Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CNTRL_0009500
Sequence Length
2887 nt
GC Content
0.4444
UUAGAACAAUCAGCCCUUCAAGCAGAACUUGAGAAGGAAAGGCAAGCCCUCAAGAAUGCCCUUGGAAAAGCCCAGUUCUCAGAAGAAAAGGAGCAAGAGAACAGUGAGCUCCAUGCAAAACUUAAACACUUGCAGGAUGACAAUAAUCUGUUAAAACAGCAACUUAAAGAUUUCCAGAAUCACCUUAACCAUGUGGUUGAUGGUUUGGUUCGUCCAGAAGAAGUGGCAGCUCGUGUGGAUGAGCUAAGAAGAAAACUGAAAUUAGGAACUGGGGAAAUGAACAUCCAUAGUCCUUCAGAUGUCUUAGGGAAAAGUCUUGCUGAUUUACAGAAACAAUUCAGUGAAAUUCUUGCACGCUCCAAGUGGGAAAGAGAUGAAGCACAAGUUAGAGAGAGAAAACUCCAAGAAGAAAUGGCUCUGCAGCAAGAGAAACUGGCAACUGGACAAGAAGAGUUCAGGCAGGCCUGUGAGAGAGCCCUGGAAGCAAGAAUGAAUUUUGAUAAGAGGCAACAUGAAGCAAGAAUCCAGCAAAUGGAGAAUGAAAUUCACUAUUUGCAAGAAAAUCUAAAAAGUAUGGAGGAAAUCCAAGGCCUUACAGAUCUCCAACUUCAGGAAGCUGAUGAAGAGAAGGAGAGAAUUCUGGCCCAACUCCGAGAGUUAGAGAAAAAGAAGAAACUUGAAGAUGCCAAAUCUCAGGAGCAAGUUUUUGGUUUAGAUAAAGAACUGAAGAAACUAAAGAAAGCCGUGGCCACCUCUGAUAAGCUAGCCACAGCUGAGCUCACCAUUGCCAAAGACCAGCUGAAGUCCCUUCAUGGAACUGUUAUGAAAAUUAACCAGGAGCGAGCAGAGGAGUUGCAGGAAGCAGAGAGGUUCAGCAGAAAGGCAGCACAAGCAGCCAGAGAUCUCACCCGAGCAGAAGCUGAGAUCGAACUCCUGCAGAAUCUCCUCAGGCAGAAGGGGGAGCAGUUUCGACUUGAGAUGGAGAAAACAGGUGUAGGUACUGGAGCAAACUCACAGGUCCUAGAAAUUGAGAAACUGAAUGAGACAAUGGAACGACAAAGGACAGAGAUUGCAAGGCUGCAGAAUGUACUAGACCUCACUGGAAGUGACAACAAAGGAGGCUUUGAAAAUGUUUUAGAAGAAAUUGCUGAACUUCGACGUGAAGUUUCUUAUCAGAAUGAUUACAUAAGCAGCAUGGCAGAUCCUUUCAAAAGACGAGGCUAUUGGUACUUUAUGCCACCACCACCAUCAUCAAAAGUUUCCAGCCAUAGUUCCCAGGCCACCAAGGACUCUGGUGUUGGCCUUAAGUACUCAGCCUCAACUCCUGUUAGAAAACCACGCCCUGGGCAGCAGGAUGGGAAGGAAGGCAGUCAACCUCCCCCUGCCUCAGGAUACUGGGUUUAUUCUCCCAUCAGGAGUGGGUUACAUAAACUGUUUCCAAGUAGAGAUGCAGACAGUGGAGGAGAUAGUCAGGAAGAGAGUGAGCUGGAUGACCAAGAAGAACCCCCAUUUGUGCCUCCUCCUGGAUACAUGAUGUAUACUGUGCUUCCUGAUGGUUCUCCUGUACCCCAGGGCAUGGCCCUGUAUGCACCACCUCCUCCCUUGCCAAACAAUAGCCGACCUCUCACCCCUGGCACUGUUGUUUAUGGCCCACCUCCUGCUGGGGCCCCCAUGGUGUAUGGGCCUCCACCCCCCAACUUCUCCAUCCCCUUCAUCCCUAUGGGUGUGCUGCAUUGCAACGUCCCUGAACACCAUAACUUAGAGAAUGAAGUUUCUAGAUUAGAAGACAUAAUGCAGCAUUUAAAAUCAAAGAAGCGGGAAGAAAGGUGGAUGAGAGCAUCCAAGCGGCAGUCGGAGAAAGAAAUGGAAGAACUGCAUCAUAAUAUUGAUGAUCUUUUGCAAGAGAAGAAAAGCUUAGAGUGUGAAGUAGAAGAAUUACAUAGAACUGUCCAGAAACGUCAACAGCAAAAGGACUUCAUUGAUGGAAAUGUUGAGAGUCUUAUGACUGAACUAGAAAUAGAAAAAUCACUCAAACAUCAUGAAGAUAUUGUAGAUGAAAUUGAGUGCAUUGAGAAGACUCUUCUGAAACGUCGCUCAGAGCUCAGGGAAGCUGACCGACUCCUGGCAGAGGCUGAGAGUGAACUUUCAUGCACUAAAGAAAAGACAAAAAAUGCUGUUGAAAAGUUCACUGAUGCCAAGAGAAGUUUAUUGCAAACUGAGUCAGAUGCUGAGGAAUUAGAAAGGAGAGCUCAGGAAACUGCUGUUAACCUCGUCAAAGCUGAUCAGCAGCUAAGAUCGCUCCAGGCUGAUGCAAAGGAUUUGGAGCAGCACAAAAUCAAGCAAGAAGAAAUCUUGAAAGAAAUAAACAAAAUUGUAGCAGCAAAAGACUCAGACUUCCAAUGUUUAAGCAAGAAGAAGGAAAAACUGACAGAAGAGCUUCAGAAACUACAGAAAGACAUAGAGAUGGCAGAACGCAAUGAGGAUCACCACCUGCAGGUCCUUAAAGAAUCUGAGGUGCUUCUUCAGGCCAAAAGAGCCGAGCUGGAAAAGCUGAAAAGCCAGGUGACAAGUCAGCAGCAGGAGAUGGCUGUCUUGGACAGGCAGUUAGGGCAUAAAAAGGAGGAGCUGCAUCUACUCCAAGGAAGCAUGGUCCAGGCAAAAGCUGACCUCCAGGAAGCUCUGAGACUGGGAGAGACUGAAGUAACUGAGAAGUGCAAUCACAUUAGGGAAGUAAAAUCUCUUCUGGAAGAACUGAGUUUUCAGAAAGGAGAACUAAAUGUUCAGAUUAGUGAAAGAAAAACUCAACUUACACUUAUAAAGCAGGAAAUUGAAAAAGAGGAAGAAAAUCUUCAGGUUGUUUUAAGGCAGAUGUCUAAACAUAAAACCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-808.