Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CNTRL_0015200

Sequence Length

2721 nt

GC Content

0.4274

GAGAAUGAAGUUUCUAGAUUAGAAGACAUAAUGCAGCAUUUAAAAUCAAAGAAGCGGGAAGAAAGGUGGAUGAGAGCAUCCAAGCGGCAGUCGGAGAAAGAAAUGGAAGAACUGCAUCAUAAUAUUGAUGAUCUUUUGCAAGAGAAGAAAAGCUUAGAGUGUGAAGUAGAAGAAUUACAUAGAACUGUCCAGAAACGUCAACAGCAAAAGGACUUCAUUGAUGGAAAUGUUGAGAGUCUUAUGACUGAACUAGAAAUAGAAAAAUCACUCAAACAUCAUGAAGAUAUUGUAGAUGAAAUUGAGUGCAUUGAGAAGACUCUUCUGAAACGUCGCUCAGAGCUCAGGGAAGCUGACCGACUCCUGGCAGAGGCUGAGAGUGAACUUUCAUGCACUAAAGAAAAGACAAAAAAUGCUGUUGAAAAGUUCACUGAUGCCAAGAGAAGUUUAUUGCAAACUGAGUCAGAUGCUGAGGAAUUAGAAAGGAGAGCUCAGGAAACUGCUGUUAACCUCGUCAAAGCUGAUCAGCAGCUAAGAUCGCUCCAGGCUGAUGCAAAGGAUUUGGAGCAGCACAAAAUCAAGCAAGAAGAAAUCUUGAAAGAAAUAAACAAAAUUGUAGCAGCAAAAGACUCAGACUUCCAAUGUUUAAGCAAGAAGAAGGAAAAACUGACAGAAGAGCUUCAGAAACUACAGAAAGACAUAGAGAUGGCAGAACGCAAUGAGGAUCACCACCUGCAGGUCCUUAAAGAAUCUGAGGUGCUUCUUCAGGCCAAAAGAGCCGAGCUGGAAAAGCUGAAAAGCCAGGUGACAAGUCAGCAGCAGGAGAUGGCUGUCUUGGACAGGCAGUUAGGGCAUAAAAAGGAGGAGCUGCAUCUACUCCAAGGAAGCAUGGUCCAGGCAAAAGCUGACCUCCAGGAAGCUCUGAGACUGGGAGAGACUGAAGUAACUGAGAAGUGCAAUCACAUUAGGGAAGUAAAAUCUCUUCUGGAAGAACUGAGUUUUCAGAAAGGAGAACUAAAUGUUCAGAUUAGUGAAAGAAAAACUCAACUUACACUUAUAAAGCAGGAAAUUGAAAAAGAGGAAGAAAAUCUUCAGGUUGUUUUAAGGCAGAUGUCUAAACAUAAAACCGAACUAAAGAAUAUUCUGGACAUGUUGCAACUUGAAAACCAUGAGCUACAAGGUUUGAAGCUACAACAUGACCAAAGGGUAUCUGAAUUAGAGAAGACUCAGGUGGCAGUGCUAGAGGAGAAACUGGAGUUAGAGAAUUUGCAGCAGAUAUCCCAGCAGCAGAAAGGGGAAAUAGAGUGGCAGAAGCAGCUCCUUGAGAGGGAUAAACGAGAAAUAGAACGAAUGACUGCUGAGUCCCGAGCUUUACAAUCGUGUGUUGAGUGUUUGAGCAAAGAAAAGGAAGAUCUCCAAGAGAAAUGUGACAUUUGGGAAAAAAAGUUGGCACAAACCAAAAGGGUUUUAGCAGCAGCAGAAGAAAAUAGCAAAAUGGAGCAAUCAAACUUAGAAAAGUUGGAAUUGAAUGUCAGAAAACUGCAGCAGGAACUAGACCAACUAAACAGAGACAAGUUGUCACUGCAUAACGACAUUUCAGCAAUGCAACAGCAGCUCCAAGAAAAACGAGAAGCAGUAAACUCACUGCAGGAGGAACUAGCUAAUGUCCAAGACCAUUUGAACCUAGCAAAACAGGACCUGCUUCACACCACCAAGCAUCAGGAUGUGUUGCUCAGUGAGCAGACCCGACUCCAGAAGGACAUCAGUGAAUGGGCAAAUAGGUUUGAAGACUGUCAGAAAGAAGAGGAGACAAAACAACAACAACUUCAAGUGCUUCAGAAUGAGAUUGAAGAAAACAAGCUCAAACUAGUCCAACAAGAAAUGAUGUUUCAGAGACUCCAGAAAGAGAGAGAAAGUGAAGAAAGCAAAUUAGAAACCAGUAAAGUGACACUGAAGGAGCAACAGCACCAGCUGGAAAAGGAAUUAACAGACCAGAAAAGCAAACUGGACCAAGUGCUCUCAAAGGUGCUGGCAGCUGAAGAGCGUGUUAGGACUCUGCAGGAAGAGGAGAGGUGGUGUGAGAGCCUGGAGAAGACACUCUCCCAAACUAAACGGCAGCUUUCAGAAAGGGAGCAGCAAUUGGUGGAGAAAUCAGGUGAGCUGUUGGCCCUCCAGAAAGAGGCAGAUUCUAUGAGGGCAGACUUCAGCCUUCUGCGGAACCAGUUCUUGACAGAAAGAAAGAAAGCUGAGAAGCAGGUGGCCAGCCUGAAGGAAGCACUUAAGAUCCAGCGGAGCCAGCUGGAGAAAAACCUUCUUGAGCAAAAACAGGAGAACAGCUGCAUACAAAAGGAAAUGGCAACAAUUGAACUGGUAGCCCAGGACAACCAUGAGCGGGCCAGGCGCCUGAUGAAGGAGCUCAACCAGAUGCAGUAUGAGUACACGGAGCUCAAGAAACAGAUGGCAAACCAAAAAGAUUUGGAGAGAAGACAAAUGGAAAUCAGUGAUGCAAUGAGGACACUUAAAUCUGAGGUGAAGGAUGAAAUCAGAACCAGCUUGAAGAAUCUUAAUCAGUUUCUUCCAGAACUACCAGCAGAUCUAGAAGCUAUUUUGGAAAGAAACGAAAACCUAGAAGGAGAAUUGGAAAGCUUGAAAGAGAACCUUCCAUUUACCAUGAAUGAGGGACCUUUUGAAGAAAAACUGAACUUUUCCCAAGUUCACAUAAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-674.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -727.43

