Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DENND4C_0017700

Sequence Length

1430 nt

GC Content

0.3189

GUAAAAGUUUGUACUUAUACUAGUGUUUAGAAAAAAAAGUUUGCCUUACCUGUGUAAUUAUCAUUGUUAUUGUUAGUCUAGAGUGAUAUAAGGAAAACAGAGUAGGGUUGUGUAUGUGUGUGUAUGUGUUACCGAUUCUGGGCUGAAUAUAUGAAUAAAAUUCUUUGUGGUUUCAAGUUUCUACCACAUAUAGCCAAUUUUUCUAUUCUUUAUUCAUUGAUCCAUUGAUUGAAACAGCAUCUCAUUCUGUUACCCAGGCUAGGGUGCAGUGGCAUGAUCAUAGCUCAUUGCAACUUUGAACUUCUUGCCUGAAGUGAUUUUACCACCUUAGCCUUCUGAGUAGCUGGGACUACAGGCAUGUGCUACGCCCAGCUAGUUUUUUUAAUUUUUGGUAGAGAUGAGGUCUCACUGUAUUGCCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGGGCUCAAGUGAUCCUCCCGCCUUGGCCUCCCAAAUCCUUGGGAUUGCAGGAUGAGCCGCCAUGCCCAGCCAGUAAAUUUUCUCUUUAAAUCUCACUUUCGUUUUACAACUAUUGAGUUGUAAAACUAAGAACAUUUUCUUGAGCCUUGUGAGUUUAUAUUUUUUUAAUUUAAAUGAAUAAGAUUUAGUUUAAGAUUUAGGUUUUUUAAUUAAAAAAUGUUUAGUUUUAUGGGUAAUAGAAGUUCUAUGUUCUUUUGUUUUAAUGUCUUUCCAGAUUCUUUUGCCUAAUAUGUUUCUUUUGUUCUAAUGGAGGGUGGAAAUACGUUAAAUUUUAAAGCUUUACCCACCCAUCCUAAGGAAGUUAAAAUUGAUUCUUGACUUAGUUAUAAUUUUUCCUAACUUUUAAUAUAAUUCUUAUUUUUGCUAAGUAGAUCUUGGGGCCAAUUGUUUAUGCAAACUGUAUAUUAUAUAACAUUUGAGAUUGUAUCCAAAAAAAGUUGAAUAUUAUGACAUUAAUUUUUAUGGCCCCCUCAUGAUUCAUAUGCCUUAGAAGAUUUAAAUAAUUUUCUCCUAUCAGUGUGAUCCAAAAUUCCAGGGAUAUAAUUAAAACUAUUCAACAUUUUUGUUUAUUUACAAAAUUGAUAUUCCAGUAUCUUCCAGUUAUAUGAGAAGUUUAAUGUCAAUCACUAAUAAAGGGGCUUAAUAAUAAUGAAAUUUUUUAUUUGAGAAGCCAGAUAACCUUGUGAUUGGUCAUCUUUUGUCUUAAGGUUUACAAAACAACUAAUCAAAAUAGUUUUCUAUCCUAAUAGCCACAAGUAAAAAAUUAUGCUUUAGCCUAAGAGUAUGUAUUCAGCCUAAAAAUAUACUGUGCAUGUUUUGUAUCAGCUGGUACUGAAAAGGGGUAGUUUUUUUCUAAAUCAGAAUGUAAGAUAAAAAUGUCUAUUAAAUUCAUAGUGGACAUUUUCAUUAAGAAUCUGUUUUCUUUUUUUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-333.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -360.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 462.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((((....)))).)))(((.(((((((((((((...(((((((......(((((.......)))))..(((((((((..((((((((((....((.((((((((((.(((...............)))))))))((((((((((((((((((((((.....((((((...........))))))......((((...((...............))...))))(((((((((((((....(((((((((((((((((((((((((((((.........)).))))))........(((((......)))))...(((((((............((.((((((((......(((....)))...)))))))).))...........)))))))...((((..(((((.....(((((((..(((.....))))))))))...))))).))))..)))))))))((((((....))))))((((.((.((.((......)).)).)).))))........................(((((((((((....))))))))))).((((((....(((((((((((((..(((((.(((.....))).)))))..))))).....)))))))).....)))))).(((((((.....)))))))...)))))))))))).....)))).....)))))))))((((....))))....................))))))))....(((((((((..........................)))))).)))..(((((((((.((((((........)))))).))))..))))).(((((((...(((..(.((((((((((..(((((((((((((((((.((((((((((...))))))......)))).))).((((((((((........(((...((((((((((........)))......)))))))((((((.....((((((((.....)))))))).......))))))..)))........))))))))))............((.((((((......)))))).))............((((((......)).))))....(((((((((((.........(((((......((((((....))))))....)))))..........)))))))).))).....)))))))))))))).....(((((.......)))))..((((....)))).....))))))))..)).)..)))...)))))))))))))))))))))......)))).))....)))))))))).)))).)))))...))))))))))))))))))))..........(((.(((((((((((((......))))))))))))).)))(((((......))))).....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.((((....)))).)))(((.(((((((((((((...{{((((({{{{,{.....,,{(((({{{{{{,..{{{{{|{|||||||{{{{{,..|||,.||||||{((.(((((.(((.{,{,,,,.|,,|{{{{.((((((((((({{,((((((({{,{,.((((((...........))))))...}}..|}}}}...,}}}},,}}}}}}..|,||||,,|||||{|||{{|||,{{{(((((({{{{{((((((((((((((((((.........)).))))))........(((((......)))))..,(((((((.,,,,,......((.((((((((..,,,,{{{...,)}}...)))))))).))...........)))))))}..((((..(((((.....(((((((..({,.....,),)))))))...))))).))))..})))))))){(((((....)))))}.,||}||}||}||,}},}})).))})).,},....,..,,,,,}.,..}}}},,..(((((((((((....))))))))))),(((((,...,|||||{{((((({,,(((({.{{{.....}}}.}))}},,|||||,.,,,}}||||||.,,,,|}}|||,{{{{{{|,||,.||||||||,,|||||||}||||.....}}}}..,,,}}}||||||{{.,,,,,|||||{|.|||...,,,,.,.......,}}|,,...|||((((((,,,.,,||||,....,,,,}...,..)))))).}}}..{||{{{{{{,{{{{{{........)))))}.}}}},.,,))),|.|||},,..|||.||||||||.,{{|}}|||||,,,,(((((((..{{{.((((({...}))))}..,,,,|||,,{({.(({...}}}}}},{{{{(((((,.,........}))))}))}.}))))))....{(,.((((((.....((((((((.....)))))))).......))))))..}}......,,}))|||,,,.,,,,,,|}.,.,,|,.{{((((......))))}|{{((((({...,.,.((((((......)).))))...}||||||||,,{......,,||||||,,,||||||||{,,,,||||||{,..}}}}},{,..{{|,,}|||||}},,}},|,,,|}}}}}}}}}}}}},,,,.,||||......,}}))}.,|}|,.....,}},..,}}}}}}}}},}}|||{||{.,...,)))))))}}}}}}}}}}},...,}}}}}}|}}|}},}}})}}}||},}}))})),}}.,|}}}}}}}))))))))))))}||,.......{{{.(((((((((((((......))))))))))))).})),{{{{,,....)))),.....)))