Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_CORO1C_0002700

Sequence Length

2681 nt

GC Content

0.4614

AGGACCCUGGCCACGAAUCAUUUGCCAUCUCCUCUACCAAAGACUCAAAAUGUAUGGCCCUGGUAGUCAGCUGGGAAAGUCUGGCAAUAACAGCUGGGCUAAGGAACGUGGAUGCUCAAUUGCCUGCCAAGGGUCUCUUACUUCAGCCCGGCUACAUGCCCCCAGCAUUGGAGAGAGGCCACUUUCACACAUGCGUUGGAAGGGUAAGAGACUCUGGCAAAAAUAAAUUCGUCUCUCUGCAUUUAGCAGUGGGCUCAGGGCCAUGAGGAAGGGAAUUAGAGGAAAGGAAUUAGCAACAGCCCACCAUGUGUCUCGUCUGGCAUGAGUGGACAGGUGUUAGCUCUCCUCUGUAUAUGAGGAUCUGAUUUUCAGCUGAGUUGUCGAUGUUGAACCAUGUUCCAUUUCCACUUAGAUUUUUAUCCAGGCUCCUUCUAUCUAACCAACAUGAACAGAAUGUCCUGCAGUAGCACAUAGGAAAAUUACAUUGGGUGCAGUCUAGGAAAUCUUAAUCAGGGAGGGCCUGGUGAUCUGAAAGCACAAAGCUUUCAGUGUCUAUCAGAUGAUUUAGUCGAAUUUGGAGUCUGAAAUGACACAUAAGACAGCCUAGGAACCUAGCUCUGUGUCACCUCCCCUCCCCUUCAGAGUCCCUGGUUUACUAGGGAAGUGGCUGUGGUGGAUGAUCAGCUCAGUGAAAACCCAGCCUGGUUUUGUUUCCCCCCGACAAUAGCCCCUGCAUUUUUCCUUUCCUAGGUCCCAACUGUUACUGCUGUAUCACUCCAGGCCUUCCUCAAGUCUGGUUUACUGUCAAAUAGCUUCCUAGCCCAGUACCUGGCUUUGAGCUUGUUCCUGUGUAAGCUGUCCAGUGUGCUCCUGCCACAUUUACUGUCAUCCUAAACAUCACUUUGAUCACAUUGCUUUCCAUUUAAAUACUUUUGCUCUGCUUUUCCCAGACCUGGCUCUUACCCGUUAGGCUGCUUUAGGCUGACUUUUCCUGUUUCUCACUGUGUACCACUUAGCACUAGGCGGUUUGGUAGUGAGUUGCUCUGAUUAUUACGUCUGUGUUAGAAGGAGAUUAGAAGGCUUUUGAAGUCAAGGGUGAUGGCUGUGUCUUUUGAAUUCCUCCCAUAGCUAUUCUUGUUGAAACACUCUGGGGAAUAGACACAAUUCUCAGACAGCAGAGUGUUGAUGUCUAGGGAAAAUGUUUACAAUCUGAAAAAUUACCUUGGCAGGCUGAGGACAAAGCCACAAAAUCGUAACUUGUUUUUCGGCUUUCUUCAGCCUCACCUCUACCAGAGAAUUUCACUUUGGAGUUUUCUUAUCUGUAAAAGGGGAAGGGUUGAAGUACAUUAUCUGUCAGCUCCCACCCAACCCUGAAAGGCUAAUUUUCUUUAAUUCUUUCCCUUAAUCUUUCCAUUGAAAUUAAAACUGAUGAGCUGUUUCUGGAUCUUGAAUUAGGAAUUUUUCAUUUCUUUGUAAUUCUUUCCCUGACGCAUUUUGCAGUUGUCUCCGGGUAUGUGCUGCUAAAAGAAAUUUGGAUUGCAAUUUGGCUACUUUUUAGGAGAGCAGACAAAAUGCCAUACCAUUCUGUUUUUCCUACUUGGAGCAUUUCAUUUGUAAAAGUAAAGCUUUCAGUUUGGUGCAUAAUUCUAACAUAAUUCUCACUCUUCCUUUGCAGACACGAUGAGGCGAGUGGUACGACAGAGCAAGUUUCGGCAUGUAUUUGGGCAAGCGGUGAAAAAUGACCAGUGCUAUGAUGACAUCCGGGUUUCUCGUGUGACCUGGGAUAGUUCCUUUUGUGCUGUCAAUCCCAGAUUUGUUGCCAUAAUCAUAGAGGCAAGUGGGGGAGGAGCGUUCCUUGUCCUCCCUCUGCACAAGACUGGUCGAAUUGACAAAUCUUACCCUACAGUAUGUGGCCACACAGGACCAGUGCUGGACAUAGACUGGUGCCCACAUAACGAUCAGGUCAUUGCCAGCGGUUCAGAGGACUGCACGGUCAUGGUAUGGCAGAUCCCAGAAAAUGGACUCACCCUUUCCCUGACUGAACCUGUGGUGAUUUUGGAAGGCCACUCAAAGAGAGUCGGCAUCGUGGCUUGGCAUCCAACGGCCCGCAAUGUGCUUCUUAGUGCAGGCUGUGAUAAUGCCAUUAUCAUCUGGAAUGUGGGAACAGGGGAAGCCCUUAUAAACUUGGACGAUAUGCAUUCAGACAUGAUUUACAAUGUGAGCUGGAACCGGAAUGGCAGUCUGAUCUGCACAGCUUCCAAAGACAAGAAAGUGAGAGUCAUUGAUCCCAGGAAACAAGAGAUUGUUGCUGAGAAGGAGAAAGCACAUGAAGGAGCAAGACCCAUGAGAGCCAUCUUCCUGGCCGAUGGCAAUGUCUUCACCACUGGGUUCAGCCGCAUGAGCGAGCGGCAGCUGGCUCUCUGGAAUCCGAAAAAUAUGCAGGAACCAAUUGCUCUUCAUGAGAUGGACACUAGCAAUGGGGUGUUGCUGCCUUUCUAUGACCCUGACACCAGCAUCAUUUACUUAUGUGGAAAGGGUGACAGCAGUAUUCGCUAUUUUGAGAUCACGGAUGAAUCCCCGUACGUCCACUACCUCAACACAUUCAGCAGCAAGGAGCCUCAGAGAGGGAUGGGUUACAUGCCCAAGAGGGGACUUGAUGUUAACAAAUGUGAGAUUGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-834.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -884.38

