Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CNTRL_0014300

Sequence Length

2006 nt

GC Content

0.4342

AUGCAGACAGUGGAGGAGAUAGUCAGGAAGAGAGUGAGCUGGAUGACCAAGAAGAACCCCCAUUUGUGCCUCCUCCUGGAUACAUGAUGUAUACUGUGCUUCCUGAUGGUUCUCCUGUACCCCAGGGCAUGGCCCUGUAUGCACCACCUCCUCCCUUGCCAAACAAUAGCCGACCUCUCACCCCUGGCACUGUUGUUUAUGGCCCACCUCCUGCUGGGGCCCCCAUGGUGUAUGGGCCUCCACCCCCCAACUUCUCCAUCCCCUUCAUCCCUAUGGGUGUGCUGCAUUGCAACGUCCCUGAACACCAUAACUUAGAGAAUGAAGUUUCUAGAUUAGAAGACAUAAUGCAGCAUUUAAAAUCAAAGAAGCGGGAAGAAAGGUGGAUGAGAGCAUCCAAGCGGCAGUCGGAGAAAGAAAUGGAAGAACUGCAUCAUAAUAUUGAUGAUCUUUUGCAAGAGAAGAAAAGCUUAGAGUGUGAAGUAGAAGAAUUACAUAGAACUGUCCAGAAACGUCAACAGCAAAAGGACUUCAUUGAUGGAAAUGUUGAGAGUCUUAUGACUGAACUAGAAAUAGAAAAAUCACUCAAACAUCAUGAAGAUAUUGUAGAUGAAAUUGAGUGCAUUGAGAAGACUCUUCUGAAACGUCGCUCAGAGCUCAGGGAAGCUGACCGACUCCUGGCAGAGGCUGAGAGUGAACUUUCAUGCACUAAAGAAAAGACAAAAAAUGCUGUUGAAAAGUUCACUGAUGCCAAGAGAAGUUUAUUGCAAACUGAGUCAGAUGCUGAGGAAUUAGAAAGGAGAGCUCAGGAAACUGCUGUUAACCUCGUCAAAGCUGAUCAGCAGCUAAGAUCGCUCCAGGCUGAUGCAAAGGAUUUGGAGCAGCACAAAAUCAAGCAAGAAGAAAUCUUGAAAGAAAUAAACAAAAUUGUAGCAGCAAAAGACUCAGACUUCCAAUGUUUAAGCAAGAAGAAGGAAAAACUGACAGAAGAGCUUCAGAAACUACAGAAAGACAUAGAGAUGGCAGAACGCAAUGAGGAUCACCACCUGCAGGUCCUUAAAGAAUCUGAGGUGCUUCUUCAGGCCAAAAGAGCCGAGCUGGAAAAGCUGAAAAGCCAGGUGACAAGUCAGCAGCAGGAGAUGGCUGUCUUGGACAGGCAGUUAGGGCAUAAAAAGGAGGAGCUGCAUCUACUCCAAGGAAGCAUGGUCCAGGCAAAAGCUGACCUCCAGGAAGCUCUGAGACUGGGAGAGACUGAAGUAACUGAGAAGUGCAAUCACAUUAGGGAAGUAAAAUCUCUUCUGGAAGAACUGAGUUUUCAGAAAGGAGAACUAAAUGUUCAGAUUAGUGAAAGAAAAACUCAACUUACACUUAUAAAGCAGGAAAUUGAAAAAGAGGAAGAAAAUCUUCAGGUUGUUUUAAGGCAGAUGUCUAAACAUAAAACCGAACUAAAGAAUAUUCUGGACAUGUUGCAACUUGAAAACCAUGAGCUACAAGGUUUGAAGCUACAACAUGACCAAAGGGUAUCUGAAUUAGAGAAGACUCAGGUGGCAGUGCUAGAGGAGAAACUGGAGUUAGAGAAUUUGCAGCAGAUAUCCCAGCAGCAGAAAGGGGAAAUAGAGUGGCAGAAGCAGCUCCUUGAGAGGGAUAAACGAGAAAUAGAACGAAUGACUGCUGAGUCCCGAGCUUUACAAUCGUGUGUUGAGUGUUUGAGCAAAGAAAAGGAAGAUCUCCAAGAGAAAUGUGACAUUUGGGAAAAAAAGUUGGCACAAACCAAAAGGGUUUUAGCAGCAGCAGAAGAAAAUAGCAAAAUGGAGCAAUCAAACUUAGAAAAGUUGGAAUUGAAUGUCAGAAAACUGCAGCAGGAACUAGACCAACUAAACAGAGACAAGUUGUCACUGCAUAACGACAUUUCAGCAAUGCAACAGCAGCUCCAAGAAAAACGAGAAGCAGUAAACUCACUGCAGGAGGAACUAGCUAAUGUCCAAGACCAUUUGAACCUAGCAAAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-526.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -566.38

