Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CNTRL_0006300

Sequence Length

680 nt

GC Content

0.4221

CACAAACUCGACUAUCAGAACUGCAUGAUGAAAUAGAAAAGGCAGAACAACAAAUUUUGAGAGCUACUGAAGAAUUUAAACAACUGGAAGAAGCUAUACAACUAAAAAAGAUUUCAGAAGCAGGGAAAGACCUUCUUUACAAGCAGUUGAGUGGUAGACUACAACUUGUAAAUAAAUUACGCCAGGAAGCUCUGGAUCUAGAACUGCAGAUGGAAAAGCAAAAGCAGGAAAUUGCCGGAAAGCAGAAGGAGAUUAAGGACCUGCAAAUAGCCAUAGAUAGCCUGGAUUCCAAAGACCCAAAACAUUCCCAUAUGAAGGCUCAAAAGAGCGGUAAAGAACAACAGCUUGACAUUAUGAACAAGCAGUACCAACAACUUGAAAGUCGUUUGGAUGAGAUACUUUCUAGAAUUGCUAAGGAAACGGAAGAGAUUAAGGACCUUGAAGAACAGCUUACUGAAGGCCAGAUAGCAGCAAAUGAAGCCCUGAAGAAGGAUUUAGAAGGUGUUAUCAGUGGGUUGCAAGAAUACCUGGGGACCAUUAAAGGCCAGGCAACUCAGGCCCAGAAUGAGUGCAGGAAGCUGCGGGAUGAGAAAGAGACAUUGUUGCAGAGAUUGACAGAAGUCGAGCAGGAGAGAGACCAGCUGGAAAUAGUUGCCAUGGAUGCAGAAAAUAUGAGGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-137.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -150.47

Frequency: 0.0000

Diversity: 192.46

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((..(((.....((((((.(((............(((((.......)))))((((((.(((..(((((((.....((((((......................))))))(((.(((......))).)))((((...((((((((.....))).)))))))))..)))))).)..)))..))))))((((((((..(((...((((..........(((((.((((.((...........)).)))).....)))))......))))...))).)))))))).............((((((.........((((....))))((((..........(((((..........)))))..)))).....((.((((((.((((.....)))))))))).))......(((((...(..((....))..)..))))).......((((((((..((((.(((((((.(...((((..(((.....))).))))...).)))))))..((((((((........((((...((......)))))))))))))))))))))..)))))((((....)))))))))).........(.((.((((...((((......))))..)))).)).)....((((((....)))))).)))..))))))...)))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

......((((,,(,(,,...((((((,(((...........,({{,,.......,}}}}((((((.(((..{((((((.....((((((......................)))))),{(.(((......))).)}|{{{{.,.{(((((((.....))).))))))))},.)))))).}..)))..)))))){({((({{..((({..{(({.....,....{{{{{.,,{{,({.....,,,...}}.,}}}.....}))))......}}}}...},},|}||||||,...,,{{{,...{{{{({,....,...((((....)))){{{........,{.(((((..........))))).}),||..,.,((.{{{{{{.{{{{.,...}}}}}}}})),||..,|,,({{((...{..{{....}}..|..}))}}.......((({,{{{..||||.(((((((.(...((((..(((.....))).))))...).)))))))..||||||{,..,,,,.|{{{|...{(......))))}))}}|||||}}}},,}..))}))((((....))))}}}|||.........}})),|}))}}...||||,...,))))})|,|........,{(((({....)))))),}}}..,)))}}....,,})}}....