Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_CNTRL_0015100
Sequence Length
2313 nt
GC Content
0.4289
GAGAAUGAAGUUUCUAGAUUAGAAGACAUAAUGCAGCAUUUAAAAUCAAAGAAGCGGGAAGAAAGGUGGAUGAGAGCAUCCAAGCGGCAGUCGGAGAAAGAAAUGGAAGAACUGCAUCAUAAUAUUGAUGAUCUUUUGCAAGAGAAGAAAAGCUUAGAGUGUGAAGUAGAAGAAUUACAUAGAACUGUCCAGAAACGUCAACAGCAAAAGGACUUCAUUGAUGGAAAUGUUGAGAGUCUUAUGACUGAACUAGAAAUAGAAAAAUCACUCAAACAUCAUGAAGAUAUUGUAGAUGAAAUUGAGUGCAUUGAGAAGACUCUUCUGAAACGUCGCUCAGAGCUCAGGGAAGCUGACCGACUCCUGGCAGAGGCUGAGAGUGAACUUUCAUGCACUAAAGAAAAGACAAAAAAUGCUGUUGAAAAGUUCACUGAUGCCAAGAGAAGUUUAUUGCAAACUGAGUCAGAUGCUGAGGAAUUAGAAAGGAGAGCUCAGGAAACUGCUGUUAACCUCGUCAAAGCUGAUCAGCAGCUAAGAUCGCUCCAGGCUGAUGCAAAGGAUUUGGAGCAGCACAAAAUCAAGCAAGAAGAAAUCUUGAAAGAAAUAAACAAAAUUGUAGCAGCAAAAGACUCAGACUUCCAAUGUUUAAGCAAGAAGAAGGAAAAACUGACAGAAGAGCUUCAGAAACUACAGAAAGACAUAGAGAUGGCAGAACGCAAUGAGGAUCACCACCUGCAGGUCCUUAAAGAAUCUGAGGUGCUUCUUCAGGCCAAAAGAGCCGAGCUGGAAAAGCUGAAAAGCCAGGUGACAAGUCAGCAGCAGGAGAUGGCUGUCUUGGACAGGCAGUUAGGGCAUAAAAAGGAGGAGCUGCAUCUACUCCAAGGAAGCAUGGUCCAGGCAAAAGCUGACCUCCAGGAAGCUCUGAGACUGGGAGAGACUGAAGUAACUGAGAAGUGCAAUCACAUUAGGGAAGUAAAAUCUCUUCUGGAAGAACUGAGUUUUCAGAAAGGAGAACUAAAUGUUCAGAUUAGUGAAAGAAAAACUCAACUUACACUUAUAAAGCAGGAAAUUGAAAAAGAGGAAGAAAAUCUUCAGGUUGUUUUAAGGCAGAUGUCUAAACAUAAAACCGAACUAAAGAAUAUUCUGGACAUGUUGCAACUUGAAAACCAUGAGCUACAAGGUUUGAAGCUACAACAUGACCAAAGGGUAUCUGAAUUAGAGAAGACUCAGGUGGCAGUGCUAGAGGAGAAACUGGAGUUAGAGAAUUUGCAGCAGAUAUCCCAGCAGCAGAAAGGGGAAAUAGAGUGGCAGAAGCAGCUCCUUGAGAGGGAUAAACGAGAAAUAGAACGAAUGACUGCUGAGUCCCGAGCUUUACAAUCGUGUGUUGAGUGUUUGAGCAAAGAAAAGGAAGAUCUCCAAGAGAAAUGUGACAUUUGGGAAAAAAAGUUGGCACAAACCAAAAGGGUUUUAGCAGCAGCAGAAGAAAAUAGCAAAAUGGAGCAAUCAAACUUAGAAAAGUUGGAAUUGAAUGUCAGAAAACUGCAGCAGGAACUAGACCAACUAAACAGAGACAAGUUGUCACUGCAUAACGACAUUUCAGCAAUGCAACAGCAGCUCCAAGAAAAACGAGAAGCAGUAAACUCACUGCAGGAGGAACUAGCUAAUGUCCAAGACCAUUUGAACCUAGCAAAACAGGACCUGCUUCACACCACCAAGCAUCAGGAUGUGUUGCUCAGUGAGCAGACCCGACUCCAGAAGGACAUCAGUGAAUGGGCAAAUAGGUUUGAAGACUGUCAGAAAGAAGAGGAGACAAAACAACAACAACUUCAAGUGCUUCAGAAUGAGAUUGAAGAAAACAAGCUCAAACUAGUCCAACAAGAAAUGAUGUUUCAGAGACUCCAGAAAGAGAGAGAAAGUGAAGAAAGCAAAUUAGAAACCAGUAAAGUGACACUGAAGGAGCAACAGCACCAGCUGGAAAAGGAAUUAACAGACCAGAAAAGCAAACUGGACCAAGUGCUCUCAAAGGUGCUGGCAGCUGAAGAGCGUGUUAGGACUCUGCAGGAAGAGGAGAGGUGGUGUGAGAGCCUGGAGAAGACACUCUCCCAAACUAAACGGCAGCUUUCAGAAAGGGAGCAGCAAUUGGUGGAGAAAUCAGGUGAGCUGUUGGCCCUCCAGAAAGAGGCAGAUUCUAUGAGGGCAGACUUCAGCCUUCUGCGGAACCAGUUCUUGACAGAAAGAAAGAAAGCUGAGAAGCAGGUGGCCAGCCUGAAGGAAGCACUUAAGAUCCAGCGGAGCCAGCUGGAGAAAAACCUUCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-582.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -627.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 476.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((......((((((((.(((((((((......((((((((...(((((.(((((...........((((((....))))))....((((((................).)))))((((......))))..((((((.....))))))..........((((((..........))))))....((((...((....)).))))......).)))).)))))..))))))))...)))))....)))).)))))))).....((((((((((.((((((((.....)))).))))...))))))).)))..((((.((((((((....((((.((((..(....)....)))).))))((.(((((.........((((((((((((.(((...................)))...)).))))))))))..))))).))...((.....))...(((((((...(((((.(.((((....(((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........((...(((((.....)))))...)).........)))).)..)))))...))))))).((((...(((....))).)))).((......))..))))))))))))................(((....)))((.....))..(.(((....((((((((..(((((((.((((((((..(((((((((((((((...........(((((...(.(((......))).)......)))))((((((((((((...(((((((((...((((((..(..........((((((((((((.(((((((((.((..((((..(((....)))))))(((((....(((((..(((((((((((......(..((((...(((....))).))))..).......)))))))........((((((((((........((((.....)))).....((((.