Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DNAJC6_0001400

Sequence Length

2113 nt

GC Content

0.4311

GUGGGGGCUGGCACGCAGCCCGUUGGGCAGGUUUCGCGCAGCGACCCUCCCCACGCCGGAGCUAAGUUCUUUGGGUGAGACGUGCAACAACGCAGGCCCCAAAGCUCUCUGCGCGCAGCGCCGCGGGGCUUGGCCUUCUCCAGUCCUCGGGAGUCAGCCACCGUCUCUGGCUUGUUAUAGGAUUCCCACCUCGUGGUGGGCAAUGAUAUAUACAUAUUCAACAUUAGAAAAAGAAGGAAAAAAAAACCCCACUCACAAUCUAAUGCCAAUGGAGAGAAUGGUAUUUUAAUCUACGAAACUGUAAUGAAGGCUCUUAAACAAUCCCACUUUCCAUAAUUGAGGCUUUCAAAAGGGCCAGGUAGCUGGUGGUGUUUGUAUUAACAUCUCAUAGGCUCUGGAUCAUUCACAGCCACGUAUUGAUCUAUGUGGUUUUGACGUUUAAAUUUUAAUGAAGCAGCCUUAGUGGGGAAGAAAACAGCUAUGCAUGUGCCUGGUAAGGGGGAAGAGGACCUGUUCACUCCUGUUUCUAAGCCAGCAUCUUAAGAGUAGGUAUUACCUGUGUGUGAAAUCAAAGUAUUUUAAAAUUAACUCUAGGAAGAAUGUUGGAUUUUCCUGUGUUGUUUUCAGUGGUUGGAGAAAGGGUUUCUGGAGAGAAAAAAAAAAUUGCUUAUUUGCCAAGUCAUGCUAGGCCAUGGACAUGAUUUAGAAAAAAAAUUAAAGCUGCUUGAAUUGGAGGCCCAGGUUAAGGUUAAUAUUCAACAUUGUUUGAAAUGGAAACACUCCUGGUUUCUCAGUGUAUCAGUGUGUUUUAAGCUCAGAUCCCCAGCCUUUUUCUAAGGAGAGUUGGUAUUUAGAAUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCACGCCCUGUCGCCCAGGUUGGAGUGCAAUGGUGCGAUCUCGGCCCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCCCAUGCCACCACGCCCGGUUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUCUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGAGUUACAGGUAUGAGCCACCGUGCCUGGCCGGUAUUUAGAAUUUUUGUUUUACUUUGUACUGGGAAGAGCCUUGGGUUGGGAGUCAAGAUUGGUAGGCUCUGGCUUGUUCAGUUAUAACUCAUUUGUGACCUAGGACAGGACUCUAUUUCUUUGGGUCUCAGUUUCUUUAUCGCUAAAAUGGAGAGCUAUUAGACUAGAUUCCUGUUUUUCAGAUUGUGAGUGGUGAGAAAGCAACUUAGUGAGUCUUAGGCAACAUUUUAGAUCGAUGAAAUAGAACAGAAACUGUCAGAAAUCAUUGCACAUAGCAGAGGUAACUACUGUUUCCUGAAACUUCUGUUAUAGAUAUUUAUCUUUAUGCAUGUGGGUAUAAGCCGUAUUCUGACAUCACAUCGGUUUUUUUUUUUCCUGUGAGUUUCAGUCAAAGAAGUUUGAGGAACACUGAAAUAAAUCAUAGCUCAGUAAUGGUUUUCAAGGAGUCUGUGAAAUGCAGCUUUAUAUGCAUAUAUAUACAGACAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGUCAAUAGUUUUCCUCAGAUUUUUAAAGGAUUCUAAGACUCCAAAUAGGUUAUGAAUUACUGUAUUUCUAAGGUCCCCCAGGCCUUUUCCAAGCCUAGUUCUUUGAGAGCAAAGUAUCCCUUUAGGGCUGCUGGGAGAUGGGUAUGUGUUGACAGAGACCAGAUAAGUGUAUGGUGUGAGGUGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAGGUGUGACCAUAGCAACCAGACCGUGAGAGCCAUUCCUGGGUCCCAAAUUACCAGUUGGUGUCCUGAAUAUGAGACAUAAAAACACUAAAAAUUAGAGUCUCUGUGUUGAAAAGGACCACAACAAAACUAUUAAAAUAUUAUGAAUUGUUUGGAAGUCAAUUCUUUUUGUAAAGACUGAAAAAGAGAAUCAGGUAAAAUUAUAAGAGGUUGAUGGGGCAAAGAAAUCACCAGGAUGUUGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-617.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -658.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 775.05

