Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CNTRL_0009400
Sequence Length
2435 nt
GC Content
0.4460
UUAGAACAAUCAGCCCUUCAAGCAGAACUUGAGAAGGAAAGGCAAGCCCUCAAGAAUGCCCUUGGAAAAGCCCAGUUCUCAGAAGAAAAGGAGCAAGAGAACAGUGAGCUCCAUGCAAAACUUAAACACUUGCAGGAUGACAAUAAUCUGUUAAAACAGCAACUUAAAGAUUUCCAGAAUCACCUUAACCAUGUGGUUGAUGGUUUGGUUCGUCCAGAAGAAGUGGCAGCUCGUGUGGAUGAGCUAAGAAGAAAACUGAAAUUAGGAACUGGGGAAAUGAACAUCCAUAGUCCUUCAGAUGUCUUAGGGAAAAGUCUUGCUGAUUUACAGAAACAAUUCAGUGAAAUUCUUGCACGCUCCAAGUGGGAAAGAGAUGAAGCACAAGUUAGAGAGAGAAAACUCCAAGAAGAAAUGGCUCUGCAGCAAGAGAAACUGGCAACUGGACAAGAAGAGUUCAGGCAGGCCUGUGAGAGAGCCCUGGAAGCAAGAAUGAAUUUUGAUAAGAGGCAACAUGAAGCAAGAAUCCAGCAAAUGGAGAAUGAAAUUCACUAUUUGCAAGAAAAUCUAAAAAGUAUGGAGGAAAUCCAAGGCCUUACAGAUCUCCAACUUCAGGAAGCUGAUGAAGAGAAGGAGAGAAUUCUGGCCCAACUCCGAGAGUUAGAGAAAAAGAAGAAACUUGAAGAUGCCAAAUCUCAGGAGCAAGUUUUUGGUUUAGAUAAAGAACUGAAGAAACUAAAGAAAGCCGUGGCCACCUCUGAUAAGCUAGCCACAGCUGAGCUCACCAUUGCCAAAGACCAGCUGAAGUCCCUUCAUGGAACUGUUAUGAAAAUUAACCAGGAGCGAGCAGAGGAGUUGCAGGAAGCAGAGAGGUUCAGCAGAAAGGCAGCACAAGCAGCCAGAGAUCUCACCCGAGCAGAAGCUGAGAUCGAACUCCUGCAGAAUCUCCUCAGGCAGAAGGGGGAGCAGUUUCGACUUGAGAUGGAGAAAACAGGUGUAGGUACUGGAGCAAACUCACAGGUCCUAGAAAUUGAGAAACUGAAUGAGACAAUGGAACGACAAAGGACAGAGAUUGCAAGGCUGCAGAAUGUACUAGACCUCACUGGAAGUGACAACAAAGGAGGCUUUGAAAAUGUUUUAGAAGAAAUUGCUGAACUUCGACGUGAAGUUUCUUAUCAGAAUGAUUACAUAAGCAGCAUGGCAGAUCCUUUCAAAAGACGAGGCUAUUGGUACUUUAUGCCACCACCACCAUCAUCAAAAGUUUCCAGCCAUAGUUCCCAGGCCACCAAGGACUCUGGUGUUGGCCUUAAGUACUCAGCCUCAACUCCUGUUAGAAAACCACGCCCUGGGCAGCAGGAUGGGAAGGAAGGCAGUCAACCUCCCCCUGCCUCAGGAUACUGGGUUUAUUCUCCCAUCAGGAGUGGGUUACAUAAACUGUUUCCAAGUAGAGAUGCAGACAGUGGAGGAGAUAGUCAGGAAGAGAGUGAGCUGGAUGACCAAGAAGAACCCCCAUUUGUGCCUCCUCCUGGAUACAUGAUGUAUACUGUGCUUCCUGAUGGUUCUCCUGUACCCCAGGGCAUGGCCCUGUAUGCACCACCUCCUCCCUUGCCAAACAAUAGCCGACCUCUCACCCCUGGCACUGUUGUUUAUGGCCCACCUCCUGCUGGGGCCCCCAUGGUGUAUGGGCCUCCACCCCCCAACUUCUCCAUCCCCUUCAUCCCUAUGGGUGUGCUGCAUUGCAACGUCCCUGAACACCAUAACUUAGAGAAUGAAGUUUCUAGAUUAGAAGACAUAAUGCAGCAUUUAAAAUCAAAGAAGCGGGAAGAAAGGUGGAUGAGAGCAUCCAAGCGGCAGUCGGAGAAAGAAAUGGAAGAACUGCAUCAUAAUAUUGAUGAUCUUUUGCAAGAGAAGAAAAGCUUAGAGUGUGAAGUAGAAGAAUUACAUAGAACUGUCCAGAAACGUCAACAGCAAAAGGACUUCAUUGAUGGAAAUGUUGAGAGUCUUAUGACUGAACUAGAAAUAGAAAAAUCACUCAAACAUCAUGAAGAUAUUGUAGAUGAAAUUGAGUGCAUUGAGAAGACUCUUCUGAAACGUCGCUCAGAGCUCAGGGAAGCUGACCGACUCCUGGCAGAGGCUGAGAGUGAACUUUCAUGCACUAAAGAAAAGACAAAAAAUGCUGUUGAAAAGUUCACUGAUGCCAAGAGAAGUUUAUUGCAAACUGAGUCAGAUGCUGAGGAAUUAGAAAGGAGAGCUCAGGAAACUGCUGUUAACCUCGUCAAAGCUGAUCAGCAGCUAAGAUCGCUCCAGGCUGAUGCAAAGGAUUUGGAGCAGCACAAAAUCAAGCAAGAAGAAAUCUUGAAAGAAAUAAACAAAAUUGUAGCAGCAAAAGACUCAGACUUCCAAUGUUUAAGCAAGAAGAAGGAAAAACUGACAGAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-665.