGCGGGAUGAGAAAGAGACAUUGUUGCAGAGAUUGACAGAAGUCGAGCAGGAGAGAGACCAGCUGGAAAUAGUUGCCAUGGAUGCAGAAAAUAUGAGGAAGGAGCUUGCAGAGCUAGAAAGUGCCCUCCAAGAGCAGCAUGAGGUGAAUGCAUCUUUGCAGCAGACCCAGGGAGAUCUCAGUGCCUAUGAAGCUGAGCUAGAGGCUCGGCUAAACCUAAGGGAUGCUGAAGCCAACCAGCUCAAGGAAGAGUUGGAAAAAGUAACAAGACUUACCCAGUUAGAACAAUCAGCCCUUCAAGCAGAACUUGAGAAGGAAAGGCAAGCCCUCAAGAAUGCCCUUGGAAAAGCCCAGUUCUCAGAAGAAAAGGAGCAAGAGAACAGUGAGCUCCAUGCAAAACUUAAACACUUGCAGGAUGACAAUAAUCUGUUAAAACAGCAACUUAAAGAUUUCCAGAAUCACCUUAACCAUGUGGUUGAUGGUUUGGUUCGUCCAGAAGAAGUGGCAGCUCGUGUGGAUGAGCUAAGAAGAAAACUGAAAUUAGGAACUGGGGAAAUGAACAUCCAUAGUCCUUCAGAUGUCUUAGGGAAAAGUCUUGCUGAUUUACAGAAACAAUUCAGUGAAAUUCUUGCACGCUCCAAGUGGGAAAGAGAUGAAGCACAAGUUAGAGAGAGAAAACUCCAAGAAGAAAUGGCUCUGCAGCAAGAGAAACUGGCAACUGGACAAGAAGAGUUCAGGCAGGCCUGUGAGAGAGCCCUGGAAGCAAGAAUGAAUUUUGAUAAGAGGCAACAUGAAGCAAGAAUCCAGCAAAUGGAGAAUGAAAUUCACUAUUUGCAAGAAAAUCUAAAAAGUAUGGAGGAAAUCCAAGGCCUUACAGAUCUCCAACUUCAGGAAGCUGAUGAAGAGAAGGAGAGAAUUCUGGCCCAACUCCGAGAGUUAGAGAAAAAGAAGAAACUUGAAGAUGCCAAAUCUCAGGAGCAAGUUUUUGGUUUAGAUAAAGAACUGAAGAAACUAAAGAAAGCCGUGGCCACCUCUGAUAAGCUAGCCACAGCUGAGCUCACCAUUGCCAAAGACCAGCUGAAGUCCCUUCAUGGAACUGUUAUGAAAAUUAACCAGGAGCGAGCAGAGGAGUUGCAGGAAGCAGAGAGGUUCAGCAGAAAGGCAGCACAAGCAGCCAGAGAUCUCACCCGAGCAGAAGCUGAGAUCGAACUCCUGCAGAAUCUCCUCAGGCAGAAGGGGGAGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-511.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -548.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 468.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(........)(((......((((...........(((((..((((((((...................))))))))......((((......))))....((((((.......(((((..(((.((............)).))).....))))).......))))))(((((....((((((.(((..((.....(((((................(((..((......))..))).((((((((((.................)))).........))))))..(((.((((((..(((.......((............))......)))..)))))).)))(((......))))))))....)).))).))))))............((((.....))))(((((....((((.(((((....((((...(((....((....)).........)))....))))....)))))......(((((...((((((......(.((((.(((((((((.(((..(((......)))...((((....))))((((..........(((((..........)))))..))))......)))...))).)))))).......((((((((...((((((((...(..((....))..)..))))......(((((((((((........(((((.(...((((..(((.....))).))))...).))))))))))))))))........(((((...((......)))))))((.(((...((((....(((((((((((.(((((.((((.........))))..)))))....((((....))))(((((((......((..((((((((((((((.......(((((............(((((((((...((........))..((((((.(((.(.(((((.(..(((..((((.(((((..((..(((.....(((.......)))(((((((((...)))))))))...)))..))..))))).......(((((((......)))))))...((((......)))).....(((.((....)))))((((((((.....)))))..))))))))))..)))))).)..))).))))))...((((..((((....))))..)).)).........))))))))).(((((...........)))))............))))).......)))))).....))))))))....(((((((((....)))))).)))((((((((((((.(.((.((....)))).).)))))))))))).((((...((((....