Frequency: 0.0000

Diversity: 447.47

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...(((.((((((..((((((((((.((((.(((((....)))..............(((((..(((....)))..))))).)).)))).).)))))))))...)))))).)))..((((((...)))))).........((((((((((.((((((((((((..(.((..........))).))))))))..))))(((.(((((((((((((((...........)))))))...((((((.(((((((.((((((((..(((...))).(((((((((((....(((.((((.......(((((........)))))......))))..))).)))))))))))...........)))).)))).......((((((....)))))).((....)).)))).)))...)))........(((((......))))).((((((.....))))))..(((((.(((((((...(((((((....(((((.(((.((((....((((((.((........))...))))))....))..)).))).)))))......(((....)))...((((((((((.((((((((.....)))).))))...))))))).)))........)))))))...)).))))).)))))..)))..((((((...(.((((((...(((....((((((((((((.(((...................)))...)).))))))))))...))).......((.....))...(((((((...(((((.(.((((....(((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........((...(((((.....)))))...)).........)))).)..)))))...))))))).((((...(((....)))....)))).......(((.(((((.((((((((..((.........(((....)))((.....))..((((((((..........)))))))).))..)))))))).))))))))((((....).))).((((.....)))).....)))))).)....)))))))))))))).)))((((((.....))))))..)))).......))))))..))))))((......(((....((((((..((((..(((((.(((((.((((((((.....((((((((((......(..((((...(((....))).))))..).......)))))))))).......)))))))).....(((((.((...(((((((((.............(((((((..((((...((((((.((...........(((((......))))).((((((((..((((....)))))))))....)))................(((.(((((((...(((..(((((.((.....)).))))).)))...))))))).)))..(((((((((...((((...(((((.(((..(............)..))).)))))......))))...)))))))))((((((((.............((((.((....)).))))((((...........))))............)).))))))....))..)))))).....))))))))))))))))))))..........)).))))).....(((((...)))))..........((((((..(((((.....)))))..))..)))).................((((((..((.(((((....))))).)).(((((((((.......(((((..(.((((....................)))).)..)))))....)))).)))))...(((....))))))))).............(((((......))))).)))))...)))))..)).))..)))))).....)))........))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{(((({...(((.((((((..((((((((((.((((.((,,,,{{.|||.{,.{,.........,|{{..||,,,.,)),..))),..)).)))).).)))))))))...)))))).)))..((((((...))))))..,,,....{(((((((,{((((((((({{{({,,.{{,,,,..,,,|}}}.||||||||{,|||{(({.(((((((((((((((.,{....,...)))))})}..((((({.(((((((.((((((((.,(({...))),(((((((((((....(((.((((.......{({((,,,,,...}}})),,,,}.))))..))).)))))))))))...........)))).)))).,.....((((((....)))))}.,{....,}.))))}},}...)))........(((((......))))).((((((.....))))))..(((((.(((((((...(((((((....(({{{.{((.({{{....{((({{.((,....,|,||,..}}}}}}....))..)).))),))})).,,...(((....)))...{(((((((((.(((({{{(.....))}}.))))...))))))).)))........)))))))...)).))))).)))))..)))..((((((...{.((((((...(((....((((((((((((.(((...................})).,.)))))))))))))...))).......{{.....,,...(((((((...(((((.,.,,{{....{((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........{{...(((((.....)))))...},.........,,,),)..)))))...))))))).{(((,..({(....}}}.}}}},,}......|(((.(((((.((((((((..{{.........{{{....}}}((.....))..((((((((..,....,..)))))))).,}..)))))))).))))))))((({....}.))).((((.....)))).....)))))).}....)))))))))))))).|||{(((({..,}}))}))))}})))},......}||}}||||||}|((,,,,{.{((....{{((((..((({..{||{|,||(((.({,,{((({,...(((((({{{{,|....{..(({{...(((....))).))})..,.......||||||||||.....{,||||||||......,,{{|(|...,||||{,{{.,,{{.,,,....{{{{{{|,|{||||..{{{{{(.({....,......{{{((......))))).((((((((..((((....))))})))}...,)))...,,..{{,.,,{||(((.(((((((...(((.{(((((.((.....)).))))).))).,.))))))).))}..||||||||{...|||.}}}|||||}|.{..{..,.}}},,}}})..,})}}}}}},},...}})}},,)}}}}}))){{|{{{{|,...,,,,.....{(({.((....)).))))||||,,}}}.....,|||,....,,..|,..,|,||}}}},}))}),.}))}}}...,,))},))))}})))))),))).......,,,...,||||,,|.|,,,,,,,,}|})}}},.......(((({{..(((((.....)))))..})}}).{{...........}}....((((((..((.{((((....))))}.)}.,((((((((.,.....(((((..{.{{{{.,.,,..|,.......,.|.)))),),.)))))....))))}}})},...{((....))))))))).............(((((......))))).)))))...}}|||..}||}|..}}}}}),},..)}),},.....})