Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_DENND4C_0019000
Sequence Length
2528 nt
GC Content
0.4237
GAAAUAAAAACAGCUCAUAAAUUGGCGAAGAGAUGUUAUACAAAUCCACCACAGUGGGCCAAGUGUCUGUUUAGUCAUUGUUACAGUUUAUGGUUUAUUUGUCUUCCGGCCUAUGUUAGAGUUUCUCAUCCUAAAGUCAGAGCACUUCAGCAGGCAUAUGAUGUACUUAUUAAGAUGAGGAAAACAGAUGUGGAUCCCUUAGAUGAGGUGUGCUAUCGAGUAGUGAUGCAGCUUUGUGGACUUUGGGGUCAUCCUGUUUUAGCAGUGAGAGUCUUAUUUGAAAUGAAAACUGCUAGGAUAAAGCCUAAUGCUAUUACUUAUGGUUAUUAUAAUAAGGUAGUCUUGGAGAGCCCGUGGCCUAGCAGUACCCGCAGUGGUAUUUUCUUAUGGACGAAGGUACGGAAUGUGGUACGUGGCUUGGCACAGUUUAGGCAGCCGCUUAAAAAGACUGUGCAAAGGUCACAGGUCUCCUCAAUAUCAGCUCUUCAAAAUGUCACAGGUGGAAGUGAUGGGGACACGGUGAGCCACGGUAGUGUGGAUAGUUCUAAUGAUGCUAACAAUGGGGAGCACACAGUCUUCGUCAGAGAUUUAAUCAGGCUUGAGUCCAUUGAUAAUCACUCUAGCACAGGUGGUCAGUCUGACCAAGGAUACGGGUCUAAGGAUGAACUUAUAAAGGAUGAUGCAGAAAUUCAUGUGCCUGAAGAACAGGCAGCAAGAGAAUUGAUAACUAAAACAAAAAUGCAAACAGAAGAGGUGUGUGAUGCCUCUGCUAUUGUGGCAAAACAUUCACAACCUAGUCCAGAGCCUCACAGUCCUACUGAACCUCCUGCAUGGGGCAGCAGUAUUGUGAAAGUUCCGUCUGGUAUAUUUGAUGUCAACAGCAGGAAAAGUAGCACUGGUAGUAUAUCAAAUGUGCUGUUUUCUACUCAAGAUCCAGUUGAAGAUGCAGUCUUUGGCGAAGCUACUAAUCUCAAGAAGAAUGGUGAUAGAGGAGAAAAAAGACAAAAGCAUUUUCCUGAGAGGAGUUGUAGUUUUAGUUCUGAAAGUCGAGCAGGAAUGUUGCUUAAGAAGAGUAGUUUGGAUUCGAAUUCAAGUGAAAUGGCUAUCAUGAUGGGAGCAGAUGCCAAGAUUCUCACAGCAGCAUUGACAUGUCCUAAGACUUCUCUACUUCAUAUUGCAAGAACCCAUAGCUUUGAGAAUGUUAGCUGUCACCUACCUGAUAGUAGGACUUGUAUGUCUGAAAGCACUUGGAAUCCUGAGCACAGAUCAUCUCCGGUGCCAGAGAUGCUUGAGGAAAGCCAAGAACUCCUUGAGCCUGUGGUUGAUGACGUACCUAAAACUACUGCAACAGUAGAUACAUAUGAGAGUCUACUAAGUGAUAGUAACAGUAAUCAGUCCAGAGACUUGAAAACAGUAUCCAAAGAUCUGAGGAAUAAGAGAAGUAGUUUAUAUGGUAUUGCUAAGGUGGUUCAGAGGGAAGAUGUUGAAACUGGACUAGAUCCUUUGUCUCUUUUAGCCACUGAAUGUACAGGAGGAAAAACUCCUGAUUCUGAAGAUAAGUUGUUUUCUCCAGUUAUUGCACGUAAUCUGGCUGAUGAAAUAGAAAGCUAUAUGAACCUAAAAAGUCCCCUAGGUAGUAAAUCUUCUAGUAUGGAAUUACACAGAGAGGAAAACAGAGAGUCUGGCAUGACUACUGCAUUUAUUCAUGCUCUAGAGAGGAGAUCAAGCCUACCUUUAGAUCAUGGUUCACCAGCACAGGAAAAUCCUGAAAGUGAAAAGAGCUCACCUGCAGUGUCCAGGUCUAAAACUUUUACUGGGCGUUUCAAGCAGCAAACCCCCUCUCGAACUCAUAAAGAACGUUCAACUUCUUUGUCAGCACUGGUGCGUUCUUCGCCACAUGGCUCGUUGGGUUCUGUAGUAAAUUCUUUGUCAGGGCUAAAGCUGGAUAAUAUACUCUCAGGGCCCAAGAUAGAUGUCCUGAAAUCUGGUAUGAAACAAGCAGCGACAGUAGCCAGUAAGAUGUGGGUAGCUGUUGCGUCUGCCUACAGCUACUCAGAUGAUGAGGAAGAAACUAAUAGAGACUACAGCUUCCCAGCUGGCCUAGAAGACCAUAUUUUGGGGGAGAAUAUAUCGCCUAACACAAGUAUCUCAGGGUUGGUCCCCAGUGAACUUACCCAGAGCAACACAAGUCUUGGCAGUAGCAGCAGUAGUGGAGAUGUAGGAAAACUGCAUUAUCCAACAGGUGAAGUUCCAUUUCCAAGAGGCAUGAAAGGGCAAGACUUUGAAAAAUCAGAUCAUGGUUCUUCUCAAAAUACCAGCAUGUCUAGCAUCUAUCAGAAUUGUGCAAUGGAGGUUUUGAUGUCCAGUUGUUCACAGUGUAGAGCUUGUGGAGCUUUAGUUUAUGAUGAAGAAAUUAUGGCUGGAUGGACAGCAGAUGACUCAAAUUUGAAUACAGCUUGUCCAUUCUGUAAAAGCAACUUCUUGCCUCUUCUCAAUAUAGAAUUCAAAGAUUUGAGAGGUUCUGCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-716.