Frequency: 0.0000

Diversity: 574.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((...((((............))))..))))((..(((.((((((((((.(((((((((((..(((((((.....)).))))).....(((.(((((..............))))).)))..(((((.(((((((((((((((((..(((.....)))....((((((..(((((....))))).)).)))))))))...)))))))))))))))))...........((((..((((.....)))).)))))))))))))))....((((..(((..(((((((...((((((((.((((....(((((.(((((((...(((((((((((((((((...(((((.......))))).)))))..((((((((....)))..)))))))).)).))))))))).(((.(((....))).)))((((((((.........((((.......))))..(.((((..(((((.(..((((((..((((((((((((((((....))))....(((((((...((((((.(((((((.....)))))))(((((..((((((..(((((......)))))))))))...))))).....((((.((((....))))..))))))))))..))))))).......((((..((((((..((((....(((((.(((...(((.....)))......)))))))).(((((((((.......))))).))))......((((((((((((((.((.(((...((((((((((..((.((...((((((((.(((((((((.....(((((.(((((...((.(((((((((.((.(...((((((((((.((((((.........(((.((....))))).....((((..(((((((.((((...))))((.(((((..((((........(((((((((.((((....(((.((((((........)))))))))....)))).))......((((((((((..((((.....(((((((.(((((...(((((((.((.....)).))))))))))))))))))).(((((.(((((((((....(..((((....))))..)...))))))))).)))))....((((.......))))..))))..)))))))))).((((((((..((((((((((((((....(((.(((((((....((((((..(((((((((.(((.((.((((((((((..(((((..(((((........)))))..)))))))))))))))..))......(((((((((((...))))))))))).........(((((((((((((((((...(((((((.((((.............)))).))).))))...)))))))))))))))))......((((..(((((...............))))))))).........)))))))))))).....))))))...)))))))))))))))))))...)))))..)))).))))..)).))))).....))))..))))).)).......)))))))..)))).....((((...((((..(((.......(((((...(((.......)))..))))).......)))..))))))))................((((((..((((..(......)..)))).))))))))).))))))))))))).).)).))).)))))).)).(((........)))...)))))..))))).(((((((.(....).)))))))((((((.........))))))....)))))))))(((((...........)))))(((((((((((.((.....))))))))).))))..((((...(((.....)))...))))...(((((((((((((.......(.((((((.(((....))))))))).)))))))).......(((....))).(((((((...))))))).((((((.((...((..((..(((.....)))..))..))...)).))))))...)))))).......))))))))......)).))..)))))..))))).((((((...((((((.....((((((....))))))))))))....))))))........))).)).)))))).))))))))))))..)))))).))))))).)))))))))...)))))).).))))).)))).)...((((((((((......)))).))..))))...........(((((.((((.(((.((....))..)))..)))).))))).))))))))......(((((((.(((((...(((.((((((((.((.....((((.(.((.((((((..(((....)))..))..))))..)).).)))))).)))))))))))..(((............))).....))))))))))))))))))))))......)))).))))))))))))))).)))))))..((((....((((........))))....))))..(((.......))))))))))).))..(((((.((....)).))))).....((((........((((.((((...((((...(.((.(((.....))).)))..))))...)))).))))