Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DENND4C_0009800

Sequence Length

1118 nt

GC Content

0.4007

GUUCUUCAGCCAAAAAGGUAUAUGGAGCUGCCAUUCAGUUUUAUGAACCUUACUCUCGGGAACUUCUAUCAGAGAAACAGCUUAUGCACCUGGGCUUGUUGACGCCUGUGGAGAGAAAAAUGGUCUCCAAAUCCAUCAAUACAAACAAAUGCAUUUGUUUACUCUCACACUGGCCUUUUUUUGAAGCUUUUAGGAAAUUUCUUAUGUUUAUCUACAAACUUUCUGUGUCUGGACCACAUCCUCUUCCCAUUGAAAAGCACAUUUCACAUUUUAUGCAAAACAUCCCUUUUCCUUCACCACAAAGACCGAGAAUCCUUGUCCAGCUGUCAGUCCAUGAUGCAUUAAUAUUAUCACAGCCAGUUUCUACACCUUUACCACUAAGUGGAGCCAACUUUAGCACCUUGCUAAUGAAUCUGGGUCCUGAGAAUUGUGCAACACUGCUGCUCUUUGUUUUACUUGAGAGUAAAAUUCUGCUGCAUUCUCUUAGGCCAGCUGUCUUGACUGGGGUAGCUGAAGCUGUUGUAGCUAUGAUCUUUCCAUUUCAGUGGCAAUGCCCAUAUAUUCCCCUUUGUCCUCUUUCACUGGCUGCAGUGCUUAGUGCACCUUUACCAUUUAUAGUUGGAGUUGACUCAAGGUAUUUUGAUCUUCAUGACCCACCACAAGAUGUUGUUUGCAUUGACUUGGAUACGAACAUGUUAUAUGUAUCAGAUGAAAAGAAGAACAUGAACUGGAAGCAACUUCCCAAAAAGCCGUGCAAAAAUCUACUUAGCACCUUAAAGAAAUUGUAUCCCCAGCUGUCUUCAGUUCACCAAAAAACUCAAGAAGGCUCAGCGAUUGACAUGACUCCAAUUGAAGCAGAUUUCUCCUGGCAAAAGAAGAUGACACAGCUUGAGAUGGAAAUUCAAGAGGCAUUUUUGCGCUUUAUGGCGUCUAUUUUAAAAGGAUAUAGAACAUAUCUCAGACCAAUCACAGAGGCUCCUUCAAAUAAAGCCACAGCUGCUGAUUCAUUGUUUGACCGACAGGGAUUUUUAAAAAGUCGAGAUCGUGCCUAUGCAAAAUUCUAUACCCUUUUAUCCAAAACACAGAUUUUUAUUCGUUUCAUUGAAGAAUGCAGUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-252.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -274.45

Frequency: 0.0000

Diversity: 247.20

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((.....(((((.((((((((((.....)))))))))).)))))..((((..((.......)).))))(((((((((......))))).))))((((((.((((((((....((((.........))))......(((((((....))))))).))))).))).(((.(((((..(((((((((((...(((((((...(((((((((((((.(((.(((((((((.....))).........(((((......)))))......((((((((((((.............((..((((.(((((..((((((((((((((.(((....(.((((((((...(((..((((((((.............((((((((((((((((...((((((...))))))......)))(.(((((((...(((((.((....(((((((..........)))))))......)).)))))..))))))))((((((((((....)))))))))).(((((...))))).......)))))))).)))))(((.................))).........))))))))..))).)))))))).)......))).))))))))).......)))))..))))).))))..))...........)))))..)))))))......)))))))))...)))...)))...)))))))...))))).))...))))))))...)))..))))))))((((((((((.......((..(((...(((.((.((((.(.((((((((((((((........))))...))))(((...((((((.........)))))).))).....(((.((......)).)))....)))))).).)))).)).))))))..)))))))))))).....)))))).....(((((((.(((((((......((((((.((((((((.((((...........))))....))).)))))....))))))((....))((((((.........)))))).(((....)))...))))))).)))))))............................)))))))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((({.....(((((.((((((((((.....)))))))))).))))).,((({.{(,...,},.,},)))}(((((((((......))))),})))(({(((.((((((((....((((.........))))......((((((,....})))))).))))).))).((|,(((({..(((((((((((...,,(((((...((((((({{{{{{.,{{,(((({{(((.....}}},,.......{((({......})))},,..,.((((((((((((.............{{..((((.(((((..((((((((((((((.(((....(.((((((((...({{..((((((((.............(((((((((((({{({.,.((((((...}))))).|....}}|{.(((((((...(((((.((.,..(((((((.,,...,,..)))))))......)).)))))..)))))))}(((((({(({....}))))))))).(((({...})))).......,))))))).))))).,,.,.......,........}}.........))))))))..))).)))))))).,......})}.))))))))).......)))))..))))).))))..))...........)))))}.,)))))).}}..,)|||||||,,,,||}...})),,,}))))))...))))).})...)))))))}..,)))..})))})))(((({({,{{....,..||,}{{{...{{{.{{,{{{{.,.(((({((((,((((........)))).}})),)|||...{(((((.......,.}))))),|||.,..,{{{.{{......)).)))....,}}))),},))))})}.}))}})}})}}}}}})})|),....)))))).....(((((((.(((((((......((((((.((((((((.((((...........))))....))).))))}....))))))((....))((((({...,}})))}}}}},,{((....))}...))))))).)))))))......|,,,.|{.......,.}}}}..})))))))),......,