(((..........))).)))).......(((....))).....(((((......))))).((((((((..((((....)))))))))....)))...(((((((.((((((((.(((((((...(((..(((((.((.....)).))))).)))...))))))).))..)))))))))...)))).))))))))))....))))..)))))......)))))......(..(((((.((..((.((((............)))).))...)).)))))..).)))))))).)))))))..((((.....((..((...((((....)))).))..))......)))).(((((((((((((.(((.......(((.....))).........((((((((((........(((((((..(((((.....))))).....((.((((.........((........))..((.(((((....))))).))................)))).))........).)))))).........)))).))))))))).))..)))).)))))))........))))))))..............(((((......))))).....)..))))))..)))))))))))))))...(((........))).))))))((((((((((.(((((..((..((.((((((...))))))))((...(((((...(((((((.....(((((.....(((((((....((((.............))))............((((((...(........)...)))))).........))))))).)))))........)))))))(((....((((.......).)))....)))..................((((........))))..((.((....)).))..)))))...))..........((((.........)))).))..))))).......((.(((((((((....))).)))))).))(((.(.......).)))))))))))))).))))))))))).)))(((((...(((((...((.((((((.....)))))).))..))))))))))...(((.....))).....((((......)))))))))))).)))))))....((((((.((((..........(((((......))))))))).))))))..))))))))....))).)........)))((((((((((.......)))))).........))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{......((((((((.(((((((((......((((((((...(((((.(((({...........((((((....))))))..,.((((((................),,))))((((......)))),.{(((((((...|||,,.....}},...(((({{.,{.......))))))....||{|...,.....}}....))}}}})}.)))).)))))..))))))))...)))))....)))).)))))))).....{{{(((((((.(((({{{(.....))}}.))))...))))))).}}}..((((.((((((((....{(((.(({{,{({,.....,,)))).)))){{,{{{{{..,,,....((((((((((((.(((...................})).,.)))))))))))))..}))),.},,..{{,....,,...(((((((...(((((.,.,,{{....{((..(((.(((....)))..)))..))).(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........{{...(((((.....)))))...},.........,,,),)..)))))...))))))).((((...(((....))}.}}}).||......}}..)))))))))))).....,..........{{{....}}}{(.....))..{.(((....((((((((..(((((((.((((((((.{((((((((((((((,......,{...{{({,...{,(((....,.}}}.}......)))))((((((((((((...(((((((((...((((((..(..........(((((((({(((.((((((((,,((..((((..(((....))))))}(((((....(((({...(((((({{{,,{,...{..(({{...(((....))).))}}..........||||||||{{.....((((((((((........((((.....))))..,,.((((.(((..........))).)))).,,....{{{....}}}.....{{{((,,....))))).((((((((..((((....))))})))}...,)))...{{{{((,,((((((((.(((((((...(((.{(((((.((.....)).))))).))).,.))))))).)),.,))))))))...}}}}.))))))))))....}..,.))))))))),..)))))},,......{||||.{|.,,,.{(((..,....,....)))).,,...}}.}}}}}.,).)))))))).)))})))..{(((.....{{..((...((((....)))).}}.,}},.....)))).{(((((((((({{.(({.......,,,...,,||}..},},...((((((((((........{(((((,..,{{((....,))}}},.||.{{|({,..........{{....,,,.}|..((.{((((....))))}.)}.|||,.,,||}.....)))).}).,.,,,..,.)))))).........))))}})))))))).}}..))))}}}))))}..,,....))))))))..............(((((......))))).....)..))))))..)))))))))))))))...(((........))).))))))((((((((((..{({({.{{,,{{{((((((...))))}},},|..,|||.,..|{(({(((.,...(((((.....{{(((({,{.,((({.............},},............||||{{.,.({{{{....},,.})))))....,,.,))))}))).)))))........))))))||{{....((({.......),)}}....}},......,...........((({........))))..(({(({.{{{|.||.||||,................||{{.........))))......)))))}....|{(.(((((((((....))).)))))).)||((......}}}),,,.))))))))))}.))))))))))).)))|((((...(((({...((.((((((.....)))))).))..})))))))),...{{{....,}}},,.,,((((......)))))))))))).)))))))....{(((((.((((..........{((({......)))}})))}.))))))..))))))))....))).},{{,,,..}}},,{,((((((.......)))))).......,}))))
Back