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((.....))))))((((.(((.(((((((.(((.((.(((((.......))))....).)).))).))))))).)))..))))....((((((.(((.((((((((...))))((.(((((..(((((((.(((((.((((((((.(((..(((.((((((((((((((((..(((((((((....)))))).)))..)))).)))................................(((((((........(((((((.(......).)))))))......((((....)))).(((((((.(((((...................)))))))))))).....(((((....)))))((((((......))))))....(((((((...(((((((.(((((((((......))))))))).))).............)))))).))))).)))))))..(((((((((.((((.((.((.(((..((((((((.((...)).))).)))))....))).))))))))....(((((((((...)))).....((((((......))))))......)))))(((((((........)))))))..)))))))))...)))))))))...)))..)))(((((((((((((((((.((....((((((.((.(.((((((...(((..((((((((((...........((((.....((((((((((.(((...(((((..(((((((......))).))))..))).))))))))))).))))....))))...))))))).)))..)))...)))).......)).))).))))))...)))))))))))))))))))(((((..((((...(((((((..((..((((((.((((....(((.((....))))))))).))))))..))....)))).....)))...))))...))))).))))))))..)))))))....)))))...))).)).)).((((.((((((.((...(((((((((((((((.......)))))).((((((((((((((.((.((((((((((.(((((.......))))).(((((((((.((((((((.....((((((((......)))))))).))))))))((((((....))))))........)))).)).)))..)))))))))))).)))))....))).))))))((((...((((.((((((.(.(((...(((((((((.((((..(((.(((.((((.((((...........)))).)))).)))..))).)))).)))))))))))).)..)))))).))))...)))).....(((.(((((...((((((.......((((((......((((...))))......))))))(((((.((((((((((.((((((..(..((....)).)..)))).)).)))))))..))))))))(((....)))((((((.(((((((.((.(((..(((......((((((((((((((((((....)))))......)))))))...))))))(((((.(((((((((((..(.(((((((..(((..((((((((((((((((((((((.(((.(.(..............(((((..(((...((((...........))))..))).)))))....((((((..(((.............((((((.....)))))))))..))))))...(((((..((((..((((((((((.((....)).))))..)))))).))))..)))))((((..........)))).........).).))).)))))))))))))))))))).))...)))..))..)))))).))))))))))).)))))....)))..))).)))))))))..))))))(((((.....................))))).))))))...)))))))).......)))))))))...)).)))))).))))......(((((((((............)))))))))..............)))))))..)))))).......))))(.(.......).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({((((((.....))))))({((,({(,({{((((.{{|}||.}||{|,,,....}}||....}.,|,|||,|}}}}}|.|||..}}})},|,|||||||||{,||{||{{{{,.}}})||,|||||||(||||{(,(((((.((((((((.,{((({,..,,.,|||}|(((((((..(((((((((....)))))).)))..)))).}}}..,,,..{{{,,{{....,,.{{,,......,{{{{{{{{.,,,|||||||(({.{,,,,,,,.}}|||||,,....{(({...,,|||,{{,,{(({((({{......,,.{{{{{{...,{{((((({|{{|...,,{((((..,{|||||((((((......)))))).},,,||}|}}}}.|}..(((.(((((((((......))))))))).)))..,,.........,)))}..)))))})))})))}}|,,,,{{{{.,,{{.{(,((,(((,.{{{(((((.((,,.}}.}}}.})))).}}})),.)))))}}|.||,|||||,{{|,}}))},},.,}||{,,,......}}},,,,,,.,,||,||(((((((.,......)))))))}.))))}))}||{.||||||{(,..{{{{{(({,((((((((((((((({{.{{{{..((((((.((.(.((((((...(((..((({{{{{{{...........((((,,{{,((((((((({{(((...,{(({..{{(((((......}))}},)}..})).},))))))))).))))..,.))))..,))))))}.)))..)))...)))).......)).))).))))))..}))}}}})))))))))))))}||}|,.{(((,,.(((({((.{(({,({{{{|}{||||,..|||}{|,.,,)}))))})).)))))},,))}}..}))),.,,,))}.,,)))),||}}},}.))))))))..))))))}....}|||},..))).,,..{{((,({(((((({((((.{((({.{.(((((((.......)))))))((((((((.(((...((.(.((((....)))).}.)).))).)))).)))).(((((((.{.((({{{..((((((((......)))))))).(((((((.,(((({....}}})),,,..)))))))..{{{|||{{,||{{,,|,,.)..)))).).))))))).,|{(((((.(((((((.....}))))))...||||||||}||||...}}}|||}{{{(,(((({(((({{{{{{{{|{{,,,,,||,..|||{|,,,.,,,|||||{{{|.,,,,,,}}},,}}}}}}}})}....,,,.))))),,}}}..))))}}}}..}}})))........}}}}})||{{{{{,.,{,{{{(,,{(,(((((((({{,,.,,||,.{..,{.|||}}|}}})}||{|...,))))|,,|}}},}}}(||....))),..}}|}||},{{{|,..((||,{{|,,,,,}||||||{{{(({{{{{{|,.,,)))}},,,,.})}}}}}}...}}}}}|(((((.(((((((((((..(.(((((((..((({{,((,((((((((((((((((((.(((.(.,..,,,,,.....,.(((((..{{{..,|(({,.,,...,,..})))..))}.)))))}..,{{({{,..,.,...}},}.}}}},,{{{{(,,,,,}|||}|,,|{,,||||,,,{(((((..((({..((((((({{{.{|....)),})))..)))))).))))..)))))||||..........}))).}},)},}}}.),)})}))))))))))))))))})),})}...)))..))..)))))).))))))))))).)))))}...,....,,,.((((..(((((.{((({(((((.,,.............,}}..))))).)))))....}))))..))))....,,.,,.,,,,,....,,,,})))),}.,,,,.{{{({{{{{..,,.,,,,}},)))))))})}.).)))}}.)))})))))))))),)))).......,)))(.|,......).)