Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DENND4C_0008700

Sequence Length

1961 nt

GC Content

0.3947

GUUUAAUUUUUAGAUAUCCAGAAGAGGACUAUGAGUCAUUUCCACUCUCAGAAUCAGAUGUACCUCUUUUCUGCCUUCCUAUGGGAGCUACUAUUGAGUGCUGGGAUCCUGAAACCAAAUAUCCACUUCCAGUUUUUUCAACUUUUGUCUUGACAGGUUCUUCAGCCAAAAAGGUAUAUGGAGCUGCCAUUCAGUUUUAUGAACCUUACUCUCGGGAACUUCUAUCAGAGAAACAGCUUAUGCACCUGGGCUUGUUGACGCCUGUGGAGAGAAAAAUGGUCUCCAAAUCCAUCAAUACAAACAAAUGCAUUUGUUUACUCUCACACUGGCCUUUUUUUGAAGCUUUUAGGAAAUUUCUUAUGUUUAUCUACAAACUUUCUGUGUCUGGACCACAUCCUCUUCCCAUUGAAAAGCACAUUUCACAUUUUAUGCAAAACAUCCCUUUUCCUUCACCACAAAGACCGAGAAUCCUUGUCCAGCUGUCAGUCCAUGAUGCAUUAAUAUUAUCACAGCCAGUUUCUACACCUUUACCACUAAGUGGAGCCAACUUUAGCACCUUGCUAAUGAAUCUGGGUCCUGAGAAUUGUGCAACACUGCUGCUCUUUGUUUUACUUGAGAGUAAAAUUCUGCUGCAUUCUCUUAGGCCAGCUGUCUUGACUGGGGUAGCUGAAGCUGUUGUAGCUAUGAUCUUUCCAUUUCAGUGGCAAUGCCCAUAUAUUCCCCUUUGUCCUCUUUCACUGGCUGCAGUGCUUAGUGCACCUUUACCAUUUAUAGUUGGAGUUGACUCAAGGUAUUUUGAUCUUCAUGACCCACCACAAGAUGUUGUUUGCAUUGACUUGGAUACGAACAUGUUAUAUGUAUCAGAUGAAAAGAAGAACAUGAACUGGAAGCAACUUCCCAAAAAGCCGUGCAAAAAUCUACUUAGCACCUUAAAGAAAUUGUAUCCCCAGCUGUCUUCAGUUCACCAAAAAACUCAAGAAGGCUCAGCGAUUGACAUGACUCCAAUUGAAGCAGAUUUCUCCUGGCAAAAGAAGAUGACACAGCUUGAGAUGGAAAUUCAAGAGGCAUUUUUGCGCUUUAUGGCGUCUAUUUUAAAAGGAUAUAGAACAUAUCUCAGACCAAUCACAGAGGCUCCUUCAAAUAAAGCCACAGCUGCUGAUUCAUUGUUUGACCGACAGGGAUUUUUAAAAAGUCGAGAUCGUGCCUAUGCAAAAUUCUAUACCCUUUUAUCCAAAACACAGAUUUUUAUUCGUUUCAUUGAAGAAUGCAGUUUUGUAAGUGAUAAAGAUACUGGAUUAGCAUUUUUUGAUGACUGCAUAGAAAAGUUGUUUCCUGAUAAAGGCACAGAGAAAACAGAUAAGGUUGAUUUUGAUUCAGCAGAAGAUACCAGAUUGAUAGAACUAGAUGAUUCACAGAAAAGUGAGCAUACUGUAUUUAUAAUGCCGCCAGAGCCACCUCCUGAUGAUGGAAAGGACCUGUCACCAAAGUACAGUUACAAAUACUUUCCAAGACUGGACCUUAAGCUUUUUGACAGACCGCAGGAGUUGAAACUUUGUUUUAGUAGACACCCUACUGGGAAUAGCAUUACAAAGAGUCCACCUCUCAUGGCUAAGAGAACUAAACAGGAAAUAAAAACAGCUCAUAAAUUGGCGAAGAGAUGUUAUACAAAUCCACCACAGUGGGCCAAGUGUCUGUUUAGUCAUUGUUACAGUUUAUGGUUUAUUUGUCUUCCGGCCUAUGUUAGAGUUUCUCAUCCUAAAGUCAGAGCACUUCAGCAGGCAUAUGAUGUACUUAUUAAGAUGAGGAAAACAGAUGUGGAUCCCUUAGAUGAGGUGUGCUAUCGAGUAGUGAUGCAGCUUUGUGGACUUUGGGGUCAUCCUGUUUUAGCAGUGAGAGUCUUAUUUGAAAUGAAAACUGCUAGGAUAAAGCCUAAUGCUAUUACUUAUGGUUAUUAUAAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-464.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -503.81

