Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DENND4C_0019500

Sequence Length

2788 nt

GC Content

0.4243

AGUUUCUCAUCCUAAAGUCAGAGCACUUCAGCAGGCAUAUGAUGUACUUAUUAAGAUGAGGAAAACAGAUGUGGAUCCCUUAGAUGAGGUGUGCUAUCGAGUAGUGAUGCAGCUUUGUGGACUUUGGGGUCAUCCUGUUUUAGCAGUGAGAGUCUUAUUUGAAAUGAAAACUGCUAGGAUAAAGCCUAAUGCUAUUACUUAUGGUUAUUAUAAUAAGGUAGUCUUGGAGAGCCCGUGGCCUAGCAGUACCCGCAGUGGUAUUUUCUUAUGGACGAAGGUACGGAAUGUGGUACGUGGCUUGGCACAGUUUAGGCAGCCGCUUAAAAAGACUGUGCAAAGGUCACAGGUCUCCUCAAUAUCAGCUCUUCAAAAUGUCACAGGUGGAAGUGAUGGGGACACGGUGAGCCACGGUAGUGUGGAUAGUUCUAAUGAUGCUAACAAUGGGGAGCACACAGUCUUCGUCAGAGAUUUAAUCAGGCUUGAGUCCAUUGAUAAUCACUCUAGCACAGGUGGUCAGUCUGACCAAGGAUACGGGUCUAAGGAUGAACUUAUAAAGGAUGAUGCAGAAAUUCAUGUGCCUGAAGAACAGGCAGCAAGAGAAUUGAUAACUAAAACAAAAAUGCAAACAGAAGAGGUGUGUGAUGCCUCUGCUAUUGUGGCAAAACAUUCACAACCUAGUCCAGAGCCUCACAGUCCUACUGAACCUCCUGCAUGGGGCAGCAGUAUUGUGAAAGUUCCGUCUGGUAUAUUUGAUGUCAACAGCAGGAAAAGUAGCACUGGUAGUAUAUCAAAUGUGCUGUUUUCUACUCAAGAUCCAGUUGAAGAUGCAGUCUUUGGCGAAGCUACUAAUCUCAAGAAGAAUGGUGAUAGAGGAGAAAAAAGACAAAAGCAUUUUCCUGAGAGGAGUUGUAGUUUUAGUUCUGAAAGUCGAGCAGGAAUGUUGCUUAAGAAGAGUAGUUUGGAUUCGAAUUCAAGUGAAAUGGCUAUCAUGAUGGGAGCAGAUGCCAAGAUUCUCACAGCAGCAUUGACAUGUCCUAAGACUUCUCUACUUCAUAUUGCAAGAACCCAUAGCUUUGAGAAUGUUAGCUGUCACCUACCUGAUAGUAGGACUUGUAUGUCUGAAAGCACUUGGAAUCCUGAGCACAGAUCAUCUCCGGUGCCAGAGAUGCUUGAGGAAAGCCAAGAACUCCUUGAGCCUGUGGUUGAUGACGUACCUAAAACUACUGCAACAGUAGAUACAUAUGAGAGUCUACUAAGUGAUAGUAACAGUAAUCAGUCCAGAGACUUGAAAACAGUAUCCAAAGAUCUGAGGAAUAAGAGAAGUAGUUUAUAUGGUAUUGCUAAGGUGGUUCAGAGGGAAGAUGUUGAAACUGGACUAGAUCCUUUGUCUCUUUUAGCCACUGAAUGUACAGGAGGAAAAACUCCUGAUUCUGAAGAUAAGUUGUUUUCUCCAGUUAUUGCACGUAAUCUGGCUGAUGAAAUAGAAAGCUAUAUGAACCUAAAAAGUCCCCUAGGUAGUAAAUCUUCUAGUAUGGAAUUACACAGAGAGGAAAACAGAGAGUCUGGCAUGACUACUGCAUUUAUUCAUGCUCUAGAGAGGAGAUCAAGCCUACCUUUAGAUCAUGGUUCACCAGCACAGGAAAAUCCUGAAAGUGAAAAGAGCUCACCUGCAGUGUCCAGGUCUAAAACUUUUACUGGGCGUUUCAAGCAGCAAACCCCCUCUCGAACUCAUAAAGAACGUUCAACUUCUUUGUCAGCACUGGUGCGUUCUUCGCCACAUGGCUCGUUGGGUUCUGUAGUAAAUUCUUUGUCAGGGCUAAAGCUGGAUAAUAUACUCUCAGGGCCCAAGAUAGAUGUCCUGAAAUCUGGUAUGAAACAAGCAGCGACAGUAGCCAGUAAGAUGUGGGUAGCUGUUGCGUCUGCCUACAGCUACUCAGAUGAUGAGGAAGAAACUAAUAGAGACUACAGCUUCCCAGCUGGCCUAGAAGACCAUAUUUUGGGGGAGAAUAUAUCGCCUAACACAAGUAUCUCAGGGUUGGUCCCCAGUGAACUUACCCAGAGCAACACAAGUCUUGGCAGUAGCAGCAGUAGUGGAGAUGUAGGAAAACUGCAUUAUCCAACAGGUGAAGUUCCAUUUCCAAGAGGCAUGAAAGGGCAAGACUUUGAAAAAUCAGAUCAUGGUUCUUCUCAAAAUACCAGCAUGUCUAGCAUCUAUCAGAAUUGUGCAAUGGAGGUUUUGAUGUCCAGUUGUUCACAGUGUAGAGCUUGUGGAGCUUUAGUUUAUGAUGAAGAAAUUAUGGCUGGAUGGACAGCAGAUGACUCAAAUUUGAAUACAGCUUGUCCAUUCUGUAAAAGCAACUUCUUGCCUCUUCUCAAUAUAGAAUUCAAAGAUUUGAGAGGUUCUGCAAGCUUUUUCCUGAAACCAAGUACCUCUGGUGACAGUUUACAAAGUGGAAGCAUUCCAUUGGCAAAUGAAUCCUUGGAGCACAAACCUGUAUCCAGUUUAGCAGAACCUGACUUGAUCAACUUUAUGGACUUCCCAAAACAUAACCAGAUCAUAACUGAAGAAACAGGCUCUGCAGUUGAACCAAGUGAUGAAAUAAAGAGAGCCAGUGGAGAUGUCCAAACUAUGAAAAUUUCAUCUGUGCCUAAUAGUUUAUCAAAGCGAAAUGUGUCUUUGACUCGAAGUCACAGUGUUGGAGGCCCAUUGCAGAAUAUUGACUUUACCCAGCGACCGUUUCAUGGCAUCUCAACAGUUAGUCUUCCAAAUAGUCUGCAGGAAGUUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-791.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -848.13

