Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CNTRL_0018100

Sequence Length

726 nt

GC Content

0.3967

GAAGUAAAAUCUCUUCUGGAAGAACUGAGUUUUCAGAAAGGAGAACUAAAUGUUCAGAUUAGUGAAAGAAAAACUCAACUUACACUUAUAAAGCAGGAAAUUGAAAAAGAGGAAGAAAAUCUUCAGGUUGUUUUAAGGCAGAUGUCUAAACAUAAAACCGAACUAAAGAAUAUUCUGGACAUGUUGCAACUUGAAAACCAUGAGCUACAAGGUUUGAAGCUACAACAUGACCAAAGGGUAUCUGAAUUAGAGAAGACUCAGGUGGCAGUGCUAGAGGAGAAACUGGAGUUAGAGAAUUUGCAGCAGAUAUCCCAGCAGCAGAAAGGGGAAAUAGAGUGGCAGAAGCAGCUCCUUGAGAGGGAUAAACGAGAAAUAGAACGAAUGACUGCUGAGUCCCGAGCUUUACAAUCGUGUGUUGAGUGUUUGAGCAAAGAAAAGGAAGAUCUCCAAGAGAAAUGUGACAUUUGGGAAAAAAAGUUGGCACAAACCAAAAGGGUUUUAGCAGCAGCAGAAGAAAAUAGCAAAAUGGAGCAAUCAAACUUAGAAAAGUUGGAAUUGAAUGUCAGAAAACUGCAGCAGGAACUAGACCAACUAAACAGAGACAAGUUGUCACUGCAUAACGACAUUUCAGCAAUGCAACAGCAGCUCCAAGAAAAACGAGAAGCAGUAAACUCACUGCAGGAGGAACUAGCUAAUGUCCAAGACCAUUUGAACCUAGCAAAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-146.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -163.84

Frequency: 0.0000

Diversity: 177.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(........(((((..((((.((.((.(((((((......)))))))...(((((((((.............(((((((..((((...((((((.((...........(((((......))))).((((((((..((((....)))))))))....)))................(((.(((((((...(((..(((((.((.....)).))))).)))...))))))).)))..(((((((((...((((...(((((.(((..(............)..))).)))))......))))...)))))))))((((((((.............((((.((....)).))))((((...........))))............)).))))))....))..)))))).....))))))))))))))))))))..........)).)))))))))))..((((.(((((........))).)).))))...((((..((((((.(((..(((.................((((((..((.(((((....))))).)).(((((((((.......(((((..(.((((....................)))).)..)))))....)))).)))))...(((....))))))))).............(((((......)))))((......)).)))..)))..)))))).))))..)((........))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{........(((((((((({{{..,..,,|||||}}}..,)))),||,,,(({{((,((,..,.........(((((((.,(({{{,.((((((.((,..........{{{((......))))).((((((((..((((....))))})))}...,))).......,,,...,|}(((.(((((((...(((.{(((((.((.....)).))))).))).,.))))))).))}..(((((((((...,,{,...{{(((.{,{..(..,.||,...,}}..}}}||||||......))),,..)))))))))((((((({.............((((.((....)).))))((({....,......}}}}........,...}}.))))))..,})}..)))))).},..))),)))))))})))}})),.......,,,...,||||..|,|,,,|.}|,)})))}}........{(({{{..{((((.....)))))..})}}),{|...........,,....((((((..((.{((((....))))}.)}.,((((((((.,.....(((((..{.{{{{.,.,,..,,.....,.,.|.)))),),.)))))....))))))))),...(((....))))))))).............(((((......))))).{......},.|||,..||}|||,.,,.,}}}..){|,,,.....}}