Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_DENND2A_0002900
Sequence Length
2797 nt
GC Content
0.4491
GAGAAUCACUUGAACCCAUGACGCAGAGAACCCAUGCAGUGAGCCAAGAUCACACCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAUAGUGAGACUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACAACAGAAAGAAAGAAAAAAUAUAGGUUAGCCAUUAUAUUUAGGUUAGACGUUAUAAAUUCCUAACCUCAGAUAUUCAGAUAUGAGAUAUUUCAAAUCACUGAAGAUAACCUUAGCAUGAUGUAUUUUUCUUUAACUUUUUAUAAAGGAAAUUUAACAAGUAUAAACCUAUUAACAACAACAGCAACAAAGCCUACAAUUCUCCUCACAUGAAAAAGUACCUGUUUAUAAGCAAAGAUGAAUAAUAAUGAGAUAAAUAAUUAGAAAUUAUUCUUUUGUGUUUCCCAAACUUGUAUCUGGGGUGCUUCUUAAAAGCACAGAUUUCUGGCUAGGUGUGAUGGUAUGCACUCGCAGUCCCAGCUACUCAGGAUGCUGAAGCAGGUUGCUUGAGCCCAGGAAUUCAAGUCCAGCCUGGGCAACACAGCAAGACUCUGGCUCUAAAAAAUAUAUAUUUAUACAUAGAAAGAAAAAAAAUCACAAAUUUCUGUUCAUAAGCAAAAUAAACUCACGACUUUAGUAUCAUCUCUAAAUCAGACUUUAUUAAUUCAUCCUGUCCUUUUUUUUUUCUUAGCGUCUUGUUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUAUGCUCUCGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCUGGGUUCAAGCAGUUCUCAUGCCUCAGCCUCCCGAGCAGCUGGGACUACAGGUGCCGGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUACAGACGGGGUCUCCCCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCCCAGGUGAUUCACCCACCUCAGCUUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCACUCCCGGCCCUUGUUCUUUUUUUUUUUCCCAUAGAGGUGGGACCUUGCUAUGUUGCCCCAGCUGGUUUUGAAUUCCUGGCCUCAAGUGAUCCUCCUACCUUGGCCUCCCAAAGUACUCCUCCUGUUCUUUAACAAGAUAACAUUCAUCCAGUCUUUGAUAUGUCAGAUACUGUAUGAUGUGCUAGAAUAUCAUAAAGAGAGAGAGAGAGGAAAAAAAGAUUAAGAUCAUUUUUCUUCCUAGUUUGAACAUUAACUCAUGUGACCAGGACACAUCACUUCACACCUCGGGGCUUAUUUCCUUCUUGCUGAAAUAAGAAUGUCAGGCUGGAUGGUGUCACGCUUCCUUCUAGUUCCAACACUCAAUGACUGUCUGAAAUUAGUUGAAUUUCCCAGCAUAAUAUGGUUUUACUGGAUUUAUUCACUGAGAAUGUUGUAACAGUCUUUGCCUGGAGUUCGAAAGGGACAGCUUUGCCUGGACCCAGAGACAGAGAGGCCUGAUUAGAGGCUCUGCCUUCCAGAUUCCUGAGCCUCCUAUUUGGAAAGGAUUGCUGGCAGUUUUUUUAAUUCACUGAAAUAGUUACAUUCUAGAAUGUCAAGCAUAGAGAAUCAUUCUCUAAAGCAUCCUAUUUUUUCCUCCCAACUUCUCCCAGAGGUCUAUAGUUGGAAGUGCACUGGGGGGAAAAUGCCCCAGCCGACUGAGCUGCAAGCUCUUCCCAAGGGAAGAGGCUAAGGCGGCAGUCACAAAUGUGGAAAGGUGGGAGAGGCCAUCCUUACCAUCAUCCGCCUCAAUUUCCCAUGCUGAGAUUUGUUCUCGAAUUUUCUCUCACCUUUCUCCCUGCAGUUGGAAAGGUCUUUCAAGUUCAUGAGAGAAGCUGAGGACCAACUGAAGGCCAUUCCCCAGUUCUGUUUUCCCGAUGCCAAGGAUUGGGUUCCUGUCCAGCAGUUCACCAGUGAAACAUUCUCAUUUGUCUUAACUGGAGAAGAUGGGAGCAGAAGGUUCGGUUACUGCCGAAGACUGCUGGUGAGUACAUUCUGCUUUCAGCCUGCAAGAGCCUCGUGGACUUCCUAGUCCUGGUGCAAGAGCCAGGUCUGGCUUCCCAGUCCCGUGAGACUGAGAUUCCCUGAUGAGGCACAGGAGGAGAAGGAGCAGGGGGAGUGGCAGGUGAAUCAGCAUAGUUAAAAUCACAGAAAAAAUCUGGCAUGGUGGCUCAUGCCUAUAAACCCAGCACUUUGGGAGUAUGAGAAGGACAGAUCACUUGAGACCAGGAGUUCGAGACCAGCCCGGGCAACAAAAUGAGGCCCUGUCUCUAUUUUAAAAAUAUAUACGGCCGGGCGCGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGACGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGCACGCGCCUGUAGUCCCAGCUACACGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCGUGAACCCGGGAGGCGGAGCUUGCAGUGAGUCGAGAUCGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAAACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUACUAAAAAAUAAAACAUUAAAAAAACAGGAAUUGAGGGGGCUCACCUGAGUCUUAUUGGUAGGUGGGAAUGUCCGUUUCCAUCAGAAAGAAAAUACUUUUAUUUCAUUUUGAGACAGGGUCUCACUCUGCUGCCUGGGCUGGAGUGCAGUGGAUCAUGUUUCACUGCAGCCUCGACCUCCCCAGCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1154.