Frequency: 0.0000

Diversity: 834.16

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((((.((((((((((((...........(((.((.(((........))).)).((((((((..(((.(((((.....(((((((.((((((....................(((((......))))).((((((.....))))))..(((((.(((((((...(((((((....(((((.(((.((((....((((((.((........))...))))))....))..)).))).)))))......(((....)))...((((((((((.((((((((.....)))).))))...))))))).)))........)))))))...)).))))).)))))(((.....))).)))))))).......(((....((((((((((((.(((...................)))...)).))))))))))...)))..(((...(((((((((.(((((.(((..((((((....))))...((...(((((((....(((((((..(((.(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........((...(((((.....)))))...))...........((((((((((.............((((..(((((..((...(((((((............(((.(((((................(((....)))((.....))..(.(((....((((((((..(((((((.((((((((..(((((((((((((((...........(((((...(.(((......))).)......)))))((((((((((((...(((((((((...((((((..(..........((((((((((((.(((((((((.((..((((..(((....)))))))(((((....(((((..(((((((((((......(..((((...(((....))).))))..).......)))))))........((((((((((........((((.....)))).....((((.(((..........))).)))).......(((....))).....(((((......))))).((((((((..((((....)))))))))....)))...(((((((.((((((((.(((((((...(((..(((((.((.....)).))))).)))...))))))).))..)))))))))...)))).))))))))))....))))..)))))......)))))......(..(((((.((..((.((((............)))).))...)).)))))..).)))))))).)))))))..((((.....((..((...((((....)))).))..))......)))).(((((((((((((.(((.......(((.....))).........((((((((((........(((((((..(((((.....))))).....((.((((.........((........))..((.(((((....))))).))................)))).))........).)))))).........)))).))))))))).))..)))).)))))))........))))))))..............(((((......))))).....)..))))))..)))))))))))))))...(((........))).))))))((((((((((.(((((..((..((.((((((...))))))))((...(((((...(((((((.....(((((.....(((((((....((((.............))))............((((((...(........)...)))))).........))))))).)))))........)))))))(((....((((.......).)))....)))..................((((........))))..((.((....)).))..)))))...))..........((((.........)))).))..))))).......((.(((((((((....))).)))))).))(((.(.......).)))))))))))))).))))))))))).)))(((((...(((((...((.((((((.....)))))).))..))))))))))...(((.....))).....((((......)))))))))))).)))))))....((((((.((((..........(((((......))))))))).))))))..))))))))....))).)..))))).)))....((((((.......))))))......)))))))..))..)))))))))....))))).))))).))).)))))))....(((..((((....))))..))))).)))))...)).(((.(((.....))).)))...(((..((.....(((((.......))))).....))..)))....(((((....)))))........))..)))...)))))..)))))))))....)))...(((((..(........)..)))))....))))).....))))).))).))))))))..........))))))))))))))).(((((........))))).....(((((........................)))))))))).)(((((((..((((........((.....)).......))))