Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_DENND4C_0019400
Sequence Length
1917 nt
GC Content
0.4225
GAAAUAAAAACAGCUCAUAAAUUGGCGAAGAGAUGUUAUACAAAUCCACCACAGUGGGCCAAGUGUCUGUUUAGUCAUUGUUACAGUUUAUGGUUUAUUUGUCUUCCGGCCUAUGUUAGAGUUUCUCAUCCUAAAGUCAGAGCACUUCAGCAGGCAUAUGAUGUACUUAUUAAGAUGAGGAAAACAGAUGUGGAUCCCUUAGAUGAGGUGUGCUAUCGAGUAGUGAUGCAGCUUUGUGGACUUUGGGGUCAUCCUGUUUUAGCAGUGAGAGUCUUAUUUGAAAUGAAAACUGCUAGGAUAAAGCCUAAUGCUAUUACUUAUGGUUAUUAUAAUAAGGUAGUCUUGGAGAGCCCGUGGCCUAGCAGUACCCGCAGUGGUAUUUUCUUAUGGACGAAGGUACGGAAUGUGGUACGUGGCUUGGCACAGUUUAGGCAGCCGCUUAAAAAGACUGUGCAAAGGUCACAGGUCUCCUCAAUAUCAGGUGGUCAGUCUGACCAAGGAUACGGGUCUAAGGAUGAACUUAUAAAGGAUGAUGCAGAAAUUCAUGUGCCUGAAGAACAGGCAGCAAGAGAAUUGAUAACUAAAACAAAAAUGCAAACAGAAGAGGUGUGUGAUGCCUCUGCUAUUGUGGCAAAACAUUCACAACCUAGUCCAGAGCCUCACAGUCCUACUGAACCUCCUGCAUGGGGCAGCAGUAUUGUGAAAGUUCCGUCUGGUAUAUUUGAUGUCAACAGCAGGAAAAGUAGCACUGGUAGUAUAUCAAAUGUGCUGUUUUCUACUCAAGAUCCAGUUGAAGAUGCAGUCUUUGGCGAAGCUACUAAUCUCAAGAAGAAUGGUGAUAGAGGAGAAAAAAGACAAAAGCAUUUUCCUGAGAGGAGUUGUAGUUUUAGUUCUGAAAGUCGAGCAGGAAUGUUGCUUAAGAAGAGUAGUUUGGAUUCGAAUUCAAGUGAAAUGGCUAUCAUGAUGGGAGCAGAUGCCAAGAUUCUCACAGCAGCAUUGACAUGUCCUAAGACUUCUCUACUUCAUAUUGCAAGAACCCAUAGCUUUGAGAAUGUUAGCUGUCACCUACCUGAUAGUAGGACUUGUAUGUCUGAAAGCACUUGGAAUCCUGAGCACAGAUCAUCUCCGGUGCCAGAGAUGCUUGAGGAAAGCCAAGAACUCCUUGAGCCUGUGGUUGAUGACGUACCUAAAACUACUGCAACAGUAGAUACAUAUGAGAGUCUACUAAGUGAUAGUAACAGUAAUCAGUCCAGAGACUUGAAAACAGUAUCCAAAGAUCUGAGGAAUAAGAGAAGUAGUUUAUAUGGUAUUGCUAAGGUGGUUCAGAGGGAAGAUGUUGAAACUGGACUAGAUCCUUUGUCUCUUUUAGCCACUGAAUGUACAGGAGGAAAAACUCCUGAUUCUGAAGAUAAGUUGUUUUCUCCAGUUAUUGCACGUAAUCUGGCUGAUGAAAUAGAAAGCUAUAUGAACCUAAAAAGUCCCCUAGGUAGUAAAUCUUCUAGUAUGGAAUUACACAGAGAGGAAAACAGAGAGUCUGGCAUGACUACUGCAUUUAUUCAUGCUCUAGAGAGGAGAUCAAGCCUACCUUUAGAUCAUGGUUCACCAGCACAGGAAAAUCCUGAAAGUGAAAAGAGCUCACCUGCAGUGUCCAGGUCUAAAACUUUUACUGGGCGUUUCAAGCAGCAAACCCCCUCUCGAACUCAUAAAGAACGUUCAACUUCUUUGUCAGCACUGGUGCGUUCUUCGCCACAUGGCUCGUUGGGUUCUGUAGUAAAUUCUUUGUCAGGGCUAAAGCUGGAUAAUAUACUCUCAGGGCCCAAGAUAGAUGUCCUGAAAUCUGGUAUGAAACAAGCAGCGACAGUAGCCAGUAAGAUGUGGGUAGCUGUUGCGUCUGCCUACAGCUACUCAGAUGAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-549.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -586.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 436.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............(((((..((((((..................(((((....)))))....((..((((((.((..((((..((((((..((..((((((((((..((((...((((..(.(((((..((((((((((((((...(((....((...((((((((...(((...(((((.(..((....))..).)))))..)))...)))).)))).))..)))....)))))...)))))))))(((((((((((((((((((.....((......)).......)))))))))))......(((((((((.....)))).)))))..(((((...(((((..(((.((((((.(((....(((((.(((.(.((((((((........)))))))).)..))))))))(((((((.(((((((((((((....)))))....))))))))..)))))))......(((.......)))((((((...))))))))).))))))))).)))))...)))))..))))))))(((........)))(((((.....))))).....))))).)..)))).......(((((((.....((..((((.(((((((((.(.......).))))......)))))))))..))..((((.(((((((.((.(((..((........))..))).)).)))))))..)))).((((((((((((((((((..(((.(((...........))).).)))))))))))))))).((((((.(((........(((((((((...))))))))).....