Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DENND2A_0002700

Sequence Length

360 nt

GC Content

0.5194

GUGACCUGGAACUCCCCUCGGUACUGACAUGAUGACAGUGUGCAGGCCGGCCAAGGGCAGCCACAGCCAGACUGAAAACCUGAGCUACAAAUUGGCUGACAAUUGGAAAGGUCUUUCAAGUUCAUGAGAGAAGCUGAGGACCAACUGAAGGCCAUUCCCCAGUUCUGUUUUCCCGAUGCCAAGGAUUGGGUUCCUGUCCAGCAGUUCACCAGUGAAACAUUCUCAUUUGUCUUAACUGGAGAAGAUGGGAGCAGAAGGUUCGGUUACUGCCGAAGACUGCUGCCUGGAGGCAAAGGGAAGCGCCUUCCUGAAGUUUACUGCAUUGUGAGCCGCCUGGGAUGCUUCAGCCUCUUUUCAAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-113.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -119.58

Frequency: 0.0000

Diversity: 71.99

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((........)))(((((((.(((((((.......)))).))))))).((((..(((((((.((((((.........))).)))......)))))).)..))))...((((((.((..(((......)))..)))))))).((((..((.((...(((((((((...............)))))))))....)).))..))))((.(((((...(((........)))....))))).))....((.(((((....((((((....))))))..))))).)).((((((.....(((((((((....(..((((((......))))))..)..))).)))))).)))))).....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{,{,,{{((,....,|,{((((.(((((((.......)))).))))))),((((..(((((((.((((((.........))).)))......)))))).)..))))...(((((((((..(((......)))..)))))))),((((..((.{{...(((((((((,..........,...)))))))))....}).))..))))||,|({{({(,({{.,,,,,,,|}|,||.,}})),}},,,,||,|((((....((((((....))))))..))})),)}.((((((.....((((((,,({{{.{..((((((......))))))..,..)))})))))).)))))),}))},})