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -712.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 547.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((((((..((.(((((((.((((....((....))(((..((.((((((((((...((((..((((....))))..)).)).(((.(((((((...(((.(((((...........))))))))(((((......)))))...............(((((...)))))(((((((((....)))))).)))((((((((((((.(.((.((....)))).).)))))))))))).((((...((((....((((.(((.(((........))).)))))))))))...))))((((.....((((((((.....((((..((.(((.(((....((((...((((...)))).....)))).....)))........(((......)))......))).))..))))))))))))......(((..((((((.......))))))....))).(((((((.(((((((...........((((((.((((.((....(((((((..(((.((..((((((((.((((...)))).))))))))..))...)))........((((.....)))).((((.......(((((..(((((.........)))))....))))).......)))).(((((...)))))................(((((.(((.....))))))))(((..(((((((((((((........)))).............(((.(((((...((......))...))))).)))............)))))))))..))).......)))))))...)).)))).))))))..))))).)).....((((((((((((((.((.((.....)).)).....(((.((....)).)))...(((((((.....((....)))))))))....))))))))...)))))).(((((..((((((((((((((.(((((............))))).((((..((((((....))).)))..))))........)))))))..........((......))...((.((.((((((...(((((...(((((.......(((((...)))))......((((((((((....(((((...((((...........)))))))))))))))))))((((...)))))))))..)))))...))).))))).)).......((((((...(((((((...((((.(((((...........(((((...(((..........)))......))))).))))).))))...))))))).)))))).(((((((..((((((((....((((((..(((((..((((.((...........)))))))))))))))))......))))..)))).....)))))))((((.((....(((((((.((........)).)))))))..((((((..((((((((((.((((.(((((....)))..............(((((..(((....)))..))))).)).)))).).)))))))))...))))))))))))((((((...))))))..........))))))).)))))..............)))))))))))..))))))).)))..((((((...((...((((...)))).))....))))))((((((.......((((...((((((((..(((...))).(((((((((((....(((.((((.......(((((........)))))......))))..))).)))))))))))...........)))).)))))))).))))))........)))))).)))).)).))).......((.(((((((.(((((......))))).((((((.....))))))..(((((.(((((((...(((((((....(((((.(((.((((....((((((.((........))...))))))....))..)).))).)))))......(((....)))...((((((((((.((((((((.....)))).))))...))))))).)))........)))))))...)).))))).)))))(((.....))).....(((.(((((.........((((((((((((.(((...................)))...)).))))))))))..))))).))).))))).)).))..(((((((...(((((.(.((((....(((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........((...(((((.....)))))