Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CNTRL_0010900

Sequence Length

853 nt

GC Content

0.4314

AUGAAUUUUGAUAAGAGGCAACAUGAAGCAAGAAUCCAGCAAAUGGAGAAUGAAAUUCACUAUUUGCAAGAAAAUCUAAAAAGUAUGGAGGAAAUCCAAGGCCUUACAGAUCUCCAACUUCAGGAAGCUGAUGAAGAGAAGGAGAGAAUUCUGGCCCAACUCCGAGAGUUAGAGAAAAAGAAGAAACUUGAAGAUGCCAAAUCUCAGGAGCAAGUUUUUGGUUUAGAUAAAGAACUGAAGAAACUAAAGAAAGCCGUGGCCACCUCUGAUAAGCUAGCCACAGCUGAGCUCACCAUUGCCAAAGACCAGCUGAAGUCCCUUCAUGGAACUGUUAUGAAAAUUAACCAGGAGCGAGCAGAGGAGUUGCAGGAAGCAGAGAGGUUCAGCAGAAAGGCAGCACAAGCAGCCAGAGAUCUCACCCGAGCAGAAGCUGAGAUCGAACUCCUGCAGAAUCUCCUCAGGCAGAAGGGGGAGCAGUUUCGACUUGAGAUGGAGAAAACAGGUGUAGGUACUGGAGCAAACUCACAGGUCCUAGAAAUUGAGAAACUGAAUGAGACAAUGGAACGACAAAGGACAGAGAUUGCAAGGCUGCAGAAUGUACUAGACCUCACUGGAAGUGACAACAAAGGAGGCUUUGAAAAUGUUUUAGAAGAAAUUGCUGAACUUCGACGUGAAGUUUCUUAUCAGAAUGAUUACAUAAGCAGCAUGGCAGAUCCUUUCAAAAGACGAGGCUAUUGGUACUUUAUGCCACCACCACCAUCAUCAAAAGUAGGAAUUCUGUGGUGUUGGGAAUGUAUACUGAAUUUUCUUGAAGAAAGUGUGACAUUGUCCCCUUCCCCAAAUUUAUGAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-216.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -230.20

Frequency: 0.0000

Diversity: 189.32

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((((.((((.((....(((((((..(((.((..((((((((.((((...)))).))))))))..))...)))........((((.....)))).((((.......(((((..(((((.........)))))....))))).......)))).(((((...)))))................(((((.(((.....))))))))(((..(((((((((((((........)))).............(((.(((((...((......))...))))).)))............)))))))))..))).......)))))))...)).)))).))))))............((.((((((((((((((.((.((.....)).)).....(((.((....)).)))...(((((((.....((....)))))))))....))))))))...))))))..))....((((((((((((((.(((((............))))).((((..((((((....))).)))..))))........))))))).....(((((((..((.....((.(((....(((((....)))))..))).)).....(((((...)))))......((((((((((....(((((...((((...........))))))))))))))))))).((((......(((((...((((((.(((((((((.......((.((((....(((((.....)))))......)).)).))......))))..))))).))))))...)))))..))))(((((((...)))))))))..)))))))..)))))))..............

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((.{{{{.{(,,..(((((((,.,{{.{{..((((((((.((((...)))).))))))))..}}...}}}........((((.....)))).((((.......(((((..((((({....}}},,,,}},,..))))).......)))).{((((...)))))................((((,,(((.....)))))))){{{..((((((((((({{........)))},...,,,......(((.(((((...{{......))...))))).)))..,}}......,)))}}}}}|..}}},..,,..)))))))...)).}))}.}}},,}.....,......((.((((((((((((((.((.((,...|)).)).....(((.((....)).)))...(((((({....,((....)))))))))....))))))))...))))))..)).,,,((((((((((((((.{(((,.....|||....|||,|.((((..((((((....))).)))..)))).,..,,,.}}))))}...{.(((((((..((.....{(.{((....(((((....})))}..)}}.}}.,.{,(({((.,.|||},...{{{{{,,,,}|||}....,,||||,|,,|...,,.,}|||||||,,.}))))))))}},,{({{......(((((...((((((.(((((((((.......((.((((....(((({.....}))))..,...)).)).))......))))..))))).))))))...))))),.))),,{{{|||...}}}))))))..))))))),}))))))),,}}})))......