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -768.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 702.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.........(((.(((((((((((((.((......((((...(((((....)))))....))))........)).))))..))))))))))))....((((((((((((........((((((((((((((((((((((((.(((((....((((.((.....(((((....))))).....)).)))).((((((..(((((((((.(((.((((.....))))))))))))))...))..))))))....((((((((((((.....((......)).......))))))))))))....((((.(((((..(((((..........)))))))))).)))).....(((((((.((.(.(((((.(((.(.((((((((........)))))))).)..))))))))(((((((.(((((((((((((....)))))....))))))))..)))))))..(((((((((...(((.((...((...))....)).)))...))).))))))..).)).))))))).....((.((((((((.((((((((((((.((((((((....((.((((((((((((((.....(((((((.((((.(((.....((((........))))((((...))))))))))).)))))))(((......))).....(((((.((((..(((((.((((((((.....)))))).))...))))).................))))....((..((((.(((((((((.(.......).))))......)))))))))..))..((((.(((((((.((.(((..((........))..))).)).)))))))..)))))))))((((((((((((((..(((.(((...........))).).))))))))))))))))((((((.(((........))).))))))..))))))))))))))))(((..(((((.(((((.((.(......................).))))))).)))))..)))((((((((((((...(((.(((..(((..(((((((((...((.((((..(((((..((...(((..((((........))))....)))...))..)))))))))))..)))))))))....))).....))))))...)))...(((((((.(((((((..(((((.(((..(((.(((((((......)))))))..))).......))).))))).(((((..(((((((((.......((((........))))))))).))))...)))))........(((((((((((.((.((((((((.....((((((...))))))........(((((..(((((.....))))).((((((..(((....(((((((....(((.(((....))))))................(((((((((((..(((...(((((((.(((((((.............(((.....)))....))))))).)))))))....)))((((((......)))))).....(((((((...))))))).((((((((.....)))).))))...............)))))))))))........(((.((..((.((((.(((........))).))))))..)).)))...((((...))))....(((.((((((.....(((((.((((((((((........)))..))))))).)))))(((((.....(((((...)))))...)))))...........))))))))))))))))...))).))))))((.((((........)))))).)))))...((.((((((((........)))))))).))....)))))))).)).)))))).)))))..))))))))))))))..((((((.(((.(((((..((((.....((((((.(((((((...........))))))).....)))))).......)))).....)))))......((.(((((((((((.((....))..))))))))))).))..))).)))))).......)))))))))))))))))(((((...((((((((((...(((((.((.......)).))))).....((..(((.((((.((((......).))).)))).)))..))..((((((((.(.....((((.....(((((((...(((..(((.((((........)))).)))))))))))))....)).))....).))))))))(((....)))....)))).)))))).......))))).))).))))))).)).)))))))).)).)))))))))))...((((...((((........))))...))))))))))).....)))).)))))))..))))))).)))))(((((.(((...................)))