Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_DENND4C_0023200
Sequence Length
2284 nt
GC Content
0.4085
GAAGAAACUAAUAGAGACUACAGCUUCCCAGCUGGCCUAGAAGACCAUAUUUUGGGGGAGAAUAUAUCGCCUAACACAAGUAUCUCAGGGUUGGUCCCCAGUGAACUUACCCAGAGCAACACAAGUCUUGGCAGUAGCAGCAGUAGUGGAGAUGUAGGAAAACUGCAUUAUCCAACAGGUGAAGUUCCAUUUCCAAGAGGCAUGAAAGGGCAAGACUUUGAAAAAUCAGAUCAUGGUUCUUCUCAAAAUACCAGCAUGUCUAGCAUCUAUCAGAAUUGUGCAAUGGAGGUUUUGAUGUCCAGUUGUUCACAGUGUAGAGCUUGUGGAGCUUUAGUUUAUGAUGAAGAAAUUAUGGCUGGAUGGACAGCAGAUGACUCAAAUUUGAAUACAGCUUGUCCAUUCUGUAAAAGCAACUUCUUGCCUCUUCUCAAUAUAGAAUUCAAAGAUUUGAGAGGUUCUGCAAGCUUUUUCCUGAAACCAAGUACCUCUGGUGACAGUUUACAAAGUGGAAGCAUUCCAUUGGCAAAUGAAUCCUUGGAGCACAAACCUGUAUCCAGUUUAGCAGAACCUGACUUGAUCAACUUUAUGGACUUCCCAAAACAUAACCAGAUCAUAACUGAAGAAACAGGCUCUGCAGUUGAACCAAGUGAUGAAAUAAAGAGAGCCAGUGGAGAUGUCCAAACUAUGAAAAUUUCAUCUGUGCCUAAUAGUUUAUCAAAGCGAAAUGUGUCUUUGACUCGAAGUCACAGUGUUGGAGGCCCAUUGCAGAAUAUUGACUUUACCCAGCGACCGUUUCAUGGCAUCUCAACAGUUAGUCUUCCAAAUAGUCUGCAGGAAGUUGUGGAUCCUUUAGGAAAAAGACCCAAUCCUCCCCCUGUUUCUGUGCCCUACUUGAGUCCUCUAGUACUCCGUAAAGAACUUGAAUCUUUGCUAGAAAAUGAAGGUGAUCAGGUGAUUCAUACAUCUUCUUUCAUCAAUCAACAUCCAAUCAUUUUCUGGAACCUCGUUUGGUAUUUCAGACGUUUGGACCUUCCUAGUAACUUGCCAGGACUUAUCCUCACAUCUGAACAUUGUAAUGAAGGUGUACAGCUUCCUCUGUCAUCUCUGUCCCAGGAUAGCAAACUUGUGUAUAUUCAGCUGUUAUGGGAUAAUAUCAACCUUCAUCAGGAACCAAGAGAACCUCUGUAUGUCUCAUGGAGGAAUUUUAAUUCUGAAAAGAAAUCAUCUCUCCUGUCAGAGGAACAACAAGAAACAAGCACUUUAGUAGAAACCAUCAGGCAGAGUAUUCAGCACAAUAAUGUUCUUAAACCCAUCAACCUACUUUCACAGCAAAUGAAGCCAGGCAUGAAAAGACAAAGGAGUUUAUACAGAGAAAUCCUCUUCUUAUCAUUAGUGUCUCUAGGAAGAGAGAAUAUUGAUAUUGAGGCAUUUGACAAUGAAUAUGGAAUUGCAUACAAUAGUCUGUCUUCAGAGAUUCUUGAAAGGUUGCAGAAAAUUGAUGCUCCACCAAGUGCCAGUGUCGAGUGGUGCAGGAAGUGUUUUGGAGCGCCUCUCAUUUAAAUAGAGAUUCACUAGAAUGUUGACACACAAGGCUUGGGGAUUAGAUUUCAUCUGGAAACAUUCAAGUUUUUUUUUCCAAAUCGUAAGAACUGGUGAAUACGGAAUUGAAGUAACUCUUGGGGACAAUAUAUAAUGAAUUAUGAUUCAUAUUGCAUUACCUUGAAAUAUGAAGUGCCAUUUGAAUGUCCCAGGGCUUAUUAAUAUUGAAGAUUUUCAACCCCUGAACUGCUUUUCUGCCUCUGUGGAAAACUACUUUGGGAUUCUUCAGUAUUUGUAGUAGUUUGAUAGAAAUAAUGAGGAACCAUAUUCAUUCUAGGCAUUGUUUAUAUUUGAAGUUACUGAGUUUGAGGAAUGGCAAAUUAAAUUUGCCUAACCCCCAAAACAAAUGAAAUAUCUCAAUUAUAAAAGCAACAUGGCCGGGCACGGUGGCUCAGGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGCAAGGUGGGUGGAUCACUUGAGGCCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACACGGUGAGACCCUGUCUUUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGCGCACCACUGUAGUCCCAGCUACUCAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACUGAGGCAGAGGCUACAGUGAGUGGAGAUCACGCCACUGCAACUCCAGCUUGGGUGACAGAGUGAGACCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGCAACAUAUUUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-603.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -652.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 662.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.(((..(((((.(((.(...((((.((...(((((......(((((.((.......)).))))).....((..(((.((((.((((......).))).)))).)))..))....))))))))))).).))).)))))((((((((((.....))))))).))).((((((((((((.((((((((....((........))..((.(((((....))))))).((((((((.(((((((.(((((((.(((..........)))...))))..)))..)))))))....((.(((((((.(.((((((((((((....((((((((((((((......))))))((.(((((((((((.......(((....))).....)).))))))))).))....((((....)))).....(((((................)))))((((((((((((((.....(((..((((........))))..))).......(((((((...)))))))...............(((..(((....))).)))))))).)))))))))....(((((....(((((............)))))...))))).))))))))..)))))))))))).))))).))).))..........)))))))).)))))))).............))))))))))))..))).))))))......((((((((((((((..((((...(((((...(((((((.....((((((.....(((((((((...(((.((......((((.............((((((((((..((((((((....))))))))..))).)))...))))...((((.((((((....((((((((.......((((((.(((((((((((((((((((((((.(((.(((((...