Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_DENND4C_0005200
Sequence Length
1684 nt
GC Content
0.3996
AGUUCUAUAUGAAGGGAAAGAACGGCUUAUUCCAGGAUGUGAAGUGAUCCUAGCCACACCCUAUGGUCGCUGUGCCAAUGUCAACAAUAGUUCAACUACUUCACAAAGAAUCUUUAUCACUUAUCGAAGGGCUCCUCCAGUUCGACCCCAGAAUUCCUUGGCUGUAACUGAUAUCUGUGUUAUUGUAACCAGUAAAGGAGAAACUCCUCCUCAUACCUUCUGCAAAGUUGACAAAAACUUAAAUUGUGGAAUGUGGGGUUCCAGCGUGUUUCUGUGUUAUAAGAAGUCUGUACCUGCUUCAAAUGCAAUAGCAUAUAAGGCUGGUUUAAUUUUUAGAUAUCCAGAAGAGGACUAUGAGUCAUUUCCACUCUCAGAAUCAGAUGUACCUCUUUUCUGCCUUCCUAUGGGAGCUACUAUUGAGUGCUGGGAUCCUGAAACCAAAUAUCCACUUCCAGUUUUUUCAACUUUUGUCUUGACAGGUUCUUCAGCCAAAAAGGUAUAUGGAGCUGCCAUUCAGUUUUAUGAACCUUACUCUCGGGAACUUCUAUCAGAGAAACAGCUUAUGCACCUGGGCUUGUUGACGCCUGUGGAGAGAAAAAUGGUCUCCAAAUCCAUCAAUACAAACAAAUGCAUUUGUUUACUCUCACACUGGCCUUUUUUUGAAGCUUUUAGGAAAUUUCUUAUGUUUAUCUACAAACUUUCUGUGUCUGGACCACAUCCUCUUCCCAUUGAAAAGCACAUUUCACAUUUUAUGCAAAACAUCCCUUUUCCUUCACCACAAAGACCGAGAAUCCUUGUCCAGCUGUCAGUCCAUGAUGCAUUAAUAUUAUCACAGCCAGUUUCUACACCUUUACCACUAAGUGGAGCCAACUUUAGCACCUUGCUAAUGAAUCUGGGUCCUGAGAAUUGUGCAACACUGCUGCUCUUUGUUUUACUUGAGAGUAAAAUUCUGCUGCAUUCUCUUAGGCCAGCUGUCUUGACUGGGGUAGCUGAAGCUGUUGUAGCUAUGAUCUUUCCAUUUCAGUGGCAAUGCCCAUAUAUUCCCCUUUGUCCUCUUUCACUGGCUGCAGUGCUUAGUGCACCUUUACCAUUUAUAGUUGGAGUUGACUCAAGGUAUUUUGAUCUUCAUGACCCACCACAAGAUGUUGUUUGCAUUGACUUGGAUACGAACAUGUUAUAUGUAUCAGAUGAAAAGAAGAACAUGAACUGGAAGCAACUUCCCAAAAAGCCGUGCAAAAAUCUACUUAGCACCUUAAAGAAAUUGUAUCCCCAGCUGUCUUCAGUUCACCAAAAAACUCAAGAAGGCUCAGCGAUUGACAUGACUCCAAUUGAAGCAGAUUUCUCCUGGCAAAAGAAGAUGACACAGCUUGAGAUGGAAAUUCAAGAGGCAUUUUUGCGCUUUAUGGCGUCUAUUUUAAAAGGAUAUAGAACAUAUCUCAGACCAAUCACAGAGGCUCCUUCAAAUAAAGCCACAGCUGCUGAUUCAUUGUUUGACCGACAGGGAUUUUUAAAAAGUCGAGAUCGUGCCUAUGCAAAAUUCUAUACCCUUUUAUCCAAAACACAGAUUUUUAUUCGUUUCAUUGAAGAAUGCAGUUUUGUAAGUGAUAAAGAUACUGGAUUAGCAUUUUUUGAUGACUGCAUAGAAAAGUUGUUUCCUGAUAAAGGCACAGAGAAAACAGAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-405.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -439.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 479.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((...(((((.....((((((((......(((((........)))))))))........((((......))))............)))).....)))))...))))).((((((.....(((((.((.....))..)))))............(((((((.....((.((((((.((((((....))))))(((((......)))))..........((((((((((.(((((((......(((((.((((((((((((((...((((((.(.(((.((((((.((.(((.((((...((((....))))...)))).))).))))))))..))).)))))))..((((...)))).......(((((((((.((((...........))))..)))...))))))..(((....))))))))))))))........))))))))....)))))))))))).)))))....))))))))..))))))).(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..((((.(...(((.((((((.(((((((((((((((.((((..(((..((((((.((((((((....((((.........))))......(((((((....))))))).))))).))).(((.(((((..(((((((((((...(((((((...(((((((((((((.(((.