Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DENND2A_0004300

Sequence Length

531 nt

GC Content

0.5311

UCAUUGUCCAAACCUGCUUUUUUCCGACAAAAUUCAGAGAGGAGGAACUUCAAGCUGCUGGACACUAGGAAGCUGAGUCGGGAUGGAACUGGGUCCCCUUCCAAAAUCAGCCCUCCCUCCACUCCCAGCAGCCCUGAUGACAUUUUCUUUAACCUUGGAGACCCACAGAACGGCAGGAAGAAGAGAAAGAUACCCAAGCUGGUGUUGCGAAUCAACGCCAUUUAUGAGGUCCGGAGAGGAAAGAAACGGGUGAAGAGGCUGUCCCAGUCAAUGGAGAGCAACUCAGGAAAAGUGACAGAUGAGAACAGUGAGUCUGACAGUGACACAGAGGAGAAGCUGAAAGCUCACAGCCAGCGCCUGGUCAACGUGAAGUCCCGGCUGAAGCAGGCGCCUCGGUACCCAUCACUUGCCCGGGAACUCAUCGAGUACCAGGAGAGGCAGCUCUUCGAGUACUUUGUGGUUGUGUCUUUGCACAAGAAGCAGGCCGGGGCUGCCUACGUGCCAGAACUCACCCAACAGUUCCCUCUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-164.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -175.35

Frequency: 0.0000

Diversity: 122.91

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((...(((((.((((((((........((((.((((.....))))..((((((((......(((.(((((....(((.(((......)))...)))....)))))..)))........)))))))).)))).....((((((((..((((((....))).........)))..))))))))....(((((...((((((((.....))))))))....)).))).......)))))))).)))))...((((((.(((........))).)))..))).........(((..((.......))..))).))))))))(.((((((.(((((((...(((...)))))))..(((((..(((((.((((((((((...((.((..(((.((((.........)))).)))..))(((.((((((..((((((....))))))..)))))).))).((((((....))))))...)).))))))))))...))))))))))..............)))))))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((...(((((.((((((((,.......,|,{{(((({,...|,{{{.((((((((.....,(({.(((((....(((.((,......},)}..)))....)))))..}}),,......))))))))..})}.,...||||||||..,(((,(.{{{{||..,,..{{{,||..}},}},,..,,,{{{,..,.{|||||{{.....)}})))),,}}.)).))))).}}}.)))))))).)))))...(,,(((.(((........))).)))..})},........{,{..{{........}..))),))))))))(.((((((.({,((((...(({...}))})))..(((({..(((((.((((((((((...((.{{.,((({(((,.........})}),))).,||(((.((((((..((((((....))))))..)))))).)))}|(((((....)))))}...)).))))))))))...}))))))))).,,,........}))))))))))..)