Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CNTRL_0015000

Sequence Length

1126 nt

GC Content

0.4103

GAGAAUGAAGUUUCUAGAUUAGAAGACAUAAUGCAGCAUUUAAAAUCAAAGAAGCGGGAAGAAAGGUGGAUGAGAGCAUCCAAGCGGCAGUCGGAGAAAGAAAUGGAAGAACUGCAUCAUAAUAUUGAUGAUCUUUUGCAAGAGAAGAAAAGCUUAGAGUGUGAAGUAGAAGAAUUACAUAGAACUGUCCAGAAACGUCAACAGCAAAAGGACUUCAUUGAUGGAAAUGUUGAGAGUCUUAUGACUGAACUAGAAAUAGAAAAAUCACUCAAACAUCAUGAAGAUAUUGUAGAUGAAAUUGAGUGCAUUGAGAAGACUCUUCUGAAACGUCGCUCAGAGCUCAGGGAAGCUGACCGACUCCUGGCAGAGGCUGAGAGUGAACUUUCAUGCACUAAAGAAAAGACAAAAAAUGCUGUUGAAAAGUUCACUGAUGCCAAGAGAAGUUUAUUGCAAACUGAGUCAGAUGCUGAGGAAUUAGAAAGGAGAGCUCAGGAAACUGCUGUUAACCUCGUCAAAGCUGAUCAGCAGCUAAGAUCGCUCCAGGCUGAUGCAAAGGAUUUGGAGCAGCACAAAAUCAAGCAAGAAGAAAUCUUGAAAGAAAUAAACAAAAUUGUAGCAGCAAAAGACUCAGACUUCCAAUGUUUAAGCAAGAAGAAGGAAAAACUGACAGAAGAGCUUCAGAAACUACAGAAAGACAUAGAGAUGGCAGAACGCAAUGAGGAUCACCACCUGCAGGUCCUUAAAGAAUCUGAGGUGCUUCUUCAGGCCAAAAGAGCCGAGCUGGAAAAGCUGAAAAGCCAGGUGACAAGUCAGCAGCAGGAGAUGGCUGUCUUGGACAGGCAGUUAGGGCAUAAAAAGGAGGAGCUGCAUCUACUCCAAGGAAGCAUGGUCCAGGCAAAAGCUGACCUCCAGGAAGCUCUGAGACUGGGAGAGACUGAAGUAACUGAGAAGUGCAAUCACAUUAGGGAAGUAAAAUCUCUUCUGGAAGAACUGAGUUUUCAGAAAGGAGAACUAAAUGUUCAGAUUAGUGAAAGAAAAACUCAACUUACACUUAUAAAGCAGGAAAUUGAAAAAGAGGAAGAAAAUCUUCAGGUUGUUUUAAGGCAGAUGUCUAAACAUAAAACCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-276.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -298.48

Frequency: 0.0000

Diversity: 166.84

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.........((((((((.(((((((((......((((((((...(((((.(((((...........((((((....))))))....((((((................).)))))((((......))))..((((((.....))))))..........((((((..........))))))....((((...((....)).))))......).)))).)))))..))))))))...)))))....)))).)))))))).....((((((((((.((((((((.....)))).))))...))))))).)))..(((((.((((((......(((((((((((((..(((.((((((...(.((((((...(((....((((((((((((.(((...................)))...)).))))))))))...))).......((.....))...(((((((...(((((.(.((((....(((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........((...(((((.....)))))...)).........)))).)..)))))...))))))).((((...(((....)))....)))).......(((.(((((.((((((((..((.........(((....)))((.....))..((((((((..........)))))))).))..)))))))).))))))))((((....).))).((((.....)))).....)))))).)....))))))...........(((.(((((((...((((((....(.......)....))))))......))))))).)))..((((..(((....))))))))))..).))))))))).((((((((((......(..((((...(((....))).))))..).......))))))))))..((((..(((((((......)))))))....)))).....((((.(((..........))).))))...............)))......))))))...))))).((((((((..((((....)))))))))....))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{{{.....((((((((.(((((((((......((((((((...(((((.(((({...........((((((....))))))..,.((((((................),,))))((((......)))),.{(((((((...|||,,.....}},...(((({{.,{.......))))))....||{|...,.....}}....))}}}})}.)))).)))))..))))))))...)))))....)))).)))))))).....,{{(((((((.(((({{{(.....))}}.))))...))))))).}}}.{({{{..||||||,|,...{{.((((((((((..(((.((((((...{.((((((...(((....((((((((((((.(((...................})).,.)))))))))))))...))).......{{.....,,...(((((((...(((((.,.,,{{....{((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........{{...(((((.....)))))...},.........,,,),)..)))))...))))))).{(((,..({(....}}}.}}}},,}......|(((.(((((.((((((((..{{.........{{{....}}}((.....))..((((((((..,....,..)))))))).,}..)))))))).))))))))((({....}.))).((((.....)))).....)))))).}....))))))..{......,,(((.(((((((.,,((((((....(.......},...))))))..,,..))))))}.)))..((((..(((....))))))))))..),})))))))).((((((((((.,....{..((((...(((....))).))))..,.......))))))))))..((((..(((((((......)))))))....))))..,,.((((.(((..........))).)))).,,....{{,....,}).....,,|||,,,...))))|.((((((((..((((....))))}))))....))),