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1201.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 510.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.......)((((......((.(..(((......(((((((((.((.(((....((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((.......................(((((((((((((((((((((((((......(((((((((((((.............))))))).))))))((((..((..((....))..))..))))...)))))).......)))).)))))))))..))))))....(((..................))).............((......))......(((.........))).((((((((((((..(((((.(((.(((((((..(((.........)))...))))))).))).)))))((((..........))))((((((.....))))))((..((((((.(((.((....((..(((....)))..)))).))).))))))..)).))))))).)))))..(((((((.............))))))).((.(((.((((((((((((((............(((((..(((((((................)))))))..)))))...((((((.((..((.(((((........))))))).)).))))))..((((((((((..((((((((((....(((..((((((((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((.((((.(((((((((((((.((.((((((.(((((((((((((((.(.((((((((((((((((((..(((((((..(((.(((((((((..(((((((((((((.(((.(((((.((.((((((((((((((.(((((((...(((((((((....(((((((.(((..(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.(((((((...((.......(((((....(((((((.(((.(((((...((((((((..(((((((((((((((((((.(((((((((((.((((..((((..((((((((((((((((((((((((((.....((......))...((((.(((((....))))).))))((((((((......)))))))).........((.(((((((((..(((....))).)))))))))))((((........))))..(((((..((((....)).)))))))((.(((((((......((((..(((((((..((((((((((((((((.(((................(((.(((((((((.(((..(((((((((((((((.......))))......)))))))...))))....))).))))..))))).)))..(((((((((((.(((((((((......))))...))))))))).).))))))(((((......)))))..))).)))))...))))).(((((.....)))..)).((((((((((((((((((......))))).....(((((....)))))...((.(((((((...)))))))..)).....(((((((.((((((.(((((((.((......((((.(((((((.((((((((((......))))..(((((((.(((((.(((((((((....)))))).)))...)))))...(((....)))((((((((((((((((.................)))))............(((((.....))))).......)))))))))))......)))))))...((((((.((..(((......)))..))))))))(((((..((.((...(((((((((...............)))))))))....)).))..)))))..))))))..)).))).)).)))).....))))))))).)))))).)))))))(((((....))))))))))))))))))...))))))..)))))))..).)))))))))).)).....((((.((((((......)))))).))))..((.(((((......))))).))(((((((........)))).))).)))))))))))))))).((.(((..((..(((((((((..((..((((.....))))..))..))))).))))..))..)))..))))))))))))..)))).))))..))))))))))).)))))))))))))))))))..))))))))...))))))))..)))))))...))))).....))))))))).).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))..))).)))))))..)))))))))...))))))).)))))))))))))).)).))))).))).)))))))))))))))))))))).)))..)))))))..)))))))))))))))))).).))))))))))))))).)))))).)).))))))))))))).)))).)))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))))))))))))))).....)))....))))))))))..............(((((((((....)))))))))........................))))))..))))))))).))...))))))).))))).