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -862.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 486.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.((.((((...(((.((((.((.......((((..(......)..))))(((....)))((((((.((((((......((((((((((..((.((((.(((.(((((...........)))))))).........(((((.(((.(((((((((.....(((((......(((((((((....)))))).)))((((((((((((.(.((.((....)))).).)))))))))))).((((...((((....((((.(((.(((........))).)))))))))))...)))).)))))))))..))))).)))))))).....)))).))...))))))).((((((..((((((....((..((((..........(((......)))((((..(((((.(((((.(..........((.(((..((((((.......))))))....))).))......(((((((...........((((((.((((.((....(((((((..(((.((..((((((((.((((...)))).))))))))..))...)))........((((.....)))).((((.......(((((..(((((.........)))))....))))).......)))).(((((...)))))................(((((.(((.....))))))))(((..(((((((((((((........)))).............(((.(((((...((......))...))))).)))............)))))))))..))).......)))))))...)).)))).))))))..))))).))..((.((((((((((((((.((.((.....)).)).....(((.((....)).)))...(((((((.....((....)))))))))....))))))))...))))))..)).....).))))).)))))..))))..........(((((((.((((..((((((....))).)))..)))).).(((.((...)).))).......((......))...((.((.((((((...(((((...(((((.......(((((...)))))......((((((((((....(((((...((((...........)))))))))))))))))))((((...)))))))))..)))))...))).))))).))...((..((((((...(((((((...((((.(((((...........(((((...(((..........)))......))))).))))).))))...))))))).))))))..))))))))......(((...((((((..(((((..((((.((...........)))))))))))))))))....)))))))..))))))))..))))))((((.....))))((((((..(.((((((((((...(((.((((((..((((((((((.((((.(((((....)))..............(((((..(((....)))..))))).)).)))).).)))))))))...)))))).)))..((((((...)))))).........((((((((((.((((((((((((..(.((..........))).))))))))..))))(((.(((((((((((((((...........)))))))...((((((.(((((((.((((((((..(((...))).(((((((((((....(((.((((.......(((((........)))))......))))..))).)))))))))))...........)))).)))).......((((((....)))))).((....)).)))).)))...)))........(((((......))))).((((((.....))))))..(((((.(((((((...(((((((....(((((.(((.((((....((((((.((........))...))))))....))..)).))).)))))......(((....)))...((((((((((.((((((((.....)))).))))...))))))).)))........)))))))...)).))))).)))))..)))..((((((...(.((((((...(((....((((((((((((.(((...................)))...)).))))))))))...))).......((.....))...(((((((...(((((.(.((((....(((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........((...(((((.....)))))...)).........)))).)..)))))...))))))).((((...(((....)))....)))).......(((.(((((.((((((((..((.........(((....)))((.....))..((((((((..........)))))))).))..)))))))).))))))))((((....).))).((((.....)))).....)))))).)....)))))))))))))).)))((((((.....))))))..)))).......))))))..)))))))).)).)..))))))..((((..(((....)))))))))).......)))))))))))).....)).))))..))).)))).))..((.((..(((((.......)))))..)))).((((..(((((((......)))))))....)))).....((((.