Frequency: 0.0000

Diversity: 579.31

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...))))))...........((((((((((........(((((((((.((((...........))))..)))...))))))((((((..(((((((((((...((............)).)))))))...((((((((((((..((((((((((((...(((..(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..((((((((.....((((((.(((((((((((((((.((((..(((..((((((.((((((((....((((.........))))......(((((((....))))))).))))).))).(((.(((((..(((((((((((...(((((((...(((((((((((((.(((.(((((((((.....))).........(((((......)))))......((((((((((((.............((..((((.(((((..((((((((((((((.(((....(.((((((((...(((..((((((((.............((((((((((((((((...((((((...))))))......)))(.(((((((...(((((.((....(((((((..........)))))))......)).)))))..))))))))((((((((((....)))))))))).(((((...))))).......)))))))).)))))(((.................))).........))))))))..))).)))))))).)......))).))))))))).......)))))..))))).))))..))...........)))))..)))))))......)))))))))...)))...)))...)))))))...))))).))...))))))))...)))..))))))))((((((((((.......((..(((...(((.((.((((.(.((((((((((((((........))))...))))(((...((((((.........)))))).))).....(((.((......)).)))....)))))).).)))).)).))))))..)))))))))))).....)))))).....(((((((.(((((((......((((((.((((((((.((((...........))))....))).)))))....))))))((....))((((((.........)))))).(((....)))...))))))).)))))))..)))..).))).............(((((((((((((((((((.(((..(.....)..))).))))).)))))))))))))).))))))....)))))))))))))))..((((....(((.((((....(((...(((((......)))))...)))................(((.(((((......)))))))).)))).)))....))))((....))....)))))).))))).))))))))))))..........((((.(((..(((((((....))))....)))..))))))).....)))))))))))))))).....))))))...(((....)))((((((((((......((((...((((........))))...((((((((.........(((.(((((((((((((.((......((((...(((((....)))))....))))........)).))))..))))))))))))(((((((.((((.((((..(((.((((((((.((......)).)))).)))).)))))))...(((((....)))))......)))).)))))))..((((((..(((((((((.(((.((((.....))))))))))))))...))..)))))).))))))))(((((((.....((......)).......)))))))))))......))))))))))))))))))))...........

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((,....,}}}}}...{{(((((((((..(((,{{.............}}.}}}...)).))))),})}}},{({{{...)))||{,(({...,||}||{((((...{({...,,....||||,}}}}|||..,((((((((((((..((((((((((((...(({..(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..(((({({,.,((,((((((,(((((((({{(((((,,(({{{{(,,,((.({{.{(((((({....,{{{,,,,,,...})}),,,,,.,{{||{,,,,,)}))))}.})))).}}},|||.{{{.,,,{|||||,.{|||,....||||,,(({,....,,},,,..(((((((.((({....,{{{((({.....(((({......}}}}}...,,.((((((((((((.............{{..((((.(((((..((((((((((((((.(((....(.((((((((...({{..((((((((.............(((((((((((({{({.,.((((((...}))))).|....}}|{.(((((((...(((((.((.,..(((((((.,,...,,..)))))))......)).)))))..)))))))}(((((({(({....}))))))))).(((({...})))).......,))))))).))))).,,.,.......,........}}.........))))))))..))).)))))))).,......})}.))))))))).......)))))..))))).))))..))...........)))))}.,)))))).,,...((((((({.((((((...,.,.((....)).......))))))....(((((...)))))....,,{..((((.,........,,.)))),,,.......})))))))..((((.((((.((((........)))).)))).)))}...{(({((.......,.}))))),{||,{...|||.||,,....)),})),}...,.)}}|||||||||...}|}}||||{|....,||{||,,..))}}),,,,,,||{{{((,((({{{{.,,},,{{{{{{.|{{|{{||,|{{{..,,,,,,.,,))))....|||,|||}|,...}}}))}{(....))|{{{{,....,}|||||||||,,((,,..}},...||||}}}.}||||||||}},,|||}}}},,,,,,,..,..(((((((((((((((((((.(((..(.....)..))).))))).)))))))))))))).}))))),,,}})))))))}}})))))))}....}))),....,....|||,},|||||,.,,,,)))}}...}}}...,}}||||||.,{{(((.(((((......)))))))).))}|.|},,,.,}||{{,..|.}}....)))))}.},))).)))))))))))).....{,...{{{,.,,,..|||((((....))))....}}}..}}}})}}.,...)))))))))))))}||{{{{,{|||||.,.{{|.,.,)))|{{{((((((,..,{(({{({{{(({{,,,{(({{{||{,,{,{{{,((({,{,,,...{((.((((((((((({{.{{,,{,..{,((,..{((((....)))))....,))),}},,,.,)).))}}..}))))))))))},,}})}},))}}||,{{{||{{.,,,(((((((((.(({{(({{,,({{{,{,{..,,||...|}}|},,}}}.}}}.))))))))}..|,}}}}))}.|}|}}}}},}))}}|}|||,|||,..,.}))))))})}},,)))))))))}}||},,}})|(((((((((((.....((......)).......)))))))))))}.,}},}}}})))}},.|||||)}},,},,..}}}))