(((((((((....))))))))).(((((......)))))......)))))))))..))))))))).)).))))))))))))))))))))))))).)).)))))))))..)))..).))......))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.......)((((.,....((.(..(((......(((((((((.((.(((,...{(((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((((.......................,{(((({((((({({{(((((((({.,....{((((((((((((..{{,...,}}..))))))).)))))|((((,,.(({{....}))}.}},.}))),,.}}}})).......,}))}))))))))}..}}}}}}.,,,{{{,,,,,......{{....,},}.,...........((......))......,,,,.,,.....}},.((((((((((((..{((((.(((.(((((((..({{.........))}...))))))).))).))))}((((..........)))){(((((.....)))))|((..((((((.(((.((....((..(((....)))..)))).))).))))))..)),)))))))}}))))..(((((((.............))))))).{{.(((.((((((({((((((............,{{{{..(((((((................)))))))..}}}},...((((((.((..((.(((((........))))))).)).))))))..,{{{((((((..((((((((((...,(((,.((((((((((((((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((.((((.(((((((((((((.((.((((((.(((((((((((((((.(.((((((((((((((((((.,(((((((..(((.(((((({{{{((((((((((((((.(((.(((((.((.((((((((((((((.(((((((.,.(((((((((....(((((((.(((..(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.(((((((...((.....,{((({,....(((((((.(((.(((({...((((((((..(((((((((((((((((((.(((((((((((.((((..((({..((((((((((((((((((((((((((.....{,...,..||{{{((((,(((((.,,.}}}}}.}}}}((((((((......))))))))..,......((.(((((((((..(((....))).))))))))))),{||,,......,,}},.(((((..{(({,...,,.,}}}}},{{.{((((((,.,,,,{{{{..({{{{{|,,||{{{{||||||||||,||||,...,,{{||,{{{.(((.(((((((((.{((,{({,,{{{{(({{{,{|||.,.((({...,,..,,},},,.)))),,..},))).))))..))))).})),,(((((((((((.(((({.,{((,....}}}).}}))))))))).).)))))){((((.,,,.,|||||{||||,|||||,,.,}}},.,,{{{.,,,,))}.|}},{((((((((((({,........,{||,..,}||.{(({{....)))))...{{.(((((({...}))))))..)).....{{(((((.((((((.(((((((,((,((.{.,{(({{(({({{.((((((((((......))))..{{(((((.(((((.(((((((((....))))))}}))...))))),,,|{{....}}|((((((((((((((((.................))))}............,((((.....})))},....}}))))))))))),.....}|}||))...({(((((((..{{{..,,,,))),,)))))}))|||||.,||,|,...(((((((((,..............)))))))))...,||,}}.,)))}}..))))))..}}.})}}}),},)},},..))))))))).)))))).))))))|(((((....))))))))))))))))}},,|})}})),,)))))))..),)))))))))}.}|,....{{{{.((((((......)))))).))))..|{.(((((......))))).},,,{{{||,}.,,,}.)))),))),)))))))))))))))).((.(((..{{..(((((((((..((..((((.....))))..))..))))).))))..}}..)))..))})))))))))..}))).))))..))))))))))).)))))))))))))))))))..))))))))...})))))))..)))))))...)))))...,.),))))))).).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))..))).)))))))..))))))))).,.))))))).)))))))))))))).)).))))).))).)))))))))))))))))))))).)))..))))))).,)))))))))))))))))).).))))))))))))))).)))))).)).))))))))))))).)))).)))))))))))))))).)).)))))))))))))))))))))))))))))))).,,..}),,,.,}))))))))},.............{((((((((,...,)))))))),.......................))))))..}))}))))),)}...))))))).))))).(((((((((....))))))))).(((({.,,...,)))).}))}.)))))))))}..)))))))).)).))))))))))))))))))))))))).)).)))))))))..)))..}.))....,.))))
Back