Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_DENND2A_0006200
Sequence Length
2404 nt
GC Content
0.4933
GUAGCUGGGACUACAGCCUCCCGAGUAGCUGGGCCAUCACCAUGGCCGGCUAAUUUUUUGUAUUUUUUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCAUGAUCUACCCGCCUCAGCCUCCCAAAGUGUUGAGAUUACAGGCGUGAGCCACCAUGCCCAGCCUUAAUAUAUCUUAAAAACAUCUCCCCAACUAGAUUAUAAAUUCCUCAAGGUCAAAAGGUUUAUAUUCUAAACCUAAGUUAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAUGUAUAUAUUCUAUUUCUUUGGUUUUCCUGGAAGGCCUAACAGUUCUACAAUAUUUAGUGGAAGAAAUUAAGGAAGGCCAAGUACCAGCUGCAAAGGUCAACUUAAAUCUCAUGGCAAGGCUCUGUUUCCAGCCUAGGAAAAGCAGUGGUCUUCCUGUCCCAGCCCCACAGGGUCAGCAUCGCUGGCAGGUGGGGCUGUCUCCACCUGAAGCCUGUCUCCUGUGCUUGAUGGCCAUAAAGGGAUGCUGCCUGCCACCAGGCUUCUGGAAGAGGUGAGGGAACAACCUAUCCCAAAGGAUGGAUCUUACAGACCCAGAUAAAUUGCUACAAUACUUGCCUGCACCAGUUAACUGUCAUUUCUCUUCUCAUAUGGAAAAGGGUGUCAUCAAGAAUAAUCCAUGGCAACUGACAAUUAGCAAAUGCUCUCUGCUUGCCUUGGAAAUGUGUUGUUGGUGUUUUCAUUGGAAUAGGGAUGUCUUCAACAUUUAGGAAAUCCUUCAUUUCCCAUGGCAGAGAAGCCUGACUUAGAAGAAGAAAGCAAGCUGUCACACCUGGUCUGUCCCCUCUGGGUCCUACCUGGCUCCCCACUUCAUGCGGGGAGUGAACUGCCUCACCCCUGAGGAACAAUGAAAAACAUCUGCCCAGGCCAAGCGCGGUGGCUCCUGCCUGUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCGGGUGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGUGUGGUGGCGGGUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCAGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCUGGGGGGCAGAGGUUGCAGUAAGCCAAGAUCAUGCCACUUCACUCCAGCCUGGGUAAAAGAGUGAAACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAACAUCUGCCCAAGGCAGCUCUGCAUUCAGGGCAGAACGCUCCUCCCUGAUACCAGGAAAUAAAGGCUUACCAACCCUUUUCUUCUUGUCACUGCUGGGCUGGAGAAAACCUAGAGCCUCUGCCACCAAAGCAGCUAAGCCCAGUAGGUGAGAAUGUCAACAAGAACUUAACGUCCAGCUGUAUCUGUAUCUGUAGCUGUCCUGAACAAAGAGAAUCCAGUUGUCCAGAGCACGUGUCUGAUUGCCACGGAUCCUUGCAAGCCCUCAGCGGGACACGGUGUCCGUGCUCAUUAUUCUGCUCAUCCACAUCUGGGUGUCUGCUGUGUGCCCUGUUCUAGGGGACAGCUGGAGACUUCACCACUUCCUCCAUUAGCUCAUCAAAUAUUCAUGGAGUAUCUACCGCAUCUGGGCUGCAUCUGGGACCCUAAAGCUUGCAGGAGCAGUCCCUCCAUGUGACCUCCCCCACCAGCUGCGGAGAGAUCCUCAGCCAUCUUUGGGAUGUUCAUUUCAUUAGGCCACAGCUAGUUAUUCGGGUCACUAGAAUUUCCAUUCGAGAGGGAAGGGCCUGUUGGAUAGGCUCUCCUCAGAAAGGACCAAUGUGUAGCUGCGGGCAGAUGCUGCUGCUGCUGAACGCAAACUGCAAGCUCCUGAAAGGGACUGUUUUCUUUUCUUGCUACGCAUCACCCACCGUUUCUUUUCUUUUCUUUUGAGACAGAAUCUUGCUCUGUCAGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCUCGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCUGGGUUCAAGUGAUUCUCAUGCCCCACCCUCUGACUAGCUGAGAUUACAGGCACAGGCCACUGUGCCGGCUAAUUUUUUGGGUAUUUUUAGUAAAGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUUUCGAACUCCUGACCUCAAGUGAUCCACCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUAAGCCACCGCACCUGGCCUAUACUUUUGAAUAUAUGUUCUUUUUAAAAAUAACAAGCUGGGUGGCCGGGCACAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGAUCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUGCAAAAAUUAGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1130.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1169.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 393.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((........)))).))).))(.((((((....))))))(((((((((((.(((((((.....((((((((((((((((((((((((((.((((((.(((((((((.((((((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((..(((((.(((.............................((((.((((((..(((..........))))))))).)))).(((((.(((...........((((((((.....(((((((((.........(((((((...)))))))...((((((.......(((((((((.((.....(((((((((........(((((....((((............)))).(((((........))))).......))))))))))))))....(((((((((...((((((...))))))..))))))))))))))).)))))((((.(.(((...(((((.((((.....(((.......))))))).)))))....)))).))))(((((......((((((....)))))).....(((((((..((((..(((((......(((..((((..(((....)))......(((((.((.....)).)))))...((((((.((((.((((.(((((..(.((...(((....)))...)))))))).))))....)))).))))))....(((.((((.((((((.((((........)))).))))))...)))).)))))))..))).((........)).....)))))..))))......))))))).))))).((((...)))).(((((((.(.....).)))))))))))))(((((....))))).....................