(((((((((..(((((.......)))))....)))))............(((((((((((.(((((.(((((((..((((((.((..(((...((((.(((...))).))))....)))..)).))))))((((((..((((((((......((((((((.((....(((((((.((((((.................)))))).))))))).......(((((((.(((.....((((...)))).....))).)))))))........((((....))))...........)).))))))))...............(((((.((.((.....))..)))))))....((((......))))................))))))))..)).))))..)))))))((((.((((...((((.(((.......))).))))..)))).)))).((.((((((..(((((.(((.(((((.(((....(((.((..............)).))))))))))).))).))))))))))).))....))))).))))))).))))..(((.((((((....((((((((.(((((...............))))).))).........((.((((....)))).))))))).....)))))))))......)))))))))))).))))))))))))(((.(((..((....))..))).)))))))))......)).)))...))))))......(((((...((((...))))...))))).(((.((((((((((((((...(((((((..(((((..........(((((....))))).)))))......((((((((....))))))))........((.(((((((.(((((.((.........)).))))).)))))))))))))))).....)))))..))))))))).)))....((((((((.((...(((((((...)))))))....)).)))).............)))).........((......)).))))))))..((((((.((.....((((((....)))))))))))))).))).))).)))).......(((((((.(((...)))...))))))).....((((((((...))).)))))................)))))))))..((((((((((.(.((..(((((..(.((((.........)))).).))))))).).)))))))))).)))))).))).....)))))))))))))....))))).)))))))))..((((......................))))...)))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,...({((((.(((.,{((((,(((.{...(((({((..,(((((......(((((.((.......)).))))}.....((..(((.((((.((({......).})).)))).)))..))....}})}})}}}}}.},}}}.}}}}|((((((((((.....))))))).))).{(((((((((({.{{((((({,..({(.,{,{{{{{{..{{.(((((....))))),}.|{||||||,(((((((.(((((((,({{.,........})}..}))))..)))..)))))))..,.((.(((((((.(.((((((((((((....(((((((({(((((...,...{{{{{((.(((((((((((.,.{,..(({....))).,.}.))}})))))))).))....((({....})))...,{(({,,...,,,.......,,,|}}}}((((((((((((({.....(((..((((.,......))))..))).......{(((((,...|)))))},,.....,...,,.{(((.,({{....))).)))))))).)))))))))....,|||}....,{,(({.....}}}...)))))....)))))))))))))..)))))))))))).)))))},)).)),,........,}},))),.}}|||}}},,,,.....,},.,}))))))))))..))}.)))))}.,,...{{(((((((((({(({,{{{,,|(((({.,,(((({{{.....|||||{.,,..|||||||{,.,||{|,|||||}|,{|{|,||||........((((((({((..((((((({....))))))))..})).))}...})))...{(((.((((((....((((((((,,{,.(({{,,||.,|||,{(((((((((((((((((,{({.(((((,,{(((,(((((..{(((({......,}}},....)))))..,,.....,,.,||||||||||.{((((.(((((({..((((((.((..(((...((((.(({...})).))))....)))..)).)))))){{{{{{..{(((((({....{.((((((((.({....(((((((.((((((.................)))))).))))))).......(((((((.(((.....((((...)))).....))).)))))))........{(((....)))}...........}).)))))))}......,......|,,|||,.{{,{,..,..,,.||||||}|.,|,{||{,.....}|||||,...........,,|}}||||}..}},,.})..)}})))}{(((.{(((...((((,{({.....,,|}|.}})},.}}}|,|||},({.{(((((..{{{||,|{{.|{{||,||,.,,,|(({{{..,,.,.....||,,,.,|}}}}}}))}.})),})}}}}}}}}}.)),,,.)))}}.))))}})}})))}.(((.((((((....((((((((.(((((..{{{....}})...))))).))).........{(.((((....)))).))))))).....)))))))))...,,,}}}}))))}}}}.}))))))))))}{{{.(((..((....))..))).))))))))}.,,..||{{{,{{{{|((((((...,..((((...{{{..(((((((,.((......)).})))))))}}}.))))..,.)))))))))},}}}},,,,,{(((({,..||||,.,{{||||.,{,|{{{||||,...))))}))),}},}}})||.{||||||,|||{{.{{.........}}.}}}}}.||}|}}},}...}}}})}}}.{{|..((((((((.((((.{{{.,,..{((((.((...(((((((...)))))))....)).}})),}...,}.,,,...)))).)))),...,,}}}..))}))))))))..((((({|((,....{(((({....,))))))))))))).))).))).)))},,{{||.(((((((.{{{...}}}...))))))).....||||{{((.,,||||},}||.............,,,}|}}|||,|,,((((((((((.(.((..(((((..{.((((.,.....,,)))).}.))))))).).)))))))))).)}||}}.},..,}}})))}}})}}},)),,}}))))}.}})}{|{|...}))),.....................}))},,.}}}),)))))
Back