(((((((((.....))).........(((((......)))))......((((((((((((.............((..((((.(((((..((((((((((((((.(((....(.((((((((...(((..((((((((.............((((((((((((((((...((((((...))))))......)))(.(((((((...(((((.((....(((((((..........)))))))......)).)))))..))))))))((((((((((....)))))))))).(((((...))))).......)))))))).)))))(((.................))).........))))))))..))).)))))))).)......))).))))))))).......)))))..))))).))))..))...........)))))..)))))))......)))))))))...)))...)))...)))))))...))))).))...))))))))...)))..))))))))((((((((((.......((..(((...(((.((.((((.(.((((((((((((((........))))...))))(((...((((((.........)))))).))).....(((.((......)).)))....)))))).).)))).)).))))))..)))))))))))).....)))))).....(((((((.(((((((......((((((.((((((((.((((...........))))....))).)))))....))))))((....))((((((.........)))))).(((....)))...))))))).)))))))..)))..).))).............(((((((((((((((((((.(((..(.....)..))).))))).)))))))))))))).))))))....))))))))))))))))))...).)))).....))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((...,........}))))..(({{{{..(((((........))))),||||...,,..}))|{.(((((((..(((({....,{{{....,,}}},,....||,{(((((((((((({{{((({{({....,|{{{|||,.,({({......||||,||.}}}}|,.(((((({((((((....)))}}.(((((....,,))}}}..,{..,,,,((((((((((.{((((((......((((||{|{((((((((((({,.{(((({,(,({{.((((({.{{.(((.((((...((((....))))...)))).)))...,}}}}}..}}}.,}||||{{((((..{({,{|.......,,,.,{||,,}|,,.}}.}}))).})}}}.{{{{{...))))},..,....,|}}))))))))))},.......,},)))))....))))))))))))}|||}|,,,,||||||||..|||||,,.(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..{{{,,||,.,||.{.||||}||{{{((({{{.||..,||}}}||},,{{,(((.{(((((({.,..((((.........))))......(((((({....})))))).})))).}}}.|||,{(({{..({{(({{{(((,..,,{((({...(((((({{{|,{{.,{{{((((,{(((.....}}},,,......{((({......})))},,..,.((((((((((((.............{{..((((.(((((..((((((((((((((.(((....(.((((((((...({{..((((((((.............(((((((((((({{({.,.((((((...}))))).|....}}|{.(((((((...(((((.((.,..(((((((.,,...,,..)))))))......)).)))))..)))))))}(((((({(({....}))))))))).(((({...})))).......,))))))).))))).,,.,.......,........}}.........))))))))..))).)))))))).,......})}.))))))))).......)))))..))))).))))..))...........)))))}.,)))))).}}..,}|||||||,,,,|||...})).,,})))))}...})))).}),..)))))))}..,)))..}}}}}}}}((((,{,.......,,.}}}},,,...|,,.||}||||,,.((((,((((,((((........)))).}})),)))|...{(((((.......,.}))))).,}|,|,}}|||.{|},,...)),}}}.,,,}).))),}}}|}}||..,}}}}||||||,,,,}}}|)|,,..)))))).,...(((((((.(((((((......((((((.((((((((.((((...........))))....))).))))}....))))))((....))((((({...,}})))}}}}},,{((....))}...))))))).)))))))..}}.,)))))))}.....,{{,..,,,.||||||||||,,}}},))))))))))))))).),(({.,{{{|{((({|,|{{....))),})))))))))}))))))))..))))))).)}.....))))))
Back