Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CNTRL_0011800
Sequence Length
1246 nt
GC Content
0.4864
GAUGCAAAUGCUAAUGAGAUUAAGAUAGCAGAUCAUAGGAGACAAAAAUCUAAUGAUGAGAGCCCAGAGAGACAUAAUCAUGGAAGACGGUAGUAAAAGUAAAAAAGUAAAAAAAUUAGCCUUUGUUCUUUCUGAUGCCGCACCUUGGGGUUGGGAGCUGGGCAGGCUGCCCAACAAUGGGAACAACACAGGAGAAGGUGGGGCUUGGAUGUCCCUUUUCAUGGACAGCCUGGUAGGCAAUGUGAUGAAAGCAGAAGAAUCAAUCCAAGAGGAAGAAAUGAAGAAGACAACCUGUGAUAGCAGUGGUGCCUUUCUCAUACUUCUGUCCCAGUAGGAGUUGCAGGAAGCAGAGAGGUUCAGCAGAAAGGCAGCACAAGCAGCCAGAGAUCUCACCCGAGCAGAAGCUGAGAUCGAACUCCUGCAGAAUCUCCUCAGGCAGAAGGGGGAGCAGUUUCGACUUGAGAUGGAGAAAACAGGUGUAGGUACUGGAGCAAACUCACAGGUCCUAGAAAUUGAGAAACUGAAUGAGACAAUGGAACGACAAAGGACAGAGAUUGCAAGGCUGCAGAAUGUACUAGACCUCACUGGAAGUGACAACAAAGGAGGCUUUGAAAAUGUUUUAGAAGAAAUUGCUGAACUUCGACGUGAAGUUUCUUAUCAGAAUGAUUACAUAAGCAGCAUGGCAGAUCCUUUCAAAAGACGAGGCUAUUGGUACUUUAUGCCACCACCACCAUCAUCAAAAGUUUCCAGCCAUAGUUCCCAGGCCACCAAGGACUCUGGUGUUGGCCUUAAGUACUCAGCCUCAACUCCUGUUAGAAAACCACGCCCUGGGCAGCAGGAUGGGAAGGAAGGCAGUCAACCUCCCCCUGCCUCAGGAUACUGGGUUUAUUCUCCCAUCAGGAGUGGGUUACAUAAACUGUUUCCAAGUAGAGAUGCAGACAGUGGAGGAGAUAGUCAGGAAGAGAGUGAGCUGGAUGACCAAGAAGAACCCCCAUUUGUGCCUCCUCCUGGAUACAUGAUGUAUACUGUGCUUCCUGAUGGUUCUCCUGUACCCCAGGGCAUGGCCCUGUAUGCACCACCUCCUCCCUUGCCAAACAAUAGCCGACCUCUCACCCCUGGCACUGUUGUUUAUGGCCCACCUCCUGCUGGGGCCCCCAUGGUGUAUGGGCCUCCACCCCCCAACUUCUCCAUCCCCUUCAUCCCUAUGGGUGUGCUGCAUUGCAACGUCCCUGAACACCAUAACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-372.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -400.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 303.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((....))...((((..........((((((((.(((........))).)))))(((((..(((((...(((....)))....((....))..........................)))))..))))).((((((((((((.(((((((((((((.....)))).))))))...((((........(((((((.(((((..((((.((((....((((((...((((...))))....((((............)))).(((....)))((((((((.((((.((.(((((....)))).).)).)))).))))..))))(((((((((((((.(((.....)))(((((((((.((((...(((.((....)).)))...(((((((.....((....)))))))))......)))).)))))).)))(((.((.(((((((((((((((.((((..((((((((((((((((.((((..((((((....))).)))..)))).).(((.((...)).))).......((......))...((.((.((((((...(((((...(((((.......(((((...)))))......((((((((((....(((((...((((...........)))))))))))))))))))((((...)))))))))..)))))...))).))))).))...((..((((((...(((((((...((((.(((((...........(((((...(((..........)))......))))).))))).))))...))))))).))))))..))))))))...(((((....((((((..(((((..((((.((...........)))))))))))))))))......))))).)))).)))))..)))).)).......))))))))))..(((....))).....(((.((((((..((((((((((.((((.(((((....)))..............(((((..(((....)))..))))).)).)))).).)))))))))...)))))).)))..((((((...)))))).........))).)).))).((((((((((((..(.((..........))).))))))))..))))....)))))))))))))..)))))).....)))).))))..))))).))))))).))))......)))...)))))))..))))).........)))..........))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.{((,..{||{,.(,,,.......}}}||.(((((.(((........))).))))).......(((((((({{...,,..|,..,{,({{,{{.............,......,}},,)),})),}))))))){{({((((((({((((,,((({{.((((({...)))))).,..,({,,........(((((((.(((((..((((.((((....((((((,,,((((...))))..,||,{{....,,,,,.,.,}}..{((....))}{(,.((((.((((.({.(((((....)))).).)).)))).)))).}))))(((((((((((((.(((.....}}}(((((((((.((((...(((.((....)).)))...(((((({....,((....)))))))))......)))).))))))}})).{{|{,,(((((((({{(((((.,(((,.,,,{{,|,,,,{{({{.((((..((((((....))).)))..)))).,.,{{.,|,,,)),,,,.......{{......},..{((.{(.((((((...(((((...(((((..,,.{.(({((.,.|||,,...{{{{(,,,,||||}.....,||||,||{|...,,.,}|||||||,,.,)))))))),,.,{{|...,}},)))))..)))))...)))},)))),)}.......((((((...(((((((...((((.(((((............{,.,...{{{...,..,...||}..,,..))),,.))))).))))...))))))).)))))).{||||||,,,{,{{{((,.{.((((((..(((((..(((,,((..{.....}..)))))))))))))))))...,,})))}}.}))),,,||)}})))){||..{{,...|{((({(|{,......,.})}}}},}||(.((((((..((((((((((.((((.((,,,,{{.|||.{,.,......,..,,|||..||,,,.})),..))).,.)).)))).).)))))))))...)))))),)))}}((((((...))))))...,,.,}..)))),)))))|||((((((((({{(.,,.........,))).}))))))),.,}}}....)))))))))))))..)))))).....)))).))))..))))).))))))).}})),..,,.))))}.)))))))..))))}}}}.,,,..,||..........,,},
Back