........)))).)))..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((...((((..........|,)))}..))))((..({,.{{((((((((,(((((((((({{(((((((((..,..{,...}}..,..)))))}||))},{(....{{,....}))....))|(((,,((((((((((((({{{{..(((.....))).,..((((((,.(((((....))))).)}.))))}})))..,)))))))))))))))),...........(((({.((((.....)))).))))})))))))))).{..((((..{{{..(((((((...((((((((.((((.,..(((((.(((((..(((((((((.{{..((((.((((((((..{.({{.(((((((((((......((((((.(..((((..((((...)))))))).,}))))))......)),}))).))))).})}.........(((,,((((((((...((((.(((((((.(((...((((((.(((.(((({{(((((((,{,......(((((((,,,((((((.(((((((.....)))))))(((((..((((((..((({{......)})},))))))...))))).....((((,((((,,..}}}|,,|||}}}}}}}..}}}}}}}...,}))}(((((((....))))))),,.(((((,(({{{,,{({{{{{|.,{|....)),}))}),||||,{{{{.,,....}}}}),)))).,,..........,)))))))),.....,}|,|{{.,,.}}},}}..||||||}}}}},..,}}}})),.,,}}}......((({{,..(((({{{...}}))))..)))))})),)),))))))....))).))))))).)))).)))))..))))))).......{{{,...})}|((.(((((..((((......,.(((((((((.((((....(((.((((((........)))))))))....)))).)}......((((((((((..((((..,..{((((((.(((((...(((((((.((.....)).))))))))))))))))))}.{((((.(((((((((....(..((((....})))..)...))))))))).)))))....,{{{..,,...,}}),.))))..)))))))))).(((({({(..((((((((((((((....(((.(((((((....((((((..(((((((((.(((.((.((((((((((..(((((..((((,,,.....,)))))..)))))))))))))))..))......(((((((((({...})))))))))).........(((((((((((((((((...(((((((.((((.............)))).))).))))...)))))))))))))))))...,..((((..(((((.....{,....,,..)))))))))....,....)))))))))))).....))))))...)))))))))))))))))))...)))))..)))).))))..)).)))))..,..))))..))))).)),.........)))))))).))))...}})))}((((..(((.......{((((...(((.......)))..))))).......)))..)))),...................{(((((..((((..(......)..)))).)))))}......((((((((((((.((((((.((({((...(((((......,..((((((...(((.((((((((((((.(....).)))))))....(((((((((((((({((,,((((((.{(({(((((.,.........)))),(((((((((((.((.....}))))))))}),)),}}}}.}}}|{{|,.,||||...{{{({{.,,.{{{{,((((,{{,|||.{.{{{{{|,{||....))})))))}.|{({{{{..{{,,{{(({,{{{(({{{{(((((,,.|||||||.(({{{{.{{...||,,|{}}|((,....}||..}}..)).,,}},))}))),}}}.,))))}}},,,}{{..(((((((.....)))).))).}}||||,.((((((...((((((.{{,.(({{{{....)})))}))))))....))))))...,}}},,),.))))))).,,((((....)))).......(((((.{...((((.((((((.,.........{{{.|.(((....}))..}.)))))))))..))))...).))))).,........}}}}}}}})}}},,|{,(((.,(((((....))))).))).},.})}},.)))))).)))))))).....{{{,..,.((((,{....,,},,}))))}.))))).))).)))))).,)},)))))..((((.(((....))).)))).......,))})),.)))))).)))))...))))))))))))))))))))))..,...)))).))))))))))))))).)}}))))..|,{{..,,{{{(...,....))))....))))..{((.,....,)))}))))))).}}.,(({{{.,....,}}.})))).....{{{,.,{,,,,.{(((.((((...((((...|.((.(((.....))).)))..))))...)))).))))....}}))))}}.}))..))