((((.(((.(((........))).)))))))))))...)))).))......)))))))..(((((.(((....))).))))).)))))))..))))....))))...))).)).))))....)))))))).......)))).).....)))))).)))))..))))...)))))..((((((.......))))))...))))))))))...(((((((...........((((((.((((.((....(((((((..(((.((..((((((((.((((...)))).))))))))..))...)))........((((.....)))).((((.......(((((..(((((.........)))))....))))).......)))).(((((...)))))................(((((.(((.....))))))))(((..(((((((((((((........)))).............(((.(((((...((......))...))))).)))............)))))))))..))).......)))))))...)).)))).))))))..))))).))..((.((((((((((((((.((.((.....)).)).....(((.((....)).)))...(((((((.....((....)))))))))....))))))))...))))))..))....))))...)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.,,{,...,,,,.....,((((...,....,(({{{.({{((((...((((..,.,..{{......((((((((..,({,.((((......))))..}.)),.))))).)))..))..,.,..)))))))},.}}.....,||,....||.}}.}}}...|||}|,{((((....{{{{((,{{{.,((..{(({,,,..................(({,{{,,,...||,.,,,.,{,,..((((.|..,............}}}}.........,})))|,.(((.((((({..{{{.......{{,......,,.............,..)))))).}))(((......)))})))}.,,.}),))),})))}}...,|.|,.,,,|||,.....,},,(((((....((((,({(((....((((..,((,.....|....{{{{{..,{{,||.....}}},..}},}))}.....}||||....,{{{{|.....|{||({||{|,...{{{{{,...{,({{,....,}...((((....)))){{{........,{.(((((..........))))).}),||..,.,{{.{,,|||.||||,,...||||||||||{||..,{,,({{({...{..{{....}}..|..}}}},.......({{{,{{{,.||||.{{(((((.(...{(({..(((.....))).))))...).))))))),.|||||||,..,,,,.{{{{{...{{......}})))))},,|||,,,||{{...,||||(((({,,.|||||||{||.........}}}},||)))}.,.,((((....)))}(((((((......((..((((((((((((((..,....(((((.....,......(((((((((.{.((........)).,((((((.(((.,.(((((.(..(((..{{({.(((((..((,,(({.....{{{.......}}}(((((((((...)))))))))...)))..)),.))))).......(((((((......)))))))...,{((......}})).....{{{.{,....,},,,((((((((.....))))}},)))},,,)))..)))))).}..))).))))))...{{{{.,((((,...}}}}..}}.}}..,,,,,,.))))))))).(((((...........)))))......,.....))))).......)))))).....))))))))....(((((((((....)))))).)))((((((((((((.{.(,,((....)))).}.)))))))))))).((((...((((....((({{(((.(((........))).)))))))))))...)))).))......)))))))..{((((.(({....})).))))}.}||||}},||||,...,))})...))}.,..,{|....,}}.,,{{{......)))}........,))}))})))))},))))...)))))..((((((.......))))))...))))),),}},,.(((((((...........((((((.((((.((....(((((((..,{{.{{..((((((((.((((...)))).))))))))..}}...}}}........((((.....)))).((((.......(((((..((((({....}}},,,,}},,..))))).......)))).(((((...))))).,..............((((,,(((.....))))))))(((..(((((((((((((........)))}.............(((.(((((...{{......))...))))).)))...,,.......)))))))))..)))....,,.)))))))...)).)))).))))))..))))).))..((.((((((((((((((.((.({,...|}}.)).....(((.((....)).)))...(((((({....,((....)))))))))....))))))))...))))))..))....}))),.,)},
Back