Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CNTRL_0008900

Sequence Length

443 nt

GC Content

0.4515

ACUCAUAAGUAUCACAGAACUGGUCCCUUUGAAAAACAAUAUGUUGGGAGCUUACUGACUUUCUUGAUUACAUUUAGCCAGGGUUUUGUUUUCCAACCAGGAUAUGCACAACCUGAGGCUUCGUCAUAUUGCUACUGAAAACUUUGUGGCAGGCAUCAGUAGCUGGCCAGCAUUUGGUUUACAGUGCUCAAGUUACUUAUAAUGCCUUGCAAAUGCUUAAGCAGCACAGUGAGGGUUCCAUAGUUAAACCCACUGAAUCUUUCUAGGAGCUUGCAGAGCUAGAAAGUGCCCUCCAAGAGCAGCAUGAGGUGAAUGCAUCUUUGCAGCAGACCCAGGGAGAUCUCAGUGCCUAUGAAGCUGAGCUAGAGGCUCGGCUAAACCUAAGGGAUGCUGAAGCCAACCAGCUCAAGGAAGAGUUGGAAAAAGUAACAAGACUUACCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-123.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -131.39

Frequency: 0.0000

Diversity: 128.90

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..........(((....(.((((..................)))).)...)))..((((((((........((((.(((((.(((..(((.....)))...))).)))))..))))((.((((..((((.((......(((((...((((((.(((((((....((((((.(.....)))))))..)))))))....)))))).)))))......)).))))..)))).))...(((((.......((((((((((((((.((..((((.((.((........)).)).)))).((.(((.((((((....))))))))).))...)).)))))))).)))))).))))).(((((((((...)))))))))...((....))..((((........))))))))))))))))(((...((((......))))..))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{{,...{{{....{{{...,(.((((.........,....,,,,)))).}...|||..,,{((((,,,,,....((((.(((((.(((..(((.....)))...))).)))))..)))).,,{{{,..{(((((,,,....||,||}}}|(((((.(((((((....(((({({(.....)))))))..)))))))....}))))},||,,.,{{,..,},))))..))))||{{{.{{{{{.......((((((((((((((.((.,((((.((.((........}}.}}.}})).{{.(((.{(((((....))))))))).))...}),)))))))).)))))).,},}}.(((((((((...)))))))))...{|...})),}||||,,}},..{||||{|......))))|||...{{||,,,,,,)}}}..}},}