Frequency: 0.0000

Diversity: 600.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((........))).)((.(..(((((.((((((....(((((((...(((...(((((.(..((....))..).)))))..)))...)))).)))((((...(((((((((((((((((((((((..((...((((((((((((.....((......)).......))))))))))))....((((.(((((..(((((..........)))))))))).)))).....(((((((.((.(.(((((.(((.(.((((((((........)))))))).)..))))))))(((((((.(((((((((((((....)))))....))))))))..)))))))..(((((((((...(((.((...((...))....)).)))...))).))))))..).)).))))))).....((.((((((((.((((((((((((.((((((((....((.((((((((((((((.....(((((((.((((.(((.....((((........))))((((...))))))))))).)))))))(((......))).....(((((.((((..(((((.((((((((.....)))))).))...))))).................))))....((..((((.(((((((((.(.......).))))......)))))))))..))..((((.(((((((.((.(((..((........))..))).)).)))))))..)))))))))((((((((((((((..(((.(((...........))).).))))))))))))))))((((((.(((........))).))))))..))))))))))))))))(((..(((((.(((((.((.(......................).))))))).)))))..)))((((((((((((...(((.(((..(((..(((((((((...((.((((..(((((..((...(((..((((........))))....)))...))..)))))))))))..)))))))))....))).....))))))...)))...(((((((.(((((((..(((((.(((..(((.(((((((......)))))))..))).......))).))))).(((((..(((((((((.......((((........))))))))).))))...)))))........(((((((((((.((.((((((((.....((((((...))))))........(((((..(((((.....))))).((((((..(((....(((((((....(((.(((....))))))................(((((((((((..(((...(((((((.(((((((.............(((.....)))....))))))).)))))))....)))((((((......)))))).....(((((((...))))))).((((((((.....)))).))))...............)))))))))))........(((.((..((.((((.(((........))).))))))..)).)))...((((...))))....(((.((((((.....(((((.((((((((((........)))..))))))).)))))(((((.....(((((...)))))...)))))...........))))))))))))))))...))).))))))((.((((........)))))).)))))...((.((((((((........)))))))).))....)))))))).)).)))))).)))))..))))))))))))))..((((((.(((.(((((..((((.....((((((.(((((((...........))))))).....)))))).......)))).....)))))......((.(((((((((((.((....))..))))))))))).))..))).)))))).......)))))))))))))))))(((((...((((((((((...(((((.((.......)).))))).....((..(((.((((.((((......).))).)))).)))..))..((((((((.(.....((((.....(((((((...(((..(((.((((........)))).)))))))))))))....)).))....).))))))))(((....)))....)))).)))))).......))))).))).))))))).)).)))))))).)).((((.((....)).))))...(((((.(.((((((((((((....((((((((((((((......))))))((.(((((((((((.......(((....))).....)).))))))))).))....((((....)))).....(((((................)))))((((((((((((((.....(((..((((........))))..))).......(((((((...)))))))...............(((..(((....))).)))))))).)))))))))....(((((....(((((............)))))...))))).))))))))..)))))))))))).)))))).....((((((((......((....((((....))))..))......))))))))))..))))).)))))).))))))....))))))....))))((((.(..(.(((((((.(((...((.(((...(((.((......)))))...))))).))).)).))))).)..).))))