(((((.(((.....))).)))))...))).)))))).))))....))))))).(((((((..((((((((((((((((((((((((..(((..(((((((((...((.((((..(((((..((...(((..((((........))))....)))...))..)))))))))))..)))))))))....))).....)))))..........(((((((.(((((((..(((((.(((..(((.(((((((......)))))))..))).......))).))))).(((((..(((((((((.......((((........))))))))).))))...)))))........(((((((((((.((.((((((((.....((((((...))))))........(((((..(((((.....))))).((((((..(((....(((((((....(((.(((....))))))................(((((((((((..(((...(((((((.(((((((.............(((.....)))....))))))).)))))))....)))((((((......)))))).....(((((((...))))))).((((((((.....)))).))))...............)))))))))))........(((.((..((.((((.(((........))).))))))..)).)))...((((...))))....(((.((((((.....(((((.((((((((((........)))..))))))).)))))(((((.....(((((...)))))...)))))...........))))))))))))))))...))).))))))((.((((........)))))).)))))...((.((((((((........)))))))).))....)))))))).)).)))))).)))))..)))))))))))))).........))))))))))))))..)))))...))))))))))).)))))))))).))..))).)))..)))).))))))))..))....))))))...((.(((((((((((.((....))..))))))))))).)).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.............(((((..((((((.......,,,...,,...{((((....))))}....{(,,((((((.((..((((..((((((..((..((((((((((..((({...((({.,({(((((.,((((((((({{,(({(,{{({{,,(({{,({{{{{{({{,({....||||(.,..{{..,,))..,.)))}}..)))}},))}}.||||.||.,}}}}}},}}}}},,,}))))))))(((((((((((((((((((.....((......)).......)))))))))))....,,{((,(((({.....}}))},,}}}..(((((...(((((..(({,((((({.(((....((({({(((.{.((((((((........)))))))).}..))))))))(((((((.(((((((((((((....)))))....})))))))..))))))),{{...|||.......,,,((((({...})))))))).})))))))).)))))...)))))..)))))))),,,..,,,||.{{((((((.....)))))}.}}.}}))).}..,}}}.......{((((((.....({.,((((,({{{{||||,||{{{,.,|||}}}......))))))))),,)}..((((.(((((((.((.(((..((........))..))).)).)))))))..)))).{{{{((((((((((((((..{{(.(((...........))).).)})))))))))))))).{(((({.(((........(((((((((...))))))))).....{((((.(((.....))).)))))...))).}))))}.})))....))))))){(((((((..((({((((((((((((((((((((..{{({,(((((((((...{.,((({..(((((..((...(((..((((........))))..,.)))...))..)))))))))))..))))))))}....}})},,..)))))..........((((((,,(((((((..(((((.(((..(((.(((((({......}))))))..))).......))).))))).(((((..(((((((({......,(({{.,,...}.))))))))}.}))}...))))).......{(((((((((((.((.((((((((.....{(((((...}|||||((.{......{{||||}||...|{,|}}},...,,.,|||,|{.,,|)))}},,...{,|,||{....|,}|||,.{,...,{{{{(((.(((((((((((.,{{({,.{((((((,(((((((.,,{{{,,,,,,,{{{,.,,||,},||,|}}}}}|.}}}}})),,,,,,.((((((......)))))),,,}.{{{{{{|...})))))}.||||{{{{.....}},,.})))}}},.....}}}...))))))))))},,......{((.(({{(,,(,,,.,||}}}},...))).}},}...{||{||....{{{,.{({|,,....))}),|||,......,((((.((((((((((........)))..))))))).))))}{{{{{.....(((((...)))))...||||,....,,,,,,,||}|||((((((..............))))))|||,,..,,}}......,)))))){{{({,,,,,,||,.}}}}.)))))))),),}}..,.)))))))).,)})))))).))))),.)))))))))))))).........))))))))))))))}.}))))...))))))))))).)))))))))).))..))).)))..)))).))))))))..)),.,.))))))...((.(((((((((((.((....))..))))))))))).)).)))))
Back