..))))).....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{({,,...(((((({(,(({{{{{{(......{,{{{{{{...|||,,,|||||,,,,,,,..,.((((((....)))))}..,.((((((................}.,)))|((((......)))),.{(((((,,...}}}}},....}},...{((({{.,,.......))))))....||{|...,.....}}.,,,}|||||||.||||{||,||{,|||||}}|{,{||||}..,.))},.|||,,,,),,...{{{(((((((.(((({{{(.....}}}}.))))...))))))).}}},{{,,,.}})||(({{.....,,||||||{(((.,,,{,((({,({{,({((({{{,..(((....((((((((((((.(((...................})}.,,)))))))))))))...)))..,....,{{{,{{{{,..(((((((...(((((,,...{{....,((..{((,(((....}}|,,|||..}}}.(((..(((((.....)))))..))).((((((((((........)).)))))))).........{{...(((((.....)))))...},...........|}|},,)))))...))))))).,((({..((({{..||..,|||{{|{.....,{{{.{{(((.((((({{,..,,.........{{{....}}}((.....))..{,(((,{,.{({{{{{{.,|||||||.{{{{||||}|||{||||||||((({......||,.{(((,....}}||,....}}))),,,....,))))){((((({{{(({,,,((((((({{,.,(((({{..(........,,((((((((,(((,(((({{({,,{{..((((..(((....))))))){{({{....{((({...(((((({{{{,{,...{..(({{...(((....)}}.}}}}..........||||||||{{.....((((((((((........((((.....))))..,,.((((.(((..........))).)))).,,....{{{....,}}.....{{{((,,....))))).((((((((..((((....))))})))}...,)))...{{{,((,,((((((((.(((((((...(((.{(((((.((.....)).))))).))).,.))))))).)),.,))))))))...}}}}.)))))))))).,..|..,.))))))))),..})}}}}},,,....|||||.,|,,,|.|||(.,,....,....}))}..,...}}.}|}}}.}),)))))))}.,}}}}}}..,{{{.....,{..{{...{{{{,,,.}})),}}.})),,,,,.}})).|||||||||||||,||,.......,,,...||}||,...,...,(((({(((((,,,,....{((((({..{((((.....)))))..||,||,({...........||....{{{{|{..((.{((((....))))}.)}.|{{{,{{{{,,....}|||{|,.|.,,|,.,.}}}}}}.........}}))})})},)))),,...))))}}}))}},.,{{....)))))))),.............(((((......))))).....|..}}}}}}..}))))}}}}}||}}|,..(((........))).}))|}|((((((((((..{({{{.{{,.|||((((((...))))},,}{|,.,||{.,..|{((((((.,...(((((.....{{(((({,{.,((({.............},},............||||{{.,.({{{{....},,.})))))....,,.,))))}))).)))))........))))))||{{....((({.......).)}}....}}},.....,...........(({{........}}}}..(({(({.{{{{.||.||||,................((((.........)))).,,...})))}|,...|{(.(((((((((....))).)))))).)||((......}}}),}}.)))))))))),.})}}|}}|}}}.}}}|((((...((({{...((.((((((.....)))))).))..})))))))),..,|||,,..|}}}}},{|((((......}}}}}}}})))).}))))))...,{{{{((,{(((,,,,...,.,(((((......}}}}}}}}}.))))}}..))))))}},,..}||,|,,},,}}.)))....((((((.......))))))......,}|||||,,||..,,,}}}}},....|||||{{.|....,,...{{{|.....{{{..((((,.,,}|||..}},}}.}}.}},,}))}|((.(((.....))).))}...||,.}||}}}}.{{{{{.......))))),,,..}},.))),...((((,....}))))........}},,}}}...}}|||..}}}}}}|||....}}},..{{{|{|,{,,,,{{|....||||,..,|||||,,.,,,||||..||.(((((((((((((.....{((..........))).))))))}}}))))),,...,||...})))),.})}}.,)))}|....|}|..,||}}}||}}.)}}),))))))),.))))))}..,....,}},,..))))))),,))))}}},..})