...))))).........))(((((..((((((((................))))))))....)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.........{((.(((((((((((({.{{,,{,.,{,((,..(((((....)))))....,))},|},...,}}.}}}}..}}))))))))}}..,|{{{{{(((((((.,{,....(((((((((((.((((.(.(((((.,{((,,(((((.,.{{{{{,.((({{,,..}}}}},{{{{(((..,,.((((((..(((((((((.(((.((({.....})))))))))))))...))..)))))),,.}}||||{((((((.....((......)).......))))))}||||...,{{{{{.(((((..{{{{{,||....,,.)))))})})).}}||{{{,((,((((({({{(.((({(((((.{.((((((((........)))))))).}..)))))))){{{|||,.(((((((((((((....)))))....})))))))..))))))).}||||||,{,.,,|{{.{{{{,{,....|,,,,,,.,}}..,)))}))))||,{.{||,||||||,...}}||,((((((((.,{((((((({({.{(((((((....((.((((((((((((({..{{{{{((({(,(({{..,,....,,}||},,}}..,}}|(((({...}))))}.}}}}.}}))}}|,,{,||,,,|||,....,||||.{{{{..(((((.((((((((.....)))))).))...))))).................}||,....{,.,((((,({{{{||||,||{{{,.,|||}}}......))))))))).,)},.((((.(((((((.((.(((..((........))..))).)).)))))))..)))),}}}|((((((((((((((..{{(.(((...........))).).)}))))))))))))))|{{{((.{{(,.......,}},}}})))..}))))))))))))))}(((..(((({.(,{{{{((.{......................}.))))))},)))))..))}((((((((((((({{({(((((..{{({,(((((((((...{.,((((..(((((..((...(((..((((........))))..,.)))...))..)))))))))))..))))))))}....}})},,..))))),,,.......((((((,,(((((((..(((((.(((..(((.(((((({......}))))))..))).......))).))))).(((((..(((((((({......,(({{.,,,..}.))))))))}.}))}...))))).......{(((((((((((.((.((((((((.....{(((((...}|||||((.{......{{||||}||...|{,|}}},...,,.,|||,|{.,,|)))}},,...{,|,||{....|,}|||,.{,...,{{{{(((.(((((((((((.,{{({,.{((((((,(((((((.,,{{{,,,,,,,{{{,.,,||,},||,|}}}}}|.}}}}})),,,,,,.((((((......)))))),,,}.{{{{{{|...})))))}.||||{{{{.....}},,.})))}}},.....}}}...))))))))))},,......{((.(({{(,,(,,,.,||}}}},...))).}},}...{||{||....{{{,.{({{,,....))}),|||,......,((((.((((((((((........)))..))))))).))))}{{{{{.....(((((...)))))...||||,....,,,,,,,||}|||((((((..............))))))|||,,..,,}}......,)))))){{{({,,,,,,||,.}}}}.)))))))),),}}..,.)))))))).,)})))))).))))),.))))))))))))))..,(((((,((|.(((((..((((.....{(((({.(((((((.,......|..))))))).....)))))}.......)))).....)))))......((.(((((((((((.((....))..))))))))))).)),,)))})))}},,}},...,})))))))))))))))(((((...((((((((((..,(((((.((.......)).))))}.....((..(((.((((.((({......).})).)))).)))..))..{(((((((.(.....({((.....((((((((,,(,,..,||}||||.,},....}})).,}}}}))))))))....)).))....).)))))))}{{,....})))}..))))}})))))....,..))))).))).))))))).)).)))))))){||,((((.({....)).)))}.}}))}))),}))}...))))))})))))))).)))).)))),,))))))},))))))},|||||(({{{{,,.,{,....}},...,.|},|)}}}},,}|||....}},..))(((((..((((((((................))))))))....)))))
Back