......))))))..)))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.(((........))).)((.(,,{((((.((((((.{,{{,,,..(({{{{....{({((.,..({....}}..}.))))}|,}}}|{(({(({,((((((...((((((((((((((((((,{{(({.((...((((((((((((.....((......)).......))))))))))))...{((((.(((((..(((((.,,....},.)))))))))).))))...,,(((((((.((.(.((({({(((.{.((((((((........)))))))).}..))))))))(((((((.(((((((((((((....)))))....})))))))..)))))))..(((((((((...(((.((...{,...,}....)).)))...))).)))))).,).)).))))))).....((.((((((((.{{((((((((((.((((((((....((.((((((((((((((..{{{,(((({(,(({{.,,{....,|||||..,,...}}|(((({...}))))}.|}}}.}|})))|,{(,,,,,.|||.....{{{{,.{(((..(((((.((((((((.....)))))).))...))))).................}}}}....{,.,((((,({{{{||||,||{{{,.,|||}}}......))))))))).,)},.((((.(((((((.((.(((..((........))..))).)).)))))))..)))),}}}}((((((((((((((..{{(.(((...........))).).)})))))))))))))){{{{{{.{{{........}}).))})))..))))))))))))))))(((..(((((.({((((((.(......................).))))))).)))))..)))(((((((((((({,,({(((((..{{({,(((((((((...{.,((((..(((((..((...(((..((((........))))..,.)))...))..)))))))))))..))))))))}....}})},,..))))),,,..,,...((((((,,(((((((..(((((.(((..(((.(((((({......}))))))..))).......))).))))).(((((..(((((((({......,(({{.,,...}.))))))))}.}))}...))))).......{(((((((((((.((.((((((((.....{(((((...}|||||((.{......{{||||}||...|{,|}}},...,,.,|||,|{.,,|)))}},,...{,|,||{....|,}|||,.{,...,{{{{(((.(((((((((((.,{{({,.{((((((,(((((((.,,{{{,,,,,,,{{{,.,,||,},||,|}}}}}|.}}}}})),,,,,,.((((((......)))))),,,}.{{{{{{|...})))))}.||||{{{{.....}},,.})))}}},.....}}}...))))))))))},,......{((.(({{(,,(,,,.,||}}}},...))).}},}...{||{||....{{{,.{({|,,....))}),|||,......,((((.((((((((((........)))..))))))).))))}{{{{{.....(((((...)))))...||||,....,,,,,,,||}|||((((((..............))))))|||,,..,,}}......,)))))){{{({,,,,,,||,.}}}}.)))))))),),}}..,.)))))))).,)})))))).))))),.))))))))))))))..,((((({(({.(((((..((((.....((((((.(((((((.,......,..))))))).....)))))).......)))).....)))))......((.(((((((((((.((....))..))))))))))).))}})))}))))}},}},...}))))))))))))))))(((((...((((((((((..,(((((.((.......)).))))}.....((..(((.((((.((({......).})).)))).)))..))..{(((((((.(.....((((.....((((((((,,(,,..,||}||||.,},....}})).,}}}}))))))))....)).))....).)))))))}{{,....})))}..))))}}))))).......))))).))).))))))).}}.)))))))).)).((((.((....)).))))...(((((.(.((((((((((((....(((((((({(((((...,...{{{{{((.(((((((((((.,.{,..(({....))).,.}.))}})))))))).))....((({....})))...,{(({,,...,,,.......,,,|}}}}((((((((((((({.....(((..((((.,......))))..))).......{(((((,...|)))))},,.....,...,,.{(((.,({{....))).)))))))).)))))))))....,|||}....,{,(({.....}}}...)))))....)))))))))))))..)))))))))))).)))))).,...((((((((......((....((((....))))..))......)))))))),).,)))}}.)))))).))))))....)))))).,|,})))||||{||},,({{((({.,,|,|,||},{{,..{|||||,,...,}},}}||}}}}},,})),)),},,})}}.,)},,}},..}},))))))..)))))).))