(((..........))).)))).......(((....))).....(((((......))))).)))))))))))((...((((....))))....)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((...((((((((.....}))}}}.}))...((({..{...,..)..)))}|||,,.....((((({{((((((.,....((((((((((..((.((({.(((.(((((...........)))))))).........(((({,(((.((((({,,...,{{(((((......(((((((((....)))))).)))((((((((((((.{.(,{((....)))).}.)))))))))))).((((...((((....((({,(((.(((........))).)))))))))))...)))).,)))},}))})))))).)))))))).....}))).))...))))))).((((((..((((({..{{{{{{((,(.{..{{....{,{......)))((((..(((((.(((((.(..,.......{{.(((..((((((.......))))))....))).}}......(((((((...........((((((.((((.((....(((((((..,{{.{{..((((((((.((((...)))).))))))))..}}...}}}........((((.....)))).((((.......(((((..((((({....}}},,,,}},,..))))).......)))).(((((...)))))................((((,,(((.....))))))))(((..(((((((((((((........)))).............(((.(((((...{{......))...))))).)))...,,.......)))))))))..)))....,,.)))))))...)).)))).))))))..))))).))..((.((((((((((((((.((.({,...|||.}}.....(((.((....)).)))...(((((({....,((....)))))))))....))))))))...))))))..)).....).))))).)))))..))))...,{{....(((((({.((((..((((((....))).)))..)))).,.,{{.{{...}}.,,,.......{{......},..|((.{(.((((((...(((((...(((((..,,.{.(({((.,.|||,,...{{{{(,,,,||||}.....,||||,||{|...,,.,}|||||||,,.,)))))))),,.,{{|...,}},)))))..)))))...)))},)))),))....,..((((((...(((((((...((((.(((((............{,.,...{{{...,..,...||}..,,..))),,.))))).))))...))))))).))))))..),))))))......||}...((((((..(((((..(((,,((..{.....}..)))))))))))))))))..,})))})))}}))))))))..)))))){{{{.....}}}|((((((..(.((((((((((...(((.((((((..((((((((((.((((.((,,,,{{.|||.{,.{,.........,|{{..||,,,.,)),..))),..)).)))).).)))))))))...)))))).)))..((((((...)))))).........,(((((((,{,(((((((((((({{(.,,.........,))).})))))))|.}}||(({.(((((((((((((((.,{....,...)))))})}..((((({.(((((((.((((((((.,(({...))),(((((((((((....(((.((((.......{({((,,,,,...}}})),,,,}.))))..))).)))))))))))...........)))).)))).,.....((((((....)))))}.,{....,}.))))}},}...)))........(((((......))))).((((((.....))))))..(((((.(((((((...(((((((....(({{{.{((.({{{....{((({{.((,....,|,||,..}}}}}}....))..)).))),))})).,,...(((....)))...{(((((((((.(((({{{(.....))}}.))))...))))))).)))........)))))))...)).))))).)))))..)))..((((((...{.((((((...(((....((((((((((((.(((...................})).,.)))))))))))))...))).......{{.....,,...(((((((...(((((.,.,,{{....{((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........{{...(((((.....)))))...},.........,,,),)..)))))...))))))).{(((,..({(....}}}.}}}},,}......|(((.(((((.((((((((..{{.........{{{....}}}((.....))..((((((((..,....,..)))))))).,}..)))))))).))))))))((({....}.))).((((.....)))).....)))))).}....)))))))))))))).|||((((({..,,,))})))},}}))},.....,))))))))))))))).)).}..)))))),.((((..(((....))))))))))......,)))))))))))).,,,,.|,,.,{..((,,..,|||,..,}}|.,,||{{{.......}))))|{||{{.{{,,..(((((((......)))))))....})))..|,.((((.(((..........))).)))).......{{{....,}}.....{{{((,,....))))).)))))))))))((...((((....))))....)).
Back