...)).........)))).)..)))))...))))))).))))))).))))..))..))))..)).....)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{.....,.{{.{,((((({{(,....}}}}}|,}}}...{{,...},(((..({.((((((((((...((((..((((....})))..)).||.{((,{{(({((,,,(((.(((((...........)))))))).,.......(((({,(((.(((((,,,...,({(((((......(((((((((....)))))).)))((((((((((((.{.(,{((....)))).}.)))))))))))).((((...((((....((({,(((.(((........))).)))))))))))...)))).,)))},,))}}))))).)))))))).....,|||{|}...|||||||.,{{({{..,{||,..........,,|,,..,||.,.(,(,,....))),.........,||||||,,.|||}}}}..,}}||{..((((((.......)))))).{{{|}}.(((((((.(((((((...........((((((.((((.((....(((((((..,{{.{{..((((((((.((((...)))).))))))))..}}...}}}........((((.....)))).((((.......(((((..((((({....}}},,,,}},,..))))).......)))).(((((...)))))................((((,,(((.....))))))))(((..(((((((((((((........)))).............(((.(((((...{{......))...))))).)))...,........)))))))))..)))....,,.)))))))...)).)))).))))))..))))).)).....((((((((((((((.((.({,...|||.}}.....(((.((....)).)))...(((((({....,((....)))))))))....))))))))...)))))).((((,.,((((((({{(((((.,({{,.,,,{|,|,.,,|{({{.((((..((((((....))).)))..)))).,..{{.,|,,,)),.,,.......{{......},..{((.{(.((((((...(((((...(((((..,,.{.(({((.,.|||,,...{{{{(,,,,||||}.....,||||,||{|...,,.,}|||||||,,.,)))))))),,.,{{|...,}},)))))..)))))...)))},)))),)}.......((((((...(((((((...((((.(((((............{,.,...{{{...,..,...||}..,,..))),,.))))).))))...))))))).)))))).{||||||,,,{,{{{((,.{.((((((..(((((..(((,,((..{.....}..)))))))))))))))))...,,})))}}.,}}},,,|,)}})))){{{,,{{,,..{(((({(,{,......,.})}))}}}||(.((((((..((((((((((.((((.((,,,,{{.|||.{,.,......,..,,|||..||{,,.})),..))).,.)).)))).).)))))))))...))))))})))}}((((((...))))))..,,,.,}..))))}))})))))........,.....))))))).}}})}),))))),))}..((((({.,.{{,,.{(((,,,|}}},}}.,..)))))),,,..,...,..,{{(({{(((((((((.((((...,||,(((((((((((....(((.((((.......{({((,,,,,...}}})),,,,}.))))..))).)))))))))))......,,...,,,,.)))).)}},)).))))),}}},.)))))).)))).}).))).......{({({{.....(((((......))))).{(((((.....)))}}}..{((((.(((((((...(((((((....{{{{{.{((,(({{....{{(({{,((,....,|,||,,.|}}}}}....))..)).)))}))})).,,...(((....)))...{{{(((((((.(((({{{{.....))}}.))))...))))))).})}.....,..)))))))...)}.))))).))))|(((.....)))..|..{{{.{{{{{..,,,....((((((((((((.(((...................})),,,)))))))))))))..})))}.)))..}|,..,,}},..(((((((...(((((.,.,,{{....{((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........{{...(((((.....)))))...},.........,,,),)..)))))...))))))).)))))}.|||}}..,}.....,.{|......)),,.....,.
Back