((((((.(.(((((((((..((((((((((((((((((((((((((((..(((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((..((((((((((((.((((((.((((.(((..(.((((.(((((((((((((((((((((((..(((((((((((.((((((((((..((((((.(((((((((((((.(...(((((((...((((((((((((.((((....(((((((((...((((((.(((((((((((.((.......))))))))...((((((..(((((.........)))))..))))))(((((((((((((((......))........((((.......))))...))))))))).))))......................((.((.((.(((((......((((((((((((.....(((..(((((((((((...(((.(.(((((.......))))).).)))..((.(.(((((((((((((...))))).))...........((((((....)))))).)))))).).))((((...)))))))))))))))..))).........((((((.................)))))).......(((((..(((((((.((((.((.(.....).)).)))).)))))))....)))))((.((((......((((.(((....))).)))).......)))).))........)))))..)))))))......))))))))).))...(((.(((..((((..(((((((((...))))))))))))).))).)))...))))).)))))))))))))))..((....)).(((((.....(((.(((....((((((((.....))))))))..)))..)))........)))))......)))).))))))))))))...)))))))...).))))))))))))).))))))..)))))))))).)))))))))))..))))))))))))))))))))))).)))).)..))))))).)))))).))))))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))))))))).)))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))).)))..))))))))))))))))))))))))))))..))))))))).).))))))........)))))))))))))))))..........))))))))))).)))))..))))))))).))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))..)))))))))))).))))))))).)))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(.(((((((........)))),,,}.,|{.((((((....))))))(((((((((((((((({,....{(((((((((((((((((((((((((((.((((((.(((((((((.((((((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((..(((((.(((..........|.......,,,,........)))},,,...(((((({,((.....(((((((.....)))))))..........{(({((({{,{{{,...........)))).)))))))(((((((...)))))))......((((((........)))))).......((((((((({.......{((((..{{((........,,},...})}..||||{{{({(((......))),..))))))))))))))....(((((((((...((((((...))))))..))))))))){{(({{,,.((((((((,,{({{{,(((....))|,},..,|}}}.{{.....))...))))))))})),,))(((((((.{.....((((((....)))))).....{(((((({(({,,..,(((,.,,...,,||..,|,,.{{{,,..,||,,.{(((((((((...,{{{{{{.,,,...((((((.((((.((((.(((((..(.{{...(((....)))...})}))))).))))....)))).)))))),,}}}||.((((,((((((.((((........)))).)))))).,,)))){|,|{{,,....)})}}.,..}}})),,)}})))))},))},....,}))))))}.||,,},)))},.....{.(((((((.(.....).))))))).)..).)))))))))))))))}..,,{.....,,,..((((((((((.(.(((((((((..((((((((((((((((((((((((((((..(((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((.(((((((((((((((((((((((.((({{((((((..((((((((((((.((((((.((((((((..(.((((.(((((((((((((((((((((((..(((((((((((.((((((((((..((((((.(((((((((((((.{...(((((((...((((((((((((.((({,{{.(((((((((...((((((.{((((((((((.{(,....,},,)))))}...((((((..(((((.,.....,.)))))..)))))){((((((((((((((......}}...,,,..((((.......))))}}.)))))))))}}))}....,{,.....,........{{{{((.(({{{{{{..{{{.(((((((((((({{{.{(({,{(((((.(((...(((((.{.{..(((..(,{((((((((.(({..{(,,...}}}}).)}.)).))))))))}}).,}..,)))))....))).)))))).))){{,,,,,}|{{||,,,,}}))))))))}||}|,............{{|{{{.,...............|}})))........|||.,,||||{{{.((((,(({{,...,|,|},|}||,|}}},}}))))}}||({(,((((......((((.(((....))).)))).......)))).),,,,.....,,}))..)))))}),,,.,.}))))),))})}...(((.(((..((((,.{((((((((...))))))))))))).))).)))...))))}.)))))))))))))))..((,{,{{{.....))}...,||,(((....((((((((.....))))))))..))}..}}}.........,,....}}}.)))).)))))))))))).,.)))))))...}.))))))))))))).))))))..)))))))))).)))))))))))..))))))))))))))))))))))).)))).)..))))))).)))))).))))))))))))..))))))}}))))))))))))))...)))))))))))).)))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))).)))..))))))))))))))))))))))))))))..))))))))).).)))))}....,{{{(((.....,,,...}}}}}}}..,......}))))))).)))))..))))))))).